与地方鸡产蛋性状相关的SNP标记及其检测方法和应用技术

本发明专利技术公开了一种与地方鸡产蛋性状相关的SNP标记及其检测方法与应用，涉及分子生物学及遗传育种领域。所述SNP标记位于鸡第10号染色体第1775498bp处，所述位点上存在T/C碱基突变，与地方鸡40周产蛋数性状具有显著相关性。本发明专利技术提供的SNP标记能够用于地方鸡分子标记辅助育种，且不受地方鸡品种、年龄的限制，可用于高产地方鸡选育，甚至刚出壳的小鸡即可准确地进行筛选，大大加快了高产地方鸡的育种进程，可降低育种企业的选育成本。可降低育种企业的选育成本。可降低育种企业的选育成本。

【技术实现步骤摘要】
与地方鸡产蛋性状相关的SNP标记及其检测方法和应用


[0001]本专利技术涉及分子生物学及遗传育种领域，具体地说，涉及一种与地方鸡产蛋性状相关的SNP标记、引物对、检测方法及其应用。

技术介绍

[0002]鸡蛋富含蛋白质、脂肪、卵磷脂等人体所需的多种营养物质，是我国居民饮食结构中的重要组成部分。地方鸡的产蛋性能较低，蛋其蛋品质好，因此，快速提高地方鸡的产蛋性能是目前地方鸡育种工作亟需解决的问题之一。
[0003]单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphsim，SNP)是指基因组DNA序列中由于单个核苷酸(A、T、C或G)的突变而引起的多态性，包括单碱基的插入、缺失、转化和颠换等。全基因组关联分析(Gemome
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Wide Association Study，GWAS)是应用基因组中数以百万计的SNP为分子遗传标记，进行全基因组水平的对照分析和相关分析，通过比较发现影响复杂性状的基因变异的一种新策略。
[0004]SNP分子标记辅助选择育种，是利用分子标记与经过全基因组关联分析发现的控制目标性状基因紧密连锁的特点，在DNA分子水平上，快速准确筛选优势基因型，缩短育种年限，加快育种进程，提高育种效率。目前二代测序技术、高密度SNP芯片和全基因组关联分析已经有效地用于动植物全基因组设计育种和优良性状评估诊断。因此，本专利技术利用鸡SNP分型数据及其产蛋性状相关的表型数据，进行全基因组范围内的关联分析，发现与地方鸡40周产蛋数显著相关的SNP标记位点，为地方鸡产蛋性状方面的优化与改良奠定基础。

技术实现思路

[0005]本专利技术的目的在于克服现有技术之缺陷，提供与地方鸡产蛋性状相关SNP标记及其检测方法。
[0006]为了实现上述技术目的，本专利技术主要采用如下技术方案：
[0007]第一方面，本专利技术公开了一种与地方鸡产蛋性状相关的SNP标记，所述SNP标记位于鸡第10号染色体第1775498bp处，其核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，在SEQ ID NO：1所示序列第251bp处的多态性为T/C的核苷酸序列。
[0008]所述位点上存在T/C碱基突变，与地方鸡40周产蛋数具有显著的相关性；所述SNP标记基于鸡基因组序列信息版本号GCA_000002315.5，2018年3月。
[0009]在本专利技术实施例中，所述SNP标记中，多态性位点的优势基因型为TT。
[0010]第二方面，本专利技术公开了一种如第一方面所述的与地方鸡产蛋性状相关的SNP标记在鸡遗传育种中的应用。
[0011]进一步的，所述应用为，应用于高产地方鸡品种的鉴定与选育，和/或用于地方鸡高产性状的早期预测。
[0012]第三方面，本专利技术公开了一种扩增如第一方面所述的与地方鸡产蛋性状相关的SNP标记的引物对，所述引物对包括：上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示，下游引物
的核苷酸序列如SEQ ID NO:3所示。
[0013]第四方面，本专利技术公开了如第三方面所述引物对辅助鉴定与选育高产地方鸡品种，和/或用于地方鸡高产性状的早期预测，和/或用于与地方鸡产蛋性状相关的分子标记辅助育种中的应用。
[0014]第五方面，本专利技术公开了一种检测与地方鸡产蛋性状相关的SNP标记的试剂盒，包括如第三方面所述的引物对、PCR mix等其中的至少一种。
[0015]第六方面，本专利技术公开了如第五方面所述的试剂盒辅助鉴定与选育高产地方鸡品种，和/或用于地方鸡高产性状的早期预测，和/或用于与地方鸡产蛋性状相关的分子标记辅助育种中的应用。
[0016]第七方面，本专利技术公开了一种与地方鸡产蛋性状相关的SNP标记的检测方法，包括以下步骤：
[0017](1)提取待测地方鸡的基因组DNA；
[0018](2)以待测地方鸡的基因组DNA为模板，利用SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:3所示的引物进行PCR扩增反应；
[0019](3)分析PCR扩增产物，得到样本在第251bp处的基因型。
[0020]第八方面，本专利技术公开了一种选育高产地方鸡品种的方法，所述方法包括：采用如第七方面所述的方法筛选基因型为TT的个体，其中，基因型为TT的个体40周产蛋数高于CT、CC基因型。
[0021]与现有技术相比，本专利技术具有如下有益效果：
[0022]本专利技术提供的SNP标记能够用于地方鸡分子标记辅助育种，且不受地方鸡品种、年龄的限制，可用于高产地方鸡选育，甚至刚出壳的小鸡即可准确地进行筛选，大大加快了高产地方鸡的育种进程，可降低育种企业的选育成本。
附图说明
[0023]图1：为本专利技术实施例中三种基因型测序峰图；其中，(a)为CT型，(b)为TT型；(c)为CC型。
具体实施方式
[0024]为了使本专利技术的目的、技术方案及优点更加清楚明白，以下结合实施例对本专利技术进行进一步详细说明。应当理解，此处所描述的具体实施例仅仅用以解释本专利技术，并不用于限定本专利技术。本专利技术中未详细单独说明的试剂均为常规试剂，均可从商业途径获得；未详细特别说明的方法均为常规实验方法，可从现有技术中获知。
[0025]需要说明的是，本专利技术的说明书和权利要求书及上述附图中的术语“第一”、“第二”等是用于区别类似的对象，而不必用于描述特定的顺序或先后次序，也不对其后的技术特征起到实质的限定作用。应该理解这样使用的数据在适当情况下可以互换，以便这里描述的本专利技术的实施例能够以除了在这里图示或描述的那些以外的顺序实施。此外，术语“包括”和“具有”以及他们的任何变形，意图在于覆盖不排他的包含，例如，包含了一系列步骤或单元的过程、方法、系统、产品或设备不必限于清楚地列出的那些步骤或单元，而是可包括没有清楚地列出的或对于这些过程、方法、产品或设备固有的其它步骤或单元。
[0026]实施例1地方鸡第10号染色体第1775498bp处的SNP突变位点的鉴定
[0027]本专利技术的试验鸡品种包括江汉鸡、麻城绿壳蛋鸡、双莲鸡等地方鸡，样本来源于湖北省农业科学院畜牧兽医研究所家禽试验场。
[0028]1、鸡基因组DNA的提取
[0029]鸡基因组DNA的提取采用北京百泰克生物技术有限公司生产的基因组DNA试剂盒(按该试剂盒说明书进行操作)提取，具体步骤如下所述：
[0030](1)采用一次性注射器从鸡翅下静脉中抽取约1ml血液，注入经高压灭菌并装有200μL无菌ACD抗凝剂的1.5ml离心管中，轻轻摇匀，记录翅号，
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20℃保存备用。吸取10μL抗凝血，加入500μL BB2和10μL蛋白酶K(20mg/mL)，充分混匀，室温孵育10min。
[0031](2)短暂离心，将全部的溶液加入离心柱中，12000g离心1min，弃流出液。
[0032](3)加入500μL溶液CB3，12000g离心30s，弃流出液。
[0033](4)加入500μL溶液WB3，12本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种与地方鸡产蛋性状相关的SNP标记，其特征在于：所述SNP分子标记位于鸡第10号染色体第1775498bp处，其核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，在SEQ ID NO：1所示序列第251bp处的多态性为T/C的核苷酸序列。2.根据权利要求1所述的与地方鸡产蛋性状相关的SNP标记，其特征在于：所述SNP标记中，多态性位点的优势基因型为TT。3.如权利要求1或2所述的与地方鸡产蛋性状相关的SNP标记在鸡遗传育种中的应用。4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，应用于高产地方鸡品种的鉴定与选育，和/或用于地方鸡高产性状的早期预测。5.一种扩增如权利要求1所述的与地方鸡产蛋性状相关的SNP标记的引物对，其特征在于，所述引物对包括：上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:3所示。6.如权利要求5所述引物对辅助鉴定与选育高产地方鸡品种，和/或用于地方鸡高产性状...

【专利技术属性】
技术研发人员：吴艳，付明，皮劲松，张昊，潘爱銮，黄涛，申杰，梁振华，张颖，陈林，
申请(专利权)人：湖北省农业科学院畜牧兽医研究所，
类型：发明
国别省市：