一种毒力因子数据库构建方法、装置、设备及介质制造方法及图纸

一种毒力因子数据库构建方法、装置、设备及介质，涉及生信分析技术领域。该方法包括：获取初始序列；对初始序列添加物种注释信息；确定初始序列的基因名称；对初始序列添加毒力基因类型注释信息；基于初始序列、物种注释信息、基因名称、毒力基因类型注释信息构建毒力因子数据库。由此，可以构建一个序列全面、信息准确完整、注释程序和术语标准规范化的微生物毒力基因数据库。进而，该毒力因子数据库还可以为临床致病菌毒力检测和毒力基因研究提供基础数据。数据。数据。

【技术实现步骤摘要】
一种毒力因子数据库构建方法、装置、设备及介质


[0001]本申请涉及生信分析
，特别是涉及一种毒力因子数据库构建方法、装置、设备及介质。

技术介绍

[0002]毒力因子是一类可以帮助病原体逃避宿主防御机制，使宿主感染疾病的重要基因产物。病原菌依靠一系列毒力因子的相互协调作用，对宿主造成感染，并在宿主环境中进行繁殖和传播。因此，研究病原菌的毒力因子，构建一个准确、全面和持续更新的毒力因子数据库对于药物研发、临床用药等方面都有非常积极和重要的作用。
[0003]目前存在VFDB数据库、Victors数据库、DFVF数据库等数据库。然而，上述数据库都存在序列收录不够完整，以及注释信息不够全面、准确的问题。

技术实现思路

[0004]本申请提供了一种毒力因子数据库构建方法、装置、设备及介质，能够构建一个序列全面、注释信息全面准确的毒力因子数据库。
[0005]本申请公开了如下技术方案：
[0006]第一方面，本申请公开了一种毒力因子数据库构建方法，所述方法包括：
[0007]获取初始序列；
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【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种毒力因子数据库构建方法，其特征在于，所述方法包括：获取初始序列；对所述初始序列添加物种注释信息；确定所述初始序列的基因名称；对所述初始序列添加毒力基因类型注释信息；基于所述初始序列、所述物种注释信息、所述基因名称、所述毒力基因类型注释信息构建毒力因子数据库。2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述初始序列包括初始核酸序列和初始蛋白序列；所述获取初始序列包括：获取毒力基因序列，所述毒力基因序列包括毒力基因核酸序列和毒力基因蛋白序列；保留所述毒力基因核酸序列中对比一致性高于标准值的多条毒力基因序列中的其中一条，以获取初始核酸序列；在所述毒力基因序列的范围内，获取与所述初始核酸序列对应的初始蛋白序列。3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，所述方法还包括：在所述毒力基因蛋白序列的范围内，删除与所述初始蛋白序列的对比一致性高于标准值的所述毒力基因蛋白序列；将删除与所述初始蛋白序列的对比一致性高于标准值的所述毒力基因蛋白序列后的毒力基因蛋白序列添加进初始蛋白序列。4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述对所述初始序列添加物种注释信息，包括：获取所述初始序列与基因组数据库的第一对比结果；保留所述第一对比结果中比对一致率大于第一预设阈值的第一比对结果；将保留后的第一比对结果对应的初始序列设置为第一过滤序列；对所述第一过滤序列添加物种注释信息。5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，所述获取所述初始序列与基因组数据库的第一对比结果，包括：将所述初始序列与基...

【专利技术属性】
技术研发人员：张智，周晴，霍彩琴，
申请(专利权)人：博奥生物集团有限公司，
类型：发明
国别省市：