鉴别萱草属品种的SSR分子标记引物组合及其应用制造技术

本发明专利技术提供一种鉴别萱草属品种的SSR分子标记引物组合及其应用，通过从萱草属品种基因组数据中独立开发了SSR相关的分子标记引物，对开发的80对SSR引物进行扩增及多态性筛选，最终选择11对引物进行500个萱草品种的鉴定，结果验证11对引物组合多态性高、扩增片段清晰、标记稳定，能对500个品种进行区分鉴定。本发明专利技术开发的11对引物组合可应用于萱草属种和品种鉴定、分子身份证构建及遗传多样性分析等方面，同时是萱草核心种质构建、分子标记辅助育种的良好工具，前景十分广阔。前景十分广阔。前景十分广阔。

【技术实现步骤摘要】
鉴别萱草属品种的SSR分子标记引物组合及其应用


[0001]本专利技术属于分子生物学
，涉及萱草属微卫星标记引物组及其应用，具体涉及利用萱草属基因组序列开发SSR核心引物组及在萱草属品种鉴定、指纹图谱构建、遗传多样性分析评价方面的应用。

技术介绍

[0002]萱草属为阿福花科宿根草本花卉，自然种约为14个，我国分布最多，共有11个种，包括萱草、黄花菜、大苞萱草和多花萱草等。萱草属植物适应性强且易于杂交，目前已在美国萱草协会登录近10万个园艺品种。但是，由于许多品种间形态相似性较高、品种来源记载不详、同物异名与异物同名现象频发，给生产和市场流通带来了困难，缺乏快速准确的鉴定方法。
[0003]传统的植物品种鉴定方法包括性状鉴定、显微鉴定和理化鉴定。这些鉴定方法受植物生长环境和加工工艺影响，在应用方面存在占地大、耗时长、工作量大且准确度低等问题。而利用分子技术进行品种鉴定具有不受环境影响、快速高效、可用标记多等优点。研究人员利用AFLP、RAPD、ISSR和SSR分子标记技术对萱草属植物的亲缘关系及遗传多样性进行分析(于晓英等，2002；洪亚辉等，2003；沈鹏等，2010；曹冬梅等，2011；朱华芳等，2009；黎海利，2009；沈鹏，2010；朱云华，2010)，开发分子标记构建了部分萱草属种和园艺品种的种质遗传图谱和分子标识表。
[0004]但是萱草属园艺品种繁多，现有的分子标记分辨率分辨的群体较小，不足以鉴定区分全部品种，因此，持续不断开发新的分子标记，对于萱草属种和品种鉴定是非常必要的。SSR标记因其多态性高、稳定性好、多等位基因、共显性、数量丰富、基因组覆盖性好和操作简单等优点(Powellet al，1996)被广泛应用于遗传多样性及核心种质构建、品种指纹图谱绘制、品种鉴定、遗传图谱、目的基因定位等领域。本研究从萱草属基因组数据中开发SSR相关分子标记，并研究其在萱草属品种鉴定中的应用，对萱草属种和萱草品种鉴定以及分子标记辅助育种具有重要意义。

技术实现思路

[0005]本专利技术为解决上述问题，提供一种鉴别萱草属品种的SSR分子标记引物组合及其应用。
[0006]本专利技术为实现上述目的，通过以下技术方案予以实现：一种鉴别萱草属品种的SSR分子标记引物，其特征在于，所述分子标记引物包括如下11对，其正向引物和反向引物的核苷酸序列具体如下：
[0007][0008][0009]一种萱草SSR分子标记的检测方法，包括以下步骤：
[0010](1)提取萱草基因组DNA；
[0011](2)合成Xc1
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Xc11所示的引物组，以步骤(1)提取的基因组DNA为模板，利用引物组进行PCR扩增获得扩增产物；
[0012](3)对扩增产物进行分离和多态性检测。
[0013]作为本方案进一步优化，12.5ul所述PCR扩增体系为：Template<1ug，Primer1：0.5ul，Primer2：0.5ul；2
×
Taq PCR Mix：6.25ul；ddH2O：补至12.5ul。
[0014]作为本方案进一步优化，PCR扩增程序为：(1)94℃预变性3min，(2)94℃变性30sec，(3)Tm℃退火30sec，(4)72℃延伸1min，(5)返回第二步，重复29个循环，(6)4℃保存。
[0015]鉴别萱草属品种的SSR分子标记引物在萱草品种鉴定中的应用。
[0016]采用11对核心引物进行聚丙烯酰胺凝胶电泳检测，根据检测结果，品种间差异位点数≥2为不同品种，品种间差异位点数＝1为近似品种，品种间差异位点数＝0为相同品种。
[0017]鉴别萱草属品种的SSR分子标记引物在萱草遗传多样性分析与评价方面的应用。
[0018]本专利技术提供一种低糖减脂模拟干酪及其制备方法，具有以下有益效果：
[0019]本专利技术通过从萱草属品种基因组数据中独立开发了SSR相关的分子标记引物，对开发的80对SSR引物进行扩增及多态性筛选，最终选择11对引物进行500个萱草品种的鉴定，结果验证11对引物组合多态性高、扩增片段清晰、标记稳定，能对500个品种进行区分鉴定。本专利技术开发的11对引物组合可应用于萱草属种和品种鉴定、分子身份证构建及遗传多样性分析等方面，同时是萱草核心种质构建、分子标记辅助育种的良好工具，前景十分广阔。
附图说明
[0020]以下结合附图进一步说明本专利技术:
[0021]图1为本专利技术部分引物对500个品种的扩增结果图；
[0022]图2
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图6为本专利技术11对SSR分子标记聚类分析图；
具体实施方式
[0023]下面结合附图和具体实施方式对本专利技术作进一步详细的说明。本专利技术的实施例是为了示例和描述起见而给出的，而并不是无遗漏的或者将本专利技术限于所公开的形式。很多修改和变化对于本领域的普通技术人员而言是显而易见的。选择和描述实施例是为了更好说明本专利技术的原理和实际应用，并且使本领域的普通技术人员能够理解本专利技术从而设计适于特定用途的带有各种修改的各种实施例。
[0024]实施例
[0025]萱草SSR分子标记及引物的确定
[0026]1供试材料
[0027]实验材料为通过引种保存于江苏省农业科学研究院宿迁所的500个萱草属品种，品种包含了国内的大多数及部分国外种和野生种，涵盖类型多样。于春季采摘新发的幼嫩叶片，无病虫害且长势好，装入带有编号的自封塑料袋，暂置于装有干冰的盒子，并迅速转入实验室的
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80℃超低温冰箱中保存备用。
[0028]2DNA的提取：
[0029]使用天根快捷型植物DNA提取试剂盒DP321，按照说明书提取500份萱草材料的DNA。提取完成后，取适量样品DNA，采用1％的琼脂糖凝胶电泳法检测其DNA质量，并用Nanodrop超微量分光光度计测定DNA的浓度，稀释到20
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50ng/μL，
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20℃冰箱中保存备用。
[0030]3引物的设计与合成
[0031]从NCBI下载萱草和黄花菜的DNA序列文本，用SSRHunter软件筛选获得SSR序列，重复序列粘贴至Primer
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BLAST设计80个引物。SSR引物的合成与检测由南京金斯瑞生物科技有限公司完成。
[0032]4引物筛选：
[0033]经前期田间试验观察，选取9个表型性状差异大的萱草品种为试验材料，筛选出11条具高多态性的引物。
[0034]5SSR反应体系：
[0035]用已筛选出的多态性高、重复性好的11对引物(表3)，用天根2
×
Taq PCR Mix KT201试剂进行PCR循环反应，反应总体积为12.5ul，Template<1ug，Primer1：0.5ul，Primer2：0.5ul；2
×
Taq PCR Mix：6.25ul；dd本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种鉴别萱草属品种的SSR分子标记引物，其特征在于，所述分子标记引物包括如下11对，其正向引物和反向引物的核苷酸序列具体如下：2.一种萱草SSR分子标记的检测方法，其特征在于，包括以下步骤：(1)提取萱草基因组DNA；(2)合成Xc1
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Xc11所示的引物组，以步骤(1)提取的基因组DNA为模板，利用引物组进行PCR扩增获得扩增产物；(3)对扩增产物进行分离和多态性检测。3.根据权利要求2所述的一种萱草SSR分子标记的检测方法，其特征在于，12.5ul所述PCR扩增体系为：Template<1ug，Primer1：0.5ul，Primer2：0.5ul；2
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Taq PCR Mix：6.25ul；ddH2O：补至1...

【专利技术属性】
技术研发人员：陈芬，马丽，刘博，任静，
申请(专利权)人：江苏省农业科学院宿迁农科所，
类型：发明
国别省市：