一种用于检测鸡无尾基因型的分子标记及其检测引物和应用制造技术

本发明专利技术提供了一种用于检测鸡无尾基因型的分子标记及其检测引物和应用，涉及分子生物学领域，在鸡2号染色体发现存在1个DNA片段的拷贝数变异，物理位置为86914914

【技术实现步骤摘要】
一种用于检测鸡无尾基因型的分子标记及其检测引物和应用


[0001]本专利技术涉及分子生物学
，具体涉及一种用于检测鸡无尾基因型的分子标记及其检测引物和应用。

技术介绍

[0002]测序技术的不断发展，为遗传学研究提供了前所未有的机会与挑战。大量的基因组组装信息、测序结果不断被释放，带来的是分析方法、手段的快速升级。技术的不断更新，为科学研究带来的前所未有机遇。家禽的遗传定位研究在过去几十年里取得了十分显著的成就。大量与外貌表型、生长以及生产相关的基因、突变以及区间得以被挖掘。这得益于基因组学研究技术的不断发展以及育种工作者的坚持。在已有的研究结果中，我们看到了很多由基因组结构变异引起的表型变异。如鸡27号染色体上三个复杂的拷贝数变异是胡须性状形成的原因；鸡1号染色体上，SOX5基因内含子上3.2kb区间的拷贝数变异是鸡豆冠表型形成的原因；鸡20号染色体上发生的复杂结构重排，导致了黑色素在真皮内的沉积，进而形成了黑肤表型。基因组结构变异多样化，可以通过多种途径调控基因表达进而影响表型的形成。研究结构变异的产生和作用途径，有助于我们解析相关性状形成的机制。
[0003]瓢鸡是我国云南镇沅县特有的珍稀家禽品种，因其缺失尾椎骨、尾棕骨、尾羽、镰羽、尾脂腺而尾部形状似瓢而名瓢鸡。至今仍未见报道无尾基因型的检测方法。如果利用传统方法对鸡的无尾性状进行选育，将耗费大量的人力、物力、财力。故亟需建立一种无尾基因型的检测方法。

技术实现思路

[0004]鉴于此，本专利技术提供一种用于检测鸡无尾基因型的分子标记及其检测引物和应用，专利技术人建立一种快速检测无尾性状的方法，进行标记辅助选择，有助于提高育种效率。
[0005]本专利技术以无尾瓢鸡和仙居鸡为亲本建立回交家系，统计后代中有、无尾的比例显示瓢鸡的无尾性状属于单基因显性遗传模式，记录了回交后代个体的无尾性状，利用全基因组SNP进行连锁分析，将影响鸡无尾基因型的基因座定位于鸡2号染色体；为了进一步精细定位以及寻找致因突变，我们对纯种瓢鸡以及回交家系内的后代个体进行了全基因组重测序，结合已有研究中多个野生群体的重测序数据，我们发现一个长度为4.2kb的序列缺失与无尾性状完全关联。本专利技术鉴别鸡无尾基因型的方法，是针对不同缺失片段间设计引物进行PCR检测，根据检测结果判定鸡无尾基因型。
[0006]本专利技术首先提供一种用于检测鸡无尾基因型的分子标记，其为染色体Deletion片段，该分子标记物理位置位于鸡2号染色体86914914
‑
86919099bp处。
[0007]进一步的，本专利技术提供了用于检测上述分子标记的引物，是针对上述Deletion片段设计的引物，其核苷酸序列为：
[0008]Del
‑
F：CGTGTCTGAGGAACCTATTAGAGAG，如SEQ ID No.1所示，
[0009]Del
‑
R：TCGAATTAATGGCAATTGGAGAAGG，如SEQ IDNo.2所示。
[0010]进一步的，本专利技术提供了一种检测鸡无尾基因型的试剂盒，含有针对上述分子标记设计的1对引物。
[0011]进一步的，本专利技术检测鸡无尾基因型的方法包括以下步骤：
[0012](1)以待测鸡的基因组DNA为模板，用引物进行PCR反应；所述引物是：
[0013]Del
‑
F：CGTGTCTGAGGAACCTATTAGAGAG，
[0014]Del
‑
R：TCGAATTAATGGCAATTGGAGAAGG。
[0015](2)将PCR反应的扩增产物用琼脂糖凝胶检测，若PCR扩增反应的目的片段为两条，则检测样本为杂合子，若PCR扩增反应的目的片段为一条，长度大于6kb，则样本检测为隐性纯合子，若PCR扩增反应的目的片段为一条，长度小于6kb，则检测样本为显性纯合子。
[0016]进一步的，本专利技术方法中，步骤(1)中引物Del
‑
F、R的PCR扩增反应体系为：
[0017]总体系为25μl时，基因组DNA：50ng，上、下游引物各10pmol，2
×
Taq MasterMix(Dye)12.5μl，加水补至25μl反应体系。
[0018]本专利技术方法中，步骤(1)中引物Del
‑
F、R的PCR反应条件为：94℃预变性5min；94℃变性30sec，60℃退火30sec，72℃延伸4min，共35个循环；72℃终延伸7min；12℃保存。
[0019]进一步的，本专利技术提供了分子标记在鸡育种中的应用。
[0020]进一步的，本专利技术还提供了上述引物在检测鸡无尾基因型或制备检测鸡无尾基因型试剂盒中的应用。
[0021]进一步的，本专利技术还提供了的上述引物在鸡育种中的应用。
[0022]进一步的，本专利技术还提供上述试剂盒在鸡育种中的应用。
[0023]与现有技术相比，本专利技术的有益效果是：
[0024]本专利技术首次提供了用于鉴别无尾性状的分子标记；利用该分子标记设计特异性引物，对待测鸡基因组DNA进行PCR检测，根据检测结果判断待测鸡是无尾的基因型。本专利技术方法可以实现对鸡无尾基因型个体的快速筛选，加快无尾性状鸡的选育，从而大大地提高育种和保种效率；本专利技术的检测方法操作简单，费用低廉，准确度高。
附图说明
[0025]图1为本专利技术提供的Deletion缺失扩增后琼脂糖凝胶检测的结果。
具体实施方式
[0026]以下的实施例便于更好地理解本专利技术，但并不限定本专利技术。下述实施例中的实验方法，如无特殊说明，均为常规方法。下述实施例中所用的试验材料，如无特殊说明，均为自常规生化试剂商店购买得到的。
[0027]实施例1无尾突变的定位
[0028]1、无尾突变的定位
[0029]本专利技术以无尾瓢鸡和仙居鸡为亲本建立回交家系，统计后代中有、无尾的比例显示瓢鸡的无尾性状属于单基因显性遗传模式。胚胎体节数目统计证实，无尾瓢鸡胚胎相较于正常胚胎缺失6
‑
8对体节。基于60K SNP芯片的分型结果，我们首先对家系内的亲本以及BC2代个体进行了全基因组关联分析，并在2号染色体发现了非常显著的关联信号。通过家系内的连锁分析将定位区间缩小到798.5kb。为了进一步精细定位以及寻找致因突变，我们
对纯种瓢鸡以及回交家系内的后代个体进行了全基因组重测序，结合已有研究中多个野生群体的重测序数据，以及SNP位点筛选验证，最终我们发现一个长度为4.2kb的序列缺失与无尾性状完全关联。
[0030]本专利技术鉴别鸡无尾基因型的方法，是针对缺失片段间设计引物进行PCR检测，设计的原理是基于无尾突变产生核苷酸序列缺失，PCR扩增的引物设计在核苷酸片段缺失的外侧，无尾突变染色体扩增的目的片段长度小于野生型基因组实际获得的目的片段。杂合子因同时具有突变和野生型两个单倍型，因此其扩增结果为两条，且两个条带相差4.本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于检测鸡无尾基因型的分子标记，其特征在于，其为染色体缺失片段，该分子标记物理位置位于鸡2号染色体86914914
‑
86919099bp处。2.权利要求1所述的分子标记在鸡育种中的应用。3.用于检测权利要求1所述分子标记的引物，其特征在于，其核苷酸序列为：上游引物：CGTGTCTGAGGAACCTATTAGAGAG，如SEQ IDNo.1所示，下游引物：TCGAATTAATGGCAATTGGAGAAGG，如SEQ IDNo.2所示。4.权利要求3所述的引物在制备检测鸡无尾基因型试剂盒中的应用。5.权利要求3所述的引物在鸡育种中的应用。6.一种检测鸡无尾基因型的试剂盒，其特征在于，含有权利要求3所述的引物。7.权利要求6所述的试剂盒在鸡育种中的应用。8.一种检测鸡无尾基因型的方法，其特征在于，包括以下步骤：(1)以待测鸡的基因组DNA为模板，用引物进行PCR反应；所述引物：上游引物：CGTGTCTGAGG...

【专利技术属性】
技术研发人员：郭影，田菁，胡晓湘，李慧芳，朱春红，韩威，李宁，
申请(专利权)人：海南省崖州湾种子实验室，
类型：发明
国别省市：