小麦3A染色体特异细胞学探针及其应用制造技术

本发明专利技术属于分子遗传领域，具体涉及小麦3A染色体特异细胞学探针及其应用。具体技术方案为：一种探针，所述探针的核酸序列如SEQ INNO.1所示，所述探针的3

【技术实现步骤摘要】
小麦3A染色体特异细胞学探针及其应用


[0001]本专利技术属于分子遗传领域，具体涉及小麦3A染色体特异细胞学探针及其应用。

技术介绍

[0002]小麦是世界上第一大粮食作物，在我国也是仅次于水稻的第二大粮食作物。小麦为异源六倍体作物(基因组为AABBDD)，基因组巨大(约为17G)且重复序列多，结构复杂。因此，对小麦进行基因组测序成本非常高，且在重复序列丰富区域常常不能正确组装。单染色相较于整个基因组而言，数据量小(常为数百兆)，因此测序成本低。而且，对单染色体测序，可有效避免其他染色体的干扰，组装准确度更高。因此，单染色体测序对于小麦而言具有重要意义。
[0003]但是，准确分选出需要测序的目标染色体是进行单染色体测序的前提。单染色体分选可基于染色体大小和荧光标记强度两种方式进行。对于小麦而言，由于A、B、D组内染色体大小差异较小，直接按染色体大小进行分选难以获得高纯度目标染色体，从而无法进行后续的单染色体测序。如果开发单染色体特异探针，则可使目标染色体携带特异的荧光信号，从而达到高纯度分选的目的。部分小麦染色体的特异重复序列拷贝数低，导致探针信号极弱，难以被肉眼检测到。这类探针一般被认为是开发失败的探针，无法使用，极大限缩了小麦染色体特异探针的范围。

技术实现思路

[0004]本专利技术的目的是提供小麦3A染色体特异细胞学探针及其应用。
[0005]为实现上述专利技术目的，本专利技术所采用的技术方案是：
[0006]一种探针，所述探针的核酸序列如SEQ IN NO.1所示，所述探针的3
’
端、5
’
端和序列中间位置的胸腺嘧啶上连接有荧光基团。
[0007]优选的，所述序列中间位置为序列第23号的胸腺嘧啶。
[0008]相应的，所述探针在小麦基因测序中的应用。
[0009]相应的，所述探针在小麦高纯度分选中的应用。
[0010]优选的，利用所述探针对小麦细胞进行杂交。
[0011]优选的，杂交温度为42℃，杂交时间为2h。
[0012]优选的，所述杂交使用的杂交缓冲液为：利用柠檬酸钠缓冲液和TE缓冲液对探针粉末稀释后获得。
[0013]优选的，柠檬酸钠缓冲液和TE缓冲液的体积比为1:1。
[0014]相应的，利用所述探针制备的试纸、试剂、试剂盒。
[0015]相应的，包含所述探针制备的试纸、试剂、试剂盒。
[0016]本专利技术具有以下有益效果：本专利技术提出了两种新的小麦染色体特异探针DNA，针对性和特异性极强。本专利技术还进一步提出的荧光基团连接方式进行荧光基团连接，可使极弱信号探针的信号显著放大，为后续小麦染色体的高纯度流式分选提供坚实的理论基础和技
术保证。
附图说明
[0017]图1为以Oligo
‑
3A
‑5’
为探针的荧光原位杂交图；
[0018]图2为以Oligo
‑
pSc119.2和Oligo
‑
pTa535为探针在图1相同的染色体分裂相上进行杂交的荧光原位杂交图；
[0019]图3为以Oligo
‑
3A
‑3’5’
为探针，曝光时间2秒的荧光原位杂交图的荧光原位杂交图；
[0020]图4为以Oligo
‑
pSc119.2和Oligo
‑
pTa535为探针在图3相同的染色体分裂相上进行杂交的荧光原位杂交图；
[0021]图5为以Oligo
‑
3A
plus
为探针，曝光时间2秒的荧光原位杂交图；
[0022]图6为以Oligo
‑
pSc119.2和Oligo
‑
pTa535为探针在图5相同的染色体分裂相上进行杂交的荧光原位杂交图；
[0023]图7为以Oligo
‑
3A
‑3’5’
3T为探针的荧光原位杂交图；
[0024]图8为以Oligo
‑
pSc119.2和Oligo
‑
pTa535为探针在图7相同的染色体分裂相上进行杂交的荧光原位杂交图；
[0025]图9为以Oligo
‑
3A
‑3’5’
43T为探针的荧光原位杂交图；
[0026]图10为以Oligo
‑
pSc119.2和Oligo
‑
pTa535为探针在图9相同的染色体分裂相上进行杂交的荧光原位杂交图
具体实施方式
[0027]本专利技术提供了一种扩大极弱信号探针的信号加强方法。极弱信号探针指合成的探针一端连接荧光基团后信号极弱，肉眼无法识别信号的探针。在研究中，合成该类探针一般认为是失败的探针，无法进行实际使用。
[0028]本专利技术在极弱探针头尾两端同时连接荧光基团，可有效扩大探针信号。更优选的方案为：在探针头尾两端及中部或靠近中部的位置同时连接荧光基团。更优选的方案为：为了节省连接成本，在探针头尾两端及中部或靠近中部的胸腺嘧啶(T)上同时连接荧光基团。
[0029]根据上述方法，本专利技术提供了一种小麦3A染色体特异细胞学探针，所述探针的核酸序列如SEQ IN NO.1所示，探针序列从左到右均为从5
’
端到3
’
端。
[0030]Oligo
‑
3A：AATTAACAGAAAAGGATTTTAGTTAGATTAATGAACAGTGTATGA。
[0031]下面将对本专利技术实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例仅是本专利技术一部分实施例，而不是全部的实施例。若未特别指明，实施例中所用的技术手段为本领域技术人员所熟知的常规手段。所获得的数据均为进行至少3次重复后获得的平均值，且各重复获得的均为有效数据。
[0032]实施例：探针在锚定六倍体小麦中的3A染色体的效果展示
[0033]可能由于小麦3A染色体的特异重复序列拷贝数低，导致探针信号极弱，常规方法难以成功获得有效探针，所以目前尚未出现小麦3A染色体探针的相关报道。为展示本专利技术提供方法切实有效，本实施例选择3A染色体探针进行展示。
[0034]1、合成探针。按SEQ IN NO.1所示，交由核酸合成公司合成探针Oligo
‑
3A。分别在
序列的3
’
端、5
’
端、序列SEQ IN NO.1的从3
’
端到5
’
端第23号胸腺嘧啶(T)上连接荧光基团FAM，合成探针Oligo
‑
3A
plus
。同时合成只在序列一端(5
’
端)连接荧光基团FAM的探针Oligo
‑
3A
‑5’
，以及只在序列两端连接荧光基团FAM的探针Oligo
‑本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种探针，其特征在于：所述探针的核酸序列如SEQ IN NO.1所示，所述探针的3
’
端、5
’
端和序列中间位置的胸腺嘧啶上连接有荧光基团。2.根据权利要求1所述探针，其特征在于：所述序列中间位置为序列第23号的胸腺嘧啶。3.权利要求1或2所述探针在小麦基因测序中的应用。4.权利要求1或2所述探针在小麦高纯度分选中的应用。5.权利要求3或4所述应用，其特征在于：利用权利要求1...

【专利技术属性】
技术研发人员：张洁，郎涛，蒋云，邵永胜，王颖，郭元林，
申请(专利权)人：上海捷瑞生物工程有限公司，
类型：发明
国别省市：