一种功能基因组可视化分析方法、电子设备及介质技术

本发明专利技术公开一种功能基因组可视化分析方法，其首先根据表达水平等信息对基因进行过滤，以提高有效基因的比例，然后基于过滤后的基因数据生成基因共表达相关系数矩阵，得到共表达网络，并基于基因共表达相关系数矩阵进行数据转换，得到基因的距离矩阵，最后基于距离矩阵进行降维及聚类分析，根据分析结果得到可视化的基因表达情况。其实现了更好的共表达基因网络的可视化效果，可更高效地获得共表达基因簇。因簇。因簇。

【技术实现步骤摘要】
一种功能基因组可视化分析方法、电子设备及介质


[0001]本专利技术涉及RNA测序
，特别涉及一种功能基因组可视化分析方法、电子设备及介质。

技术介绍

[0002]RNA测序技术，即转录组测序技术是指采用高通量测序技术进行测序分析，反映出mRNA,smallRNA,noncodingRNA等表达水平。转录组是某个物种或者特定细胞类型产生的所有转录本的集合，转录组测序技术能够从整体水平研究基因功能以及基因结构，揭示特定生物学过程以及疾病发生过程中的分子机理，已广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。
[0003]但是RNA数据中所包含的信息过于庞大，如何对RNA数据进行充分的信息挖掘和解读并进行直观的展示是业内要解决的重要问题。

技术实现思路

[0004]针对现有技术中的部分或全部问题，本专利技术第一方面提供一种功能基因组可视化分析(FGI，Functional Genomic Imaging)方法，包括：
[0005]根据表达水平对基因进行过滤，提高有效基因的比例；
[0006]基于过滤后的基本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种功能基因组可视化分析方法，其特征在于，包括步骤：根据表达水平息对基因进行过滤，提高有效基因的比例；基于过滤后的基因数据生成基因共表达相关系数矩阵，得到共表达网络；基于所述基因共表达相关系数矩阵进行数据转换，得到基因的距离矩阵；以及基于所述距离矩阵进行降维及聚类分析，并根据分析结果得到可视化的基因表达情况。2.如权利要求1所述的功能基因组可视化分析方法，其特征在于，过滤基因数据包括步骤：清除非编码基因及特定的持家基因数据。3.如权利要求2所述的功能基因组可视化分析方法，其特征在于，所述特定的持家基因数据包括线粒体、及核糖体基因。4.如权利要求1所述的功能基因组可视化分析方法，其特征在于，所述基因共表达相关系数矩阵通过权重基因共表达网络分析方法得到。5.如权利要求1所述的功能基因组可视化分析方法，其特征在于，基于所述距离矩阵进行降维及聚类分析包括步骤：基于所述距离矩阵，采用tSNE降维方法对所述共表达网络进行降维；以及采用改进的PhenoGraph聚类算法对距离矩阵进行聚类分析，得到共表达的基因簇，以用于后续的功能注释。6.如权利要求1所述的功能基因组可视化分析方法，其特征在于，还包括步骤：在过滤待分析样本前，先对所述待分析样本进行校准。7.如权利要求6所述的功能基因组可视化分析方法，其特...

【专利技术属性】
技术研发人员：顾晓荣，陈新蕾，闻丹忆，
申请(专利权)人：上海立迪生物技术股份有限公司，
类型：发明
国别省市：