一种基于多分辨多区域的微卫星不稳定检测方法及设备技术

本发明专利技术公开一种基于多分辨多区域的微卫星不稳定检测方法及设备，上述方法包括：S1：获取多分辨率WSI图像；S2：根据颜色的不同对S1得到的低分辨率图像进行像素分类，将颜色相同或相近的像素归为一类，每一类形成具有染色信息的图像；S3：选取包含染色信息最多的那类图像，并将其划分成为多个小区域；S4：从所有小区域中选取包含像素数量最多的小区域；S5：从高分辨率图像中获取与S4选取的小区域相对应的区域，并将该区域划分为多个小图像块；S6：利用预训练好的特征提取模型对所有小图像块进行特征图提取；S7：利用分类模型对特征图依次进行分类，判断对应特征图的小图像块为MSIH或nonMSIH。本发明专利技术使微卫星不稳定性状态的检测更高效、更可靠、成本更低。成本更低。成本更低。

【技术实现步骤摘要】
一种基于多分辨多区域的微卫星不稳定检测方法及设备


[0001]本专利技术属于基因测序领域，具体涉及一种基于多分辨多区域的微卫星不稳定检测方法及设备。

技术介绍

[0002]结直肠癌是当今世界上第三大常见癌症，也是世界上第二大致死癌症，每年大约有90万人死于结直肠癌。
[0003]微卫星不稳定性(Microsatellite Instability，MSI)，是指由于在DNA复制时插入或缺失突变引起的微卫星(Microsatellite,MS)序列长度改变的现象，常由错配修复功能(Mismatch repair,MMR)缺陷引起。MS序列，是一些短而重复的DNA序列，一般由1～6个核苷酸组成，串联重复排列，常见类型为双碱基CA/GA/GT或单碱基A/T等。MS序列可以位于基因的重要非编码区，也可以位于基因的编码区，多态性分布于整个基因组，个体差异大。
[0004]MSI现象于1993年被Jacobs等人在结直肠癌中首次发现。随着针对MSI的研究深入，发现MSI现象不止存在于结直肠癌，在子宫内膜癌、胃癌、肝细胞癌、乳腺癌等实体瘤中均本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种基于多分辨多区域的微卫星不稳定检测方法，其特征在于，包括以下步骤：S1：获取目标病理图片，读取该目标病理图片内的WSI图片信息，得到至少低分辨率图像和高分辨率图像；S2：根据颜色的不同对S1得到的低分辨率图像进行像素分类，将颜色相同或相近的像素归为一类，每一类形成具有染色信息的图像；S3：从S2得到的所有具有染色信息的图像中选取包含染色信息最多的那类图像，并将其划分成为多个小区域；S4：从S3得到的所有小区域中选取包含像素数量最多的小区域；S5：从高分辨率图像中获取与S4选取的小区域相对应的区域，并将该区域划分为多个小图像块；S6：利用预训练好的特征提取模型对S5得到的所有小图像块进行特征图提取；S7：利用分类模型对S5提取的特征图依次进行分类，判断对应特征图的小图像块为MSIH或nonMSIH；若为MSIH，则小图像块对应的小区域整个判定为MSIH；否则，继续对下一个特征图进行分类，若全部的特征图对应的小图像块均为nonMSIH，则小图像块对应的小区域整个判定为nonMSIH。2.根据权利要求1所述的微卫星不稳定检测方法，其特征在于，S2具体包括以下步骤：S2.1：将S1得到的低分辨率图像从RGB空间转换为L*a*b颜色空间，L*a*b*空间包含光度层'L*'、色度层'a*'和色度层'b*'；S2.2：使用聚类方法(如：K
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means聚类法)对像素进行分类，将颜色相同或相近的像素归为一类，每一类形成具有染色信息的图像。3.根据权利要求2所述的微卫星不稳定检测方法，其特征在于，所述聚类方法为K
‑
means聚类法、层次聚类法、SOM聚类法、FCM聚类法中的一种。4.根据权利要求1所述的微卫星不稳定检测方法，其特征在于，S3具体包括以下步骤...

【专利技术属性】
技术研发人员：徐清华，文虎儿，宋凯斌，孙益丰，
申请(专利权)人：苏州可帮基因科技有限公司，
类型：发明
国别省市：