一种姜曲海猪鉴定方法技术

本发明专利技术涉及一种姜曲海猪鉴定方法，首先采集姜曲海猪的特异性遗传标签组合，经全基因组测序后，通过线性混合模型进行全基因组关联分析，筛选显著值前35的SNP位点构成鉴定数据集；再通过鉴定数据集利用支持向量机构建机器学习模型，鉴定时，提取待测肉制品的基因组DNA进行测序，并获得待测肉制品的特异性遗传标签组合中位点的基因型；将待测肉制品的SNP位点的基因型输入机器学习模型进行鉴别；输出鉴别结果。本发明专利技术提供的姜曲海猪鉴定方法操作简单、价格低廉、具有很高的准确性，填补了市场的空缺，有效解决了姜曲海猪品系的鉴伪问题。有效解决了姜曲海猪品系的鉴伪问题。

【技术实现步骤摘要】
一种姜曲海猪鉴定方法


[0001]本专利技术关于一种猪鉴定方法，特别是有关于一种姜曲海猪鉴定方法。

技术介绍

[0002]姜曲海猪主产于江苏省海安、泰州市姜堰区一带，而以姜埝、曲塘、海安镇为主要集散地，因而得名，具有毛色乌黑、肉质鲜美、适应性强等特点。姜曲海猪从十九世纪初期开始形成至今已有一百多年的历史。它具有产仔较多、性温驯、早熟易肥、脂肪沉积能力强、肉质鲜美等特点，是“北腿”(如皋火腿)的主要原料猪之一。姜曲海猪是属于我国江海型猪种的一个地方猪种，江海型猪种亦曾称华北,华中过渡型猪种,它不仅位于自然条件的过渡地带,且是处于华北型猪种和华中型猪种的交错地带。通过传统方法将姜曲海猪与其他品种猪区分难度很大，尤其是宰杀后的分割猪及其处理后的肉制品。如何快速准确的鉴别姜曲海猪是目前亟需解决的一个问题，姜曲海猪的鉴定是可靠的食品追溯手段，有利于规范种业发展，推进中国地方猪保护工作。

技术实现思路

[0003]要解决的技术问题：本专利技术的目的在于提供一种姜曲海猪鉴定方法，对姜曲海猪的品种进行快速鉴别，填补市场空缺，有效解决姜曲海猪品系的鉴伪问题。
[0004]技术方案：一种姜曲海猪鉴定方法，包括以下步骤：S1：采集姜曲海猪的特异性遗传标签组合；S2：特异性遗传标签组合构成鉴定数据集；S3：利用鉴定数据集构建机器学习模型；S4：提取待测肉制品的基因组DNA并进行测序；S5：获得待测肉制品的特异性遗传标签组合中位点的基因型；S6：将位点的基因型输入机器学习模型进行鉴别；S7：输出鉴别结果。进一步的，所述步骤S1通过线性混合模型对全基因组数据进行全基因组数据关联分析获得品种基因组数据，选取显著值前35的特异性遗传标签组合。进一步的，所述步骤S1中全基因组数据包括76个地方猪品种，1305个个体。进一步的，所述步骤S1中线性混合模型表达式为：y＝μ+xb+Σ
k
W
ik
U
k
+e，其中，y代表个体品种，编码为1或0，当y值为1时代表个体品种为姜曲海猪，当y值为0时代表个体品种为其他，μ是一个固定的均值项，x是位点的基因型变量，b表示两个群体之间的等位基因频率差的函数，Σ
k
W
ik
U
k
是模型中其他染色体上的所有SNP位点用来控制群体分化的项，k表示全基因组数据的所有位点，Wik表示SNP位点的标准化基因型变量，Uk表示对应不同位点的效果大小，e表示残差。进一步的，所述显著值前35的特异性遗传标签组合包括：姜曲海猪2号染色体第1495134位位点，姜曲海猪2号染色体第1720381位位点，姜曲海猪2号染色体第1720773位位
点，姜曲海猪2号染色体第1723214位位点，姜曲海猪2号染色体第1730835位位点，姜曲海猪2号染色体第2133478位位点，姜曲海猪2号染色体第2138194位位点，姜曲海猪2号染色体第2142208位位点，姜曲海猪5号染色体第60267613位位点，姜曲海猪5号染色体第66626221位位点，姜曲海猪8号染色体第13775701位位点，姜曲海猪8号染色体第15471163位位点，姜曲海猪8号染色体第15529343位位点，姜曲海猪8号染色体第15532680位位点，姜曲海猪8号染色体第15553072位位点，姜曲海猪8号染色体第15840949位位点，姜曲海猪8号染色体第16959973位位点，姜曲海猪8号染色体第16970699位位点，姜曲海猪8号染色体第17418026位位点，姜曲海猪8号染色体第33446092位位点，姜曲海猪8号染色体第40760959位位点，姜曲海猪10号染色体第46774551位位点，姜曲海猪10号染色体第47158972位位点，姜曲海猪13号染色体第182098562位位点，姜曲海猪13号染色体第182422385位位点，姜曲海猪13号染色体第182425226位位点，姜曲海猪13号染色体第182454313位位点，姜曲海猪13号染色体第182482029位位点，姜曲海猪13号染色体第182485046位位点，姜曲海猪13号染色体第183020878位位点，姜曲海猪13号染色体第183127485位位点，姜曲海猪13号染色体第183127526位位点，姜曲海猪13号染色体第191394426位位点，姜曲海猪14号染色体第131175982位位点，姜曲海猪14号染色体第131182029位位点。进一步的，所述显著值通过软件gemma
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0.98.5
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linux
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static
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AMD64采取瓦尔德检验法获得。进一步的，所述瓦尔德检验法先假设检验结果为0，此时SNP位点不影响表型，再假设检验结果为1，此时SNP位点与表型显著关联。进一步的，所述步骤S3构建机器学习模型通过R语言中的svm()函数进行支持向量机模型的构建。进一步的，所述R语言中svm()函数支持向量机模型的构建具体为：model.svm<
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svm(x＝trX,y＝factor(as.character(try)),kernel＝"linear",scale＝T)，其中，model.svm为构建的机器学习模型，svm为R语言内置的支持向量机函数，x＝trX代表显著值前35的SNP位点作为训练集，trX为输入的模型，y＝factor(as.character(try))代表包含训练集的表型值，即具体品种输入模型，kernel＝"linear"代表选取"linear"模式的支持向量机，scale＝T表示对变量进行缩放。有益效果：本专利技术提供一种姜曲海猪鉴定方法，首先采集姜曲海猪的特异性遗传标签组合，经全基因组测序后，通过线性混合模型进行全基因组关联分析，筛选显著值前35的SNP位点构成鉴定数据集；再利用鉴定数据集构建机器学习模型，鉴定时，提取待测肉制品的基因组DNA进行测序，并获得待测肉制品的特异性遗传标签组合中位点的基因型；将待测肉制品的SNP位点的基因型输入机器学习模型进行鉴别；输出鉴别结果。本专利技术提供的姜曲海猪鉴定方法操作简单、鉴定结果准确、价格低廉，填补了市场的空缺，有效解决了姜曲海猪品系的鉴伪问题。
具体实施方式
为使对本专利技术的目的、构造、特征、及其功能有进一步的了解，兹配合实施例详细说明如下。
实施例一种姜曲海猪鉴定方法，包括以下步骤：S1：采集姜曲海猪的特异性遗传标签组合：通过线性混合模型y＝μ+xb+∑
k
W
ik
U
k
+e对全基因组数据进行全基因组数据关联分析获得品种基因组数据，其中，y代表个体品种，编码为1或0，当y值为1时代表个体品种为姜曲海猪，当y值为0时代表个体品种为其他，μ是一个固定的均值项，x是SNP位点的基因型变量，一个个体的的基因型有三种，分别为AA、AC和CC，当基因型为AA时，x赋值0，当基因型为AC时，x赋值1，当基因型为CC时，x赋值2，b表示两个群体之间的等位基因频率差的函数，∑
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【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种姜曲海猪鉴定方法，其特征在于，该方法包括以下步骤：S1：采集姜曲海猪的特异性遗传标签组合；S2：特异性遗传标签组合构成鉴定数据集；S3：利用鉴定数据集构建机器学习模型；S4：提取待测肉制品的基因组DNA并进行测序；S5：获得待测肉制品的特异性遗传标签组合中位点的基因型；S6：将位点的基因型输入机器学习模型进行鉴别；S7：输出鉴别结果。2.根据权利要求1所述的一种姜曲海猪鉴定方法，其特征在于，所述步骤S1通过线性混合模型对全基因组数据进行全基因组数据关联分析获得品种基因组数据，选取显著值前35的特异性遗传标签组合。3.根据权利要求1所述的一种姜曲海猪鉴定方法，其特征在于，所述步骤S1中全基因组数据包括76个地方猪品种，1305个个体。4.根据权利要求1所述的一种姜曲海猪鉴定方法，其特征在于，所述步骤S1中线性混合模型表达式为：y＝μ+xb+Σ
k
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ik
U
k
+e，其中，y代表个体品种，编码为1或0，当y值为1时代表个体品种为姜曲海猪，当y值为0时代表个体品种为其他，μ是一个固定的均值项，x是位点的基因型变量，b表示两个群体之间的等位基因频率差的函数，Σ
k
W
ik
U
k
是模型中其他染色体上的所有SNP位点用来控制群体分化的项，k表示全基因组数据的所有位点，Wik表示SNP位点的标准化基因型变量，Uk表示对应不同位点的效果大小，e表示残差。5.根据权利要求2所述的一种姜曲海猪鉴定方法，其特征在于，所述显著值前35的特异性遗传标签组合包括：姜曲海猪2号染色体第1495134位位点，姜曲海猪2号染色体第1720381位位点，姜曲海猪2号染色体第1720773位位点，姜曲海猪2号染色体第1723214位位点，姜曲海猪2号染色体第1730835位位点，姜曲海猪2号染色体第2133478位位点，姜曲海猪2号染色体第2138194位位点，姜曲海猪2号染色体第2142208位位点，姜曲海猪5号染色体第60267613位位点，姜曲海猪5号染色体第66626221位位点，姜曲海猪8号染色体第13775701位位点，姜曲海猪8号染色体第15471163位位点，姜曲海猪8号染色体第15529343位位点，姜曲海猪8号染色体第15532680位位点，姜曲海猪8号染色体第15553072位位点，姜曲海猪8号染色体第15840949位位点，姜曲海猪8号染色体第16...

【专利技术属性】
技术研发人员：王振，叶晓微，曹彩云，潘玉春，王起山，张哲，张振洋，
申请(专利权)人：浙江大学，
类型：发明
国别省市：