一种鉴定SL序列反式剪切所形成的基因编码框的方法技术

本发明专利技术提供了鉴定SL序列反式剪切所形成的基因编码框的方法，包括：获得基因组所有转录本和已知编码框序列；获取基因组比对文件；基于转录组测序数据，根据比对文件筛选局部比对序列，提取未成功比对上的部分序列；对未成功比对上的序列与指定的SL序列进行比较，若所提取的序列为指定SL序列的末端至少8个碱基序列，确定该序列为SL剪切位点产生的序列；根据比对文件中记录的位置信息推算SL序列的剪切位点，将剪切位点转换成转录组坐标；根据转录组坐标和转录本得到完整的mRNA序列；根据完整的mRNA序列，利用核糖体印迹测序数据，获得完整的mRNA对应的编码框。本发明专利技术解决了现有技术中SL序列的添加引入新的翻译起始位点，使原始基因组注释信息失效的问题。基因组注释信息失效的问题。基因组注释信息失效的问题。

【技术实现步骤摘要】
一种鉴定SL序列反式剪切所形成的基因编码框的方法


[0001]本专利技术涉及生物
，特别是涉及一种鉴定SL序列反式剪切所形成的基因编码框的方法。

技术介绍

[0002]基因编码框(Openreading frame，ORF)在基因组中的注释对于后续的生物学研究和应用至关重要。近年来，研究人员开发了各种算法来预测基因组中的ORF，但是这些算法和工具均是以模式物种的研究为出发点所进行的，虽然在大部分物种的研究中都是适用的，但是一些特殊物种的研究需求则没有被考虑。
[0003]在自然界中，大部分真核生物基因转录后形成信使RNA(mRNA)，随后通过顺式剪切去掉内含子(Intron)以后形成最终的成熟mRNA，进行翻译，合成蛋白质。然而，有另外一类真核生物，它们的mRNA成熟过程中除了需要经历内含子的顺式剪切，还需要经历前导(spliced leader，SL)序列的反式剪切。具体来说，在这类生物中，基因转录成mRNA以后，在其5
’
端进行反式剪切，添加上一段特定的SL序列，然后才能形成成熟的mRNA，进行翻译。由于很多本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种鉴定SL序列反式剪切所形成的基因编码框的方法，其特征在于，包括：获得全部的基因组所有转录本和已知编码框序列；根据所述转录本和已知编码框序列获取所述基因组的比对文件；基于转录组测序数据，根据所述比对文件筛选局部比对的序列，并提取未成功比对上的序列；对所述未成功比对上的序列与指定的SL序列进行比较，若所提取的序列为指定SL序列的末端至少8个碱基序列，则确定该序列为SL剪切位点所产生的序列；根据所述比对文件中所记录的位置信息推算SL序列的剪切位点，并将所述剪切位点转换成转录组坐标；根据所述转录组坐标和所述转录本得到完整的mRNA序列；利用核糖体印迹测序数据，根据所述完整的mRNA序列获得完整的mRNA对应的编码框。2.根据权利要求1所述的一种鉴定SL序列反式剪切所形成的基因编码框的方法，其特征在于，所述位置信息包括：第3列的比对染色体信息和第4列的比对坐标。3.根据权利要求1所述的一种鉴定SL序列反式剪切所形成的基因编码框的方法，其特征在于，所述根据所述转录组坐标和所述转录本得到完整的mRNA序列包括：将SL剪切位点以前的序列删除，并替换成指定的SL序列以得到完整的mRNA序列。4.根据权利要求1所述的一种鉴定SL序列反式剪切所形成的基因编码框的方法，其特征在于，根据基因组中所...

【专利技术属性】
技术研发人员：李午佼，孟青，朱纯青，陈运生，
申请(专利权)人：深圳市儿童医院，
类型：发明
国别省市：