一种酿酒酵母转座子活力的评估方法技术

本发明专利技术提供了一种酿酒酵母转座子活力的评估方法，本发明专利技术属于分子生物学技术领域。本发明专利技术提供的评估方法，包括如下步骤：(1)设计扩增酿酒酵母转座子Ty序列及LTR序列的引物，以待测酿酒酵母基因组DNA为扩增模板，构建转座子扩增子文库；(2)对所述转座子扩增子文库进行测序，得到测序数据；(3)对测序数据进行拼接和注释，确定Ty序列和LTR序列的OUT数目，并计算α多样性；(4)按照步骤(1)～(3)获得参照样本和野生型的Ty序列和LTR序列的OUT数目和α多样性数据；(5)根据得到的待测酿酒酵母和参照样本、野生型的Ty和LTR序列的OUT数目数据和α多样性数据，计算待测酿酒酵母转座子活力。计算待测酿酒酵母转座子活力。计算待测酿酒酵母转座子活力。

【技术实现步骤摘要】
一种酿酒酵母转座子活力的评估方法


[0001]本专利技术涉及分子生物学
，尤其涉及一种酿酒酵母转座子活力的评估方法。

技术介绍

[0002]转座子是基因组中可移动的功能元件，可以引发基因组的增减和改变，对于生物的进化具有非常重要的意义。酿酒酵母转座子Ty为反转座子，典型结构为两侧为正向重复的约300bp LTR序列；中间为约5kb的gag
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pol融合蛋白读码框，且二基因读码框发生重叠。表达产物为反转录酶和整合酶，是发挥转座机制的核心酶。酿酒酵母转座子可以诱发丰富的基因组变异类型，如基因的删除、重复和结构变异。在这些过程中，可能伴随着LTR序列的波动。其主要实现形式为同源重组和转座作用。比如，酵母转座子发生转座作用时会发生孤立LTR序列的产生，同时在靶位点同样会产生新的LTR序列。又如，通过同源重组会产生LTR序列在碱基水平上发生变化。其整体趋势是令整个基因组的LTR序列多样性增加。这些变化可以作为转座子曾经活跃的依据。
[0003]目前对转座子行为的活跃程度的评估，有以下三类方法。一是基于生物标记的，如使用转座本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于评估酿酒酵母转座子活力的评估方法，其特征在于，包括如下步骤：(1)设计扩增酿酒酵母转座子Ty序列及LTR序列的引物，以待测酿酒酵母基因组DNA为扩增模板，构建转座子扩增子文库；(2)对所述转座子扩增子文库进行测序，得到测序数据；(3)对测序数据进行拼接和注释，确定Ty序列和LTR序列的OUT数目，并计算α多样性；(4)按照步骤(1)～(3)分别获得参照样本和野生型的Ty序列和LTR序列的OUT数目和α多样性数据；(5)根据得到的待测酿酒酵母、参照样本和野生型的Ty和LTR序列的OUT数目数据和α多样性数据，计算待测酿酒酵母转座子活力。2.如权利要求1所述的评估方法，其特征在于，所述Ty序列包括Ty1、Ty2、Ty3、Ty4和Ty5序列；与Ty序列对应的LTR序列包括LTR1、LTR2、LTR3、LTR4和LTR5序列。3.如权利要求2所述的评估方法，其特征在于，所述LTR1的引物序列如SEQ ID NO.1～2所示；所述LTR2的引物序列如SEQ ID NO.3～4所示；所述LTR3的引物序列如SEQ ID NO.5～6所示；所述LTR4的引物序列如SEQ ID NO.7～8所示；所述LTR5的引物序列如SEQ ID NO.9～10所示。4.如权利要求2或3所述的评估方法，其特征在于，所述Ty1的引物序列如SEQ ID NO.11～12所示；所述Ty2的引物序列如SEQ ID NO.13～14所示；所述Ty3的引物序列如SEQ ID NO.15～16所示；所述Ty4的引物序列如SEQ ID NO.17～18所示；所述Ty5的引物序列如SEQ ID NO.19～20所示...

【专利技术属性】
技术研发人员：芦志龙，陈英，陈小玲，吴艳玲，陆琦，陈东，
申请(专利权)人：广西科学院，
类型：发明
国别省市：