用于乳腺癌诊断的甲基化生物标记物及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种用于乳腺癌诊断的甲基化生物标记物及其应用。本发明专利技术提供了一种用于乳腺癌诊断的甲基化生物标记物，其中，所述的甲基化生物标记物包括表1中提供的差异性甲基化区域DMR

【技术实现步骤摘要】
用于乳腺癌诊断的甲基化生物标记物及其应用
[0001]优先权和相关申请
[0002]本申请要求2021年11月4日提交的名称为“用于乳腺癌诊断的甲基化生物标记物及其应用”的中国专利申请202111300404.9和2021年12月3日提交的名称为“用于乳腺癌诊断的甲基化生物标记物及其应用”的中国专利申请202111464539.9的优先权，该申请包括附录在内的全部内容作为参考并入本申请。


[0003]本专利技术属于生物
，具体涉及用于乳腺癌诊断的甲基化生物标记物及其应用。

技术介绍

[0004]在中国，癌症的健康负担逐年增长，与其他大多数国家一样，乳腺癌(Breast Cancer)也成为了中国女性最常见的癌症。据中国肿瘤登记年报显示：女性乳腺癌发病率在0～24岁年龄段处较低水平，25岁后逐渐上升，50～54岁年龄段达到高峰，55岁以后逐渐下降。
[0005]乳腺癌的发病机制主要归纳为遗传易感性、内分泌失调、通过哺乳传染病毒颗粒等，约5％的乳腺癌是由基因突变引起。针对乳腺癌的易感基因，欧、美国家做了大量研究，现已知的有BRCA
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1、BRCA
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2，还有p53、PTEN等，与这些基因突变相关的乳腺癌称为遗传性乳腺癌，占全部乳腺癌的5％～10％。
[0006]“乳腺癌21基因检测”(Oncotype DX)是临床实践中最常用的乳腺癌预后工具之一，其通过对21个与乳腺癌相关的基因的mRNA表达量进行定量检测，应用特定的算法将基因表达量转化为复发评分(RS)，并根据评分来判断乳腺癌病人是否需要进行辅助化疗的一种检测方法，其结果可对预测预后、复发、瘤灶转移乃至指导治疗提供信息，为患者的个体化治疗提供帮助。“乳腺癌21基因检测”主要针对雌激素受体(ER)阳性、人表皮因子受体2(Her2)阴性、淋巴结阴性的早期乳腺癌患者，该检测不仅能够提供1
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5年及5年后复发风险预测，还能作为唯一多基因检测来预测雌激素受体阳性浸润性乳腺癌患者的化疗及内分泌治疗的获益程度。“乳腺癌21基因检测”由增殖组、侵袭组、Her2组、雌激素组和其它组的16个癌症相关基因以及参照基因组的5个内参基因组成。通过检测21个基因，观察它们之间的相互作用来判断肿瘤特性，从而可预测乳腺癌复发指数以及接受化疗的效益比。“乳腺癌70基因检测”(MammaPrint)也在早期乳腺癌诊断中发挥了重要作用。“乳腺癌70基因检测”对肿瘤活检组织切片进行扫描，查找与癌细胞是否可能增殖或侵袭健康组织相关的70种基因，该检测针对的是淋巴结阴性、1
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3枚淋巴结阳性的ER阳性和Her2阴性患者。
[0007]最新的研究成果发现72个新的常见基因变异将导致女性患乳腺癌的风险上升，这使目前已知与乳腺癌相关的基因突变数量增至177个。许多人都可能携带常见的变异基因，单个基因突变致癌的风险相对较小，但女性体内的相关变异基因越多，患乳腺癌的风险越大。目前乳腺癌基因检测手段属于一种非侵入性检测，但需要基于原来的手术(例如乳房肿
瘤切除手术、乳房切除手术或核心穿刺活组织检查)过程中取出的组织的基础上进行检测。
[0008]对肿瘤进行早筛和早诊，可以更大概率地发现早期癌症，从而提高其五年生存率、降低死亡率。中国乳腺癌筛查现状：乳腺癌5年生存率：原位癌100％，I期84
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100％，II期76
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87％，III期38
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77％。中国多中心研究显示，初诊乳腺癌时，15.7％ I期，44.9％ II期，18.7％ III期，2.4％ IV期。现有技术中的乳腺癌影像筛查手段包括：1.钼靶X射线(Mammography,MG)：中国女性乳腺发病年龄较轻(45
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55岁)，乳腺腺体较西方女性致密，MG易遗漏，且MG对致密型乳腺病灶诊断敏感性仅为30％。2.B超：单纯MG阳性预测值为55.5％，MG联合B超阳性预测值为43.3％。3.核磁共振(MRI)：MRI对微小钙化灶不敏感，且有明确禁忌症。所以，肿瘤的早筛早诊早治疗对提高五年生存率具有非常大的意义，肿瘤早筛早诊的关键是建立有效的检测模型，寻找能够作为筛查与诊断的分子标记。
[0009]cfDNA(circulating
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free DNA，循环DNA)是外周血中游离的核酸小片段DNA，其源自正常细胞或肿瘤细胞的代谢与凋亡，包含了体细胞突变和DNA甲基化等遗传信息。通过检测疾病特异性cfDNA片段，掌握疾病的发生、发展的技术，称为液体活检(Liquid Biopsy)，与传统的组织活检相比，其有着迅速、便捷、损伤性小等众多优点。目前“液体活检”按照检测样品分类，主要有两大方向：循环肿瘤细胞(circulating tumor cells，CTCs)和循环肿瘤DNA(circulating tumor DNA，ctDNA)。2014年，来自Bert Vogelstein和Kenneth Kinzler团队的一份640例各类肿瘤的研究发现，超过75％的晚期胰腺癌、卵巢癌、结直肠癌、膀胱癌、胃食管癌、黑色素癌、肝细胞癌以及头颈癌症的患者，都能检测到ctDNA(circulating tumor DNA，循环肿瘤DNA)的存在。因而ctDNA是一种具有广泛适用性、敏感而特异的生物标志物，能够用于各式各样、多种不同类型癌症的临床和研究。2015年卢煜明教授通过cfDNA全基因组甲基化测序证明了液体活检替代组织活检在技术上和理论上的可行性；2017年张鹍教授团队利用ctDNA的甲基化定量描述了肿瘤负荷以及肿瘤来源的ctDNA图谱。Turner团队利用高通量测序寻找乳腺癌特异性体细胞突变位点，并监测其动态变化，证明ctDNA检测可早于CT发现肿瘤复发转移。最新研究发现，结合其它分析物检测血液中的ctDNA突变能更早、更好的诊断卵巢癌、肝癌、胃癌、乳腺癌、前列腺癌、食管癌和结直肠癌这8种常见且可手术切除的癌。临床越来越多的研究表明血浆ctDNA可作为生物标志物应用在肿瘤早期诊断筛选、预测、治疗的反应，监测肿瘤大小和复发等。目前，国际上的研究方向是整合多组学/多种分子标志物、多基因/多位点来提高检测技术的灵敏度和特异性，以满足临床对检测产品的需求。目前，针对乳腺癌的诊断仍然存在准确率偏低等缺陷。

技术实现思路

[0010]专利技术要解决的问题
[0011]针对现有技术中存在的问题，本专利技术为乳腺癌的诊断提供一种高特异性、灵敏性、准确率的生物标记物，以满足临床对乳腺癌检测产品的需求。
[0012]用于解决问题的方案
[0013]本专利技术人鉴于上述现有技术中存在的问题，进行了深入的研究、反复试验，通过构建乳腺癌特异性的甲基化数据库，用配对的乳腺癌及其癌旁组织和白细胞样本筛选出来源于乳腺癌组织的乳腺癌特异性的甲基化生物标记物，并基于乳腺组织和血浆样本构建了用于区分乳腺良恶性结节诊断和乳腺癌分子分型的甲基化模型，从而完成了本专利技术。
[0014]本专利技术涉及的本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于乳腺癌诊断的甲基化生物标记物，其中，所述的甲基化生物标记物包括表1中提供的差异性甲基化区域DMR
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1～DMR
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521中的任一项或其任意组合。2.根据权利要求1所述的用于乳腺癌诊断的甲基化生物标记物，其中，所述的甲基化生物标记物包括以下中的任一项：DMR
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1～DMR
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521中至少3个、5个、10个、20个、30个、40个、50个、60个、70个、80个、90个、100个、110个、120个、130个、150个、170个、200个或更多个差异性甲基化区域。3.根据权利要求1或2所述的用于乳腺癌诊断的甲基化生物标记物，其中，所述的甲基化生物标记物包括(a)
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(p)中任一项或其任意组合：(a)marker组合1中的差异性甲基化区域；(b)marker组合2中的差异性甲基化区域；(c)marker组合3中的差异性甲基化区域；(d)marker组合4中的差异性甲基化区域；(e)marker组合5中的差异性甲基化区域；(f)marker组合6中的差异性甲基化区域；(g)marker组合10中的差异性甲基化区域；(h)marker组合7中的差异性甲基化区域；(i)marker组合11中的差异性甲基化区域；(j)marker组合12中的差异性甲基化区域；(k)marker组合13中的差异性甲基化区域；(l)marker组合14中的差异性甲基化区域；(m)marker组合15中的差异性甲基化区域；(n)marker组合16中的差异性甲基化区域；(o)marker组合9中的差异性甲基化区域；(p)marker组合8中的差异性甲基化区域。4.根据权利要求3所述的用于乳腺癌诊断的甲基化生物标记物，其中，所述的甲基化生物标记物包括marker组合5中的差异性甲基化区域；和/或，所述的甲基化生物标记物包括marker组合6中的差异性甲基化区域；和/或，所述的甲基化生物标记物包括marker组合10中的差异性甲基化区域；和/或，所述的甲基化生物标记物包括marker组合7中的差异性甲基化区域；和/或，所述的甲基化生物标记物包括marker组合13中的差异性甲基化区域；和/或，所述的甲基化生物标记物包括marker组合11中的差异性甲基化区域；和/或，所述的甲基化生物标记物包括marker组合12中的差异性甲基化区域。5.根据权利要求1至4中任一项所述的用于乳腺癌诊断的甲基化生物标记物，其中，所述的乳腺癌选自ER/PR/Her2...

【专利技术属性】
技术研发人员：叶竹佳，曾柳红，王军，杨婷，张显玉，庞达，陈志伟，范建兵，
申请(专利权)人：广州市基准医疗有限责任公司，
类型：发明
国别省市：