本发明专利技术公开了鉴定奶牛胚胎种用价值的方法。该方法包括对离体的待测奶牛胚胎细胞进行基因组选择，得到待测奶牛胚胎的基因组育种值，根据基因组育种值鉴定奶牛胚胎种用价值。本发明专利技术开发了奶牛种用胚胎植入前遗传性能快速检测评估新技术，结合胚胎显微操作取样技术和基因组选择技术，对胚胎进行早期准确基因组检测和遗传评估。本发明专利技术首次将全基因组选择技术应用于奶牛胚胎早期检测，由原来的犊牛出生后检测转变为胚胎植入前预测后备牛的性状，筛选高品质胚胎，通过胚胎移植技术快速扩繁高产奶牛，构建高产奶牛育种核心群和筛选优秀种子母牛，提高奶牛定向和定性制种能力，培育优秀种牛，提高选择准确性，缩短育种周期，加快遗传进展，降低育种成本。降低育种成本。
【技术实现步骤摘要】
鉴定奶牛胚胎种用价值的方法
[0001]本专利技术属于遗传育种
，涉及鉴定奶牛胚胎种用价值的方法，具体涉及利用基因组选择技术早期鉴定奶牛胚胎种用价值的方法。
技术介绍
[0002]在传统的奶牛育种中，优秀种公牛需要经过后裔测定进行选择，其选择准确性高，但选择周期长(5～6年)、育种成本高、效率较低。优秀母牛个体通常基于系谱与产奶、体型等性状表型数据选择，准确性较差。基因组选择(Genomic selection，GS)是最新一代的育种技术，大幅度缩短了世代间隔，育种效率远远超过传统育种方法。目前，基因组选择主要应用于青年公牛、核心群母牛的早期选择。
[0003]胚胎生产和胚胎移植是奶牛良种快速扩繁的重要技术，目前已广泛应用于奶牛育种和奶牛养殖中。具有高育种价值的优秀胚胎可进一步加速优秀基因的扩繁，提高奶牛群体的生产水平，但如何鉴定胚胎的种用价值仍是目前未解决的技术难题，通常基于胚胎供体(母牛、公牛)的系谱信息(父亲、母亲、祖亲的生产性能或育种值)或供体母牛的产奶表现进行评价，准确性低，极大地影响了遗传进展和种群质量。鉴于此，有必要提供一种早期鉴定奶牛胚胎种用价值的方法，在胚胎移植前，即犊牛出生前，利用基因组选择技术鉴定并选择优秀胚胎进行移植，从而快速扩繁其携带的优秀遗传物质，进一步缩短育种周期，提高奶牛定向和定性制种能力，培育优秀种牛，加快群体遗传进展。由此，本专利技术提出一种早期准确鉴定奶牛胚胎种用价值的方法，包括体内胚、体外胚和克隆胚。
技术实现思路
[0004]本专利技术所要解决的技术问题是如何早期准确鉴定奶牛胚胎(包括体内胚、体外胚和/或克隆胚)种用价值、提高奶牛的定向和定性制种能力、缩短奶牛育种周期和/或加快群体遗传进展。所要解决的技术问题不限于所描述的技术主题，本领域技术人员通过以下描述可以清楚地理解本文未提及的其它技术主题。
[0005]为解决上述技术问题，本专利技术首先提供了早期鉴定奶牛胚胎(包括体内胚、体外胚和/或克隆胚)种用价值的方法，所述方法可包括对离体的待测奶牛胚胎进行基因组选择，得到待测奶牛胚胎的基因组育种值，根据所述基因组育种值鉴定奶牛胚胎种用价值。
[0006]所述基因组选择在胚胎植入前进行。
[0007]所述待测奶牛胚胎包括体内胚、体外胚和/或克隆胚。
[0008]进一步地，所述鉴定奶牛胚胎种用价值可为奶牛种用胚胎植入前遗传性能的评估。
[0009]进一步地，所述遗传性能的评估包括评估下述至少任一性状的遗传价值：
[0010]F1)产奶性状；
[0011]F2)健康性状；
[0012]F3)体型性状。
[0013]进一步地，所述产奶性状的指标可为产奶量、乳脂量、乳脂率、乳蛋白量和/或乳蛋白率。
[0014]进一步地，所述健康性状的指标可为体细胞评分(奶牛乳房炎的指示性指标)。
[0015]进一步地，所述体型性状的指标可为体型总分、泌乳系统评分和/或肢蹄评分。
[0016]上述方法中，所述基因组选择的方法可包括如下步骤：
[0017]A1)从待测奶牛胚胎中利用显微操作技术获取少量胚胎细胞，提取所述少量胚胎细胞的微量基因组DNA；
[0018]A2)扩增所述微量基因组DNA并进行基因组DNA质量检测，获得质检后的基因组DNA；
[0019]A3)使用奶牛全基因组芯片对所述质检后的基因组DNA进行胚胎基因组检测，获得基因组芯片基因型数据，对所述基因组芯片基因型数据进行质量控制获得质控后的基因组芯片基因型数据；
[0020]A4)利用质控后的基因组芯片基因型数据进行基因组育种值估计。
[0021]所述质检后的基因组DNA可为质检后的足够量的基因组DNA。
[0022]本文所述少量胚胎细胞可为1～10个细胞。
[0023]所述1～10个胚胎细胞可为1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个胚胎细胞。
[0024]所述待测奶牛胚胎可为桑椹胚阶段的奶牛胚胎，包括体内胚、体外胚和/或克隆胚。
[0025]上述方法中，A2)中所述基因组DNA质量检测的方法可包括对扩增后的基因组DNA进行浓度、纯度和/或长度的检测，并进行基因组DNA完整性的检测。
[0026]上述方法中，所述基因组DNA完整性的检测可包括如下步骤：
[0027]B1)挑选位于奶牛不同染色体上的基因设计引物，所述基因包括SESN2、RPL11、DDIT3、GAPDH和DGAT1基因；
[0028]B2)以所述扩增后的基因组DNA为模板，利用B1)中的引物进行PCR扩增，得到扩增产物；
[0029]B3)利用所述扩增产物判断所述扩增后的基因组DNA的完整性。
[0030]进一步地，所述SESN2基因(Gene ID:509863)和RPL11基因(Gene ID:512745)为奶牛2号染色体上的功能基因；所述DDIT3基因(Gene ID:777788)与GAPDH基因(Gene ID:281181)为奶牛5号染色体上的功能基因；所述DGAT1基因(GeneID:282609)为奶牛14号染色体上的功能基因。
[0031]进一步地，B1)中所述引物可包括SESN2、RPL11、DDIT3、GAPDH和DGAT1基因的PCR扩增引物。
[0032]进一步地，所述PCR扩增引物可包括SEQ ID No.1
‑
SEQ ID No.10所示的引物组合物，其中：
[0033]SESN2基因引物F：5
’‑
GAAGTCCCGTTTCATCATGC
‑3’
(SEQ ID No.1)；
[0034]SESN2基因引物R：5
’‑
TATCCGCTTGTCTGGCTTCT
‑3’
(SEQ ID No.2)；
[0035]RPL11基因引物F：5
’‑
CGGGTTAACTGTCCTTCATCC
‑3’
(SEQ ID No.3)；
[0036]RPL11基因引物R：5
’‑
AAGTGTAGGGTAACGGAAGGC
‑3’
(SEQ ID No.4)；
[0037]DDIT3基因引物F：5
’‑
TCCGGGTCCAACACTAAGTC
‑3’
(SEQ ID No.5)；
[0038]DDIT3基因引物R：5
’‑
GACGGGGTGTCTTTCTCGTA
‑3’
(SEQ ID No.6)；
[0039]GAPDH基因引物F：5
’‑
CAATGCTGAAACCTCCACGC
‑3’
(SEQ ID No.7)；
[0040]GAPDH基因引物R：5
’‑
AGCACTGCGGGAGAGTAGTA
‑3’
(S本文档来自技高网...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.鉴定奶牛胚胎种用价值的方法，其特征在于，所述方法包括对离体的待测奶牛胚胎进行基因组选择，得到待测奶牛胚胎的基因组育种值，根据所述基因组育种值鉴定奶牛胚胎种用价值。2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述基因组选择的方法包括如下步骤：A1)从待测奶牛胚胎中利用显微操作技术获取少量胚胎细胞，提取所述少量胚胎细胞的微量基因组DNA；A2)扩增所述微量基因组DNA并进行基因组DNA质量检测，获得质检后的基因组DNA；A3)使用奶牛全基因组芯片对所述质检后的基因组DNA进行胚胎基因组检测，获得基因组芯片基因型数据，对所述基因组芯片基因型数据进行质量控制获得质控后的基因组芯片基因型数据；A4)利用质控后的基因组芯片基因型数据进行基因组育种值估计。3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，A2)中所述基因组DNA质量检测的方法包括对扩增后的基因组DNA进行浓度、纯度和/或长度的检测，并进行基因组DNA完整性的检测。4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，所述基因组DNA完整性的检测包括如下步骤：B1)挑选位于奶牛不同染色体上的基因设计引物，所述基因包括SESN2、RPL11、DDIT3、GAPDH和DGAT1基因；B2)以所述扩增后的基因组DNA为模板，利用B1)中的引物进行PCR扩增，得到扩增产物；B3)利用所述扩增产物判断所述扩增后的基因组DNA的完整性。5.根据权利要求2
‑
4中任一所述的方法，其特征在于，A2)中所述扩增所述微量基因组DNA的时间为4～8小时，优选地，A2)中所述扩增所述微量基因组DNA的时间为4小时。6.根据权利要求2
‑
5中任一所述的方法，其特征在于，A3)中对所述基因组芯片基因型数据进行质量控制的方法包括剔除SNP位点检出率低于90％、最小等位基因频率低于0.01的SNP位点。7.根据权利要求2
‑
6中任一所述的方法，其特征在于，A4)中所述基因组育种值估计的方法包括如下步骤：C1)将基于表型数据和系谱信息的常规育种值可靠性大于等于0.3的奶牛个体...
【专利技术属性】
技术研发人员：孙东晓，李喜和，包斯琴，郭子骄，吴宝江，贺巾锋，孙伟，包向男，张琪，郑伟杰，韩博，
申请(专利权)人：内蒙古赛科星家畜种业与繁育生物技术研究院有限公司内蒙古大学，
类型：发明
国别省市：
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