使用经修饰的捕获引物捕获和扩增靶多核苷酸的组合物和方法技术

本发明专利技术提供了一种用于在底物的表面处捕获靶多核苷酸的组合物。该组合物可包含多个捕获引物，该多个捕获引物与该底物的该表面偶联并且包含经修饰的核酸；和多个正交捕获引物，该多个正交捕获引物与该底物的该表面偶联并且包含经修饰的核酸。这些捕获引物的这些经修饰的核酸可包括锁定核酸(LNA)、肽核酸(PNA)或超级T。这些正交捕获引物的这些经修饰的核酸可包括锁定核酸(LNA)、肽核酸(PNA)或超级T。肽核酸(PNA)或超级T。肽核酸(PNA)或超级T。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】使用经修饰的捕获引物捕获和扩增靶多核苷酸的组合物和方法
[0001]相关申请的交叉引用
[0002]本申请要求于2020年12月21日提交的名称为“Compositions and Methods for Capturing and Amplifying Target Polynucleotides Using Modified Capture Primers”的美国临时专利申请第63/128,675号的权益，该专利申请的全部内容以引用方式并入本文。
[0003]序列表
[0004]本专利申请包含已以ASCII格式电子提交的序列表，该序列表据此全文以引用方式并入。所述ASCII副本命名为IP
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2054
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PCT_SL.txt，大小为4,174字节。


[0005]本申请涉及簇扩增。

技术介绍

[0006]簇扩增是扩增多核苷酸的方法，例如用于基因测序。靶多核苷酸由流通池中与底物表面偶联的引物(例如，P5和P7捕获引物)捕获，并且在该表面上的随机位置处形成“种子”。执行扩增循环以在每个种子周围的表面上形成簇。簇包括种子多核苷酸的拷贝和互补拷贝(它们一起可称为“扩增子”)。例如，图1示意性地示出了底物上多核苷酸的扩增。底物区域101上的单个种子111的捕获和扩增可产生单克隆簇121，该单克隆簇可用种子111的扩增子充分填充该底物区域，并且可容易地用于边合成边测序或SBS(虚线圆圈和点状线圆圈旨在表示该簇随时间推移的扩大)。在一些情况下，将底物图案化以便限定结合不同簇的区域，诸如可填充有相应簇的孔。

技术实现思路

[0007]本文提供的示例涉及使用经修饰的捕获引物捕获和扩增靶多核苷酸。公开了用于执行此类捕获和扩增的组合物和方法。
[0008]在一些示例中，本文提供了用于在底物的表面处捕获靶多核苷酸的组合物。该组合物可包含多个捕获引物，该多个捕获引物与底物的表面偶联。每个捕获引物可包含经修饰的核酸。该组合物还可包含多个正交捕获引物，该多个正交捕获引物与底物的表面偶联。每个正交捕获引物可包含经修饰的核酸。
[0009]在一些示例中，捕获引物的经修饰的核酸包括锁定核酸(LNA)、肽核酸(PNA)或超级T。在一些示例中，捕获引物进一步包含脱氧核糖核酸(DNA)。在一些示例中，经修饰的核酸和DNA分布在捕获引物的5'端和3'端之间。在一些示例中，经修饰的核酸设置在捕获引物的5'端，并且DNA设置在捕获引物的3'端。
[0010]在一些示例中，正交捕获引物的经修饰的核酸包括锁定核酸(LNA)、肽核酸(PNA)或超级T。在一些示例中，正交捕获引物进一步包含脱氧核糖核酸(DNA)。在一些示例中，经
修饰的核酸和DNA分布在捕获引物的5'端和3'端之间。在一些示例中，经修饰的核酸设置在正交捕获引物的5'端，并且DNA安置在正交捕获引物的3'端。
[0011]在一些示例中，该组合物进一步包含第一靶多核苷酸，这些第一靶多核苷酸各自包含与捕获引物互补的第一接头和与正交捕获引物互补的第二接头。该组合物进一步可包含第二靶多核苷酸，这些第二靶多核苷酸与第一靶多核苷酸中的相应第一靶多核苷酸互补。
[0012]在一些示例中，第一靶多核苷酸中的一些第一靶多核苷酸的第一接头与捕获引物中的相应捕获引物杂交以形成第一双链体，并且第一靶多核苷酸中的一些第一靶多核苷酸的第二接头与正交捕获引物中的相应正交捕获引物杂交以形成第二双链体。在一些示例中，第一双链体和第二双链体各自具有的熔融温度(Tm)大于第三双链体的Tm，这些第三双链体将通过第二靶多核苷酸和第一靶多核苷酸中的与第二靶多核苷酸互补的相应第一靶多核苷酸杂交形成。在一些示例中，第一双链体和第二双链体各自具有介于约80℃和约110℃之间的Tm。在一些示例中，第一双链体和第二双链体各自具有介于约85℃和约105℃之间的Tm。在一些示例中，第一双链体和第二双链体各自具有介于约90℃和约100℃之间的Tm。
[0013]在一些示例中，基本上没有第二靶多核苷酸在溶液中与第一靶多核苷酸中的任一者杂交。
[0014]在一些示例中，该组合物进一步包含约1％至约100％的甲酰胺(％v/v)或约5％至约80％的甲酰胺(％v/v)。
[0015]在一些示例中，该组合物进一步包含进一步包含约100mM至约800mM的Na+或约200mM到约800mM的Na+。
[0016]在一些示例中，捕获引物是经修饰的P5捕获引物，并且正交捕获引物是经修饰的P7捕获引物。
[0017]在一些示例中，捕获引物中的每一者包含介于约五个和约二十个之间的经修饰的核酸，并且正交捕获引物中的每一者包含介于约五个和约二十个之间的经修饰的核酸。
[0018]在一些示例中，捕获引物中的每一者包含至少约九个经修饰的核酸，并且正交捕获引物中的每一者包含至少约九个经修饰的核酸；或者捕获引物中的每一者包含至少约十二个经修饰的核酸，并且正交捕获引物中的每一者包含至少约十二个经修饰的核酸；或者捕获引物中的每一者包含至少约十五个经修饰的核酸，并且正交捕获引物中的每一者包含至少约十五个经修饰的核酸。
[0019]在一些示例中，本文提供了一种用于在底物的表面处捕获和扩增靶多核苷酸的方法。该方法可包括使组合物与流体接触。该组合物可包含多个捕获引物，该多个捕获引物与底物的表面偶联，每个捕获引物包含经修饰的核酸；和多个正交捕获引物，该多个正交捕获引物与底物的表面偶联，每个正交捕获引物包含经修饰的核酸。该流体可包含第一靶多核苷酸，这些第一靶多核苷酸各自包含与捕获引物互补的第一接头和与正交捕获引物互补的第二接头；和第二靶多核苷酸，这些第二靶多核苷酸与第一靶多核苷酸中的相应第一靶多核苷酸互补。该方法可包括在抑制流体中第二靶多核苷酸与第一靶多核苷酸杂交的同时：使第一靶多核苷酸中的一些第一靶多核苷酸的第一接头与捕获引物中的相应捕获引物杂交以形成第一双链体；使第一靶多核苷酸中的一些第一靶多核苷酸的第二接头与正交捕获引物中的相应正交捕获引物杂交以形成第二双链体；并且然后扩增第一靶多核苷酸，该扩
增包括生成第一靶多核苷酸的相应扩增子。
[0020]在一些示例中，捕获引物的经修饰的核酸包括锁定核酸(LNA)、肽核酸(PNA)或超级T。在一些示例中，捕获引物进一步包含脱氧核糖核酸(DNA)。在一些示例中，经修饰的核酸和DNA分布在捕获引物的5'端和3'端之间。在一些示例中，经修饰的核酸设置在捕获引物的5'端，并且DNA设置在捕获引物的3'端。
[0021]在一些示例中，正交捕获引物的经修饰的核酸包括锁定核酸(LNA)、肽核酸(PNA)或超级T。在一些示例中，正交捕获引物进一步包含脱氧核糖核酸(DNA)。在一些示例中，经修饰的核酸和DNA分布在捕获引物的5'端和3'端之间。在一些示例中，经修饰的核酸设置在正交捕获引物的5'端，并且DNA安置在正交捕获引物的3'端。
[0022]在一些示例中，第一双链体和第二双链体各自具有的熔融温度(本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种用于在底物的表面处捕获靶多核苷酸的组合物，所述组合物包含：多个捕获引物，所述多个捕获引物与所述底物的所述表面偶联，每个捕获引物包含经修饰的核酸；和多个正交捕获引物，所述多个正交捕获引物与所述底物的所述表面偶联，每个正交捕获引物包含经修饰的核酸。2.根据权利要求1所述的组合物，其中所述捕获引物的所述经修饰的核酸包括锁定核酸(LNA)、肽核酸(PNA)或超级T。3.根据权利要求1或权利要求2所述的组合物，其中所述捕获引物进一步包含脱氧核糖核酸(DNA)。4.根据权利要求3所述的组合物，其中所述经修饰的核酸和所述DNA分布在所述捕获引物的5'端和3'端之间。5.根据权利要求3所述的组合物，其中所述经修饰的核酸设置在所述捕获引物的5'端，并且所述DNA设置在所述捕获引物的3'端。6.根据权利要求1至5中任一项所述的组合物，其中所述正交捕获引物的所述经修饰的核酸包括锁定核酸(LNA)、肽核酸(PNA)或超级T。7.根据权利要求6所述的组合物，其中所述正交捕获引物进一步包含脱氧核糖核酸(DNA)。8.根据权利要求7所述的组合物，其中所述经修饰的核酸和所述DNA分布在所述捕获引物的5'端和3'端之间。9.根据权利要求7所述的组合物，其中所述经修饰的核酸设置在所述正交捕获引物的5'端，并且所述DNA设置在所述正交捕获引物的3'端。10.根据权利要求1至9中任一项所述的组合物，所述组合物进一步包含：第一靶多核苷酸，所述第一靶多核苷酸各自包含与所述捕获引物互补的第一接头和与所述正交捕获引物互补的第二接头；和第二靶多核苷酸，所述第二靶多核苷酸与所述第一靶多核苷酸中的相应第一靶多核苷酸互补。11.根据权利要求10所述的组合物，其中所述第一靶多核苷酸中的一些第一靶多核苷酸的所述第一接头与所述捕获引物中的相应捕获引物杂交以形成第一双链体，并且其中所述第一靶多核苷酸中的一些第一靶多核苷酸的所述第二接头与所述正交捕获引物中的相应正交捕获引物杂交以形成第二双链体。12.根据权利要求11所述的组合物，其中所述第一双链体和所述第二双链体各自具有的熔融温度(Tm)大于第三双链体的Tm，所述第三双链体将通过所述第二靶多核苷酸和所述第一靶多核苷酸中的与所述第二靶多核苷酸互补的所述相应第一靶多核苷酸杂交形成。13.根据权利要求11或权利要求12所述的组合物，其中所述第一双链体和所述第二双链体各自具有介于约80℃和约110℃之间的熔融温度(Tm)。14.根据权利要求11至13中任一项所述的组合物，其中所述第一双链体和所述第二双链体各自具有介于约85℃和约105℃之间的熔融温度(Tm)。15.根据权利要求11至14中任一项所述的组合物，其中所述第一双链体和所述第二双链体各自具有介于约90℃和约100℃之间的熔融温度(Tm)。16.根据权利要求11至15中任一项所述的组合物，其中基本上没有所述第二靶多核苷
酸在溶液中与所述第一靶多核苷酸中的任一者杂交。17.根据权利要求11至16中任一项所述的组合物，所述组合物进一步包含约1％至约1000％的甲酰胺(％v/v)。18.根据权利要求11至17中任一项所述的组合物，所述组合物进一步包含约5％至约80％的甲酰胺(％v/v)。19.根据权利要求11至18中任一项所述的组合物，所述组合物进一步包含约100mM至约800mM的Na+。20.根据权利要求11至19中任一项所述的组合物，所述组合物进一步包含约200mM至约800mM的Na+。21.根据权利要求1至20中任一项所述的组合物，其中所述捕获引物是经修饰的P5捕获引物，并且其中所述正交捕获引物是经修饰的P7捕获引物。22.根据权利要求1至21中任一项所述的组合物，其中所述捕获引物中的每一者包含介于约五个和约二十个之间的所述经修饰的核酸，并且其中所述正交捕获引物中的每一者包含介于约五个和约二十个之间的所述经修饰的核酸。23.根据权利要求1至22中任一项所述的组合物，其中所述捕获引物中的每一者包含至少约九个所述经修饰的核酸，并且其中所述正交捕获引物中的每一者包含至少约九个所述经修饰的核酸。24.根据权利要求1至23中任一项所述的组合物，其中所述捕获引物中的每一者包含至少约十二个所述经修饰的核酸，并且其中所述正交捕获引物中的每一者包含至少约十二个所述经修饰的核酸。25.根据权利要求1至24中任一项所述的组合物，其中所述捕获引物中的每一者包含至少约十五个所述经修饰的核酸，并且其中所述正交捕获引物中的每一者包含至少约十五个所述经修饰的核酸。26.一种用于在底物的表面处捕获和扩增靶多核苷酸的方法，所述方法包括：...

【专利技术属性】
技术研发人员：H，
申请(专利权)人：伊鲁米纳公司，
类型：发明
国别省市：