检测高山美利奴羊INPP5E基因CNV标记的方法及应用技术

本发明专利技术属于分子生物学检测技术领域，具体涉及一种检测高山美利奴羊INPP5E基因CNV标记的方法及应用，本发明专利技术提供了一种与高山美利奴羊羊毛性状相关的CNV标记，位于高山美利奴羊INPP5E基因外显子区域chr3：2926901

【技术实现步骤摘要】
检测高山美利奴羊INPP5E基因CNV标记的方法及应用


[0001]本专利技术属于分子生物学检测
，具体涉及一种检测高山美利奴羊INPP5E基因CNV标记的方法及应用。

技术介绍

[0002]羊毛是指覆盖在羊体表面的一层具有纺织价值的纤维，是皮肤的衍生物。羊毛是毛纺工业的主要原料，约占毛纺原料的97％，主要用来加工服装面料、毛线、毛毯等产品。在羊毛生产和育种实践中，羊毛性状是重要的经济性状，主要包括毛长、产毛量、平均纤维直径、弯曲度、断裂强度、伸度、净毛率等多个指标，与织造产品和经济效益密切相关。由于人口增长，羊毛的需求已经超过了供给。随着市场需求的变化，生产优质羊毛已成为山羊育种的主要目标。
[0003]高山美利奴羊是以甘肃高山细毛羊为母本，澳洲美利奴羊为父本，综合利用现代先进生物技术和育种技术，经过20年育成的世界首例适应海拔2400～4070m高山寒旱生态区，羊毛纤维直径主体为19.0～21.5μm的美利奴羊新品种。羊毛形状也是决定其经济价值的一项重要指标，并且羊毛形状的客观检验在羊毛销售中越来越受到重视，它与纺织性能、育种和生产三者间结合的越来越紧密。
[0004]与传统育种方法相比，分子标记辅助选择方法具有许多优势，例如可以明显缩短世代间隔，提高选择准确性，提前选择时间，同时对它低遗传力性状、早期未表现的性状、活体难以度量或者度量难度较大、成本较高的性状，有良好的选择效果。拷贝数变异(Copy Number Variations，CNVs)，作为一种新发现的基因组亚显微水平结构变异类型，是指基因组DNA中较大片段的缺失或重复现象，涉及的片段大小在50bp到数Mb之间，包括拷贝数增加(Copy number gain)和拷贝数减少(Copy number loss)。
[0005]CNV常用的检测方法主要分为在全基因组范围内检测未知CNV和用于定点检测或验证已知CNV两类。基因组未知CNV常用的检测方法有芯片法和测序法，但是，这两种方法受检测平台的局限，而且价格昂贵；对于已确定的CNV的检测，通常是采用基于PCR技术和杂交技术的一些方法。其中，实时荧光定量PCR(QPCR)最为常用。QPCR通过对目的基因(具有拷贝数变异)及参考基因(无拷贝数变异)进行相对定量，根据2
‑
ΔΔCt
方法统计检测样本候选基因的拷贝数。该方法操作简单，普适度高，速度快，受认同程度高。
[0006]肌醇多聚磷酸5
‑
磷酸酶基因(inositol polyphosphate
‑5‑
phosphatase，INPP5E)所编码的肌醇多聚磷酸5
‑
磷酸酶存在于细胞质、细胞骨架、纤毛轴丝、高尔基体、高尔基体膜、外周膜蛋白等位置，研究表明INPP5E通过调节磷酸肌醇信号，调控包括囊泡运输，细胞骨架动力，蛋白质的合成，增殖和存活等许多细胞活动。但目前，尚未见有关INPP5E基因CNV与绵羊羊毛性状的关联性研究的文献报道。

技术实现思路

[0007]本专利技术提供了一种检测高山美利奴羊INPP5E基因CNV标记的方法及应用，尤其涉
及一种基于QPCR技术检测高山美利奴羊INPP5E基因CNV标记的方法及其应用。具体包括以下内容：
[0008]第一方面，本专利技术提供了一种与高山美利奴羊羊毛净毛率性状相关的CNV标记，所述CNV标记位于高山美利奴羊INPP5E基因外显子区域chr3：2926901
‑
2927900。
[0009]第二方面，本专利技术提供了检测上述第一方面所述高山美利奴羊羊毛净毛率性状相关的CNV标记的试剂在检测高山美利奴羊羊毛净毛率中的应用；所述试剂扩增上述第一方面所述CNV标记和内参基因ANKRD1。
[0010]优选地，所述扩增结果根据2
×2‑
ΔΔCt
法定义拷贝数变异类型：2
×2‑
ΔΔCt
＝2为正常型，2
×2‑
ΔΔCt
>2为插入型，2
×2‑
ΔΔCt
<2为缺失型；所述正常型的羊毛净毛率优于缺失型和插入型。
[0011]优选地，所述试剂包括权利要求1所述CNV标记的扩增引物对P1：
[0012]上游引物F1：5'
‑
CCTGACCTCCCCGCGCCATG
‑
3'；
[0013]下游引物R1：5'
‑
TCAAACGGTGAACCAGGATGTGC
‑
3'；
[0014]和内参基因ANKRD1的扩增引物对P2：
[0015]上游引物F2：5'
‑
TCTTGTACCGATTCAGCC
‑
3'；
[0016]下游引物R2：5'
‑
TTCACTCGTTTATTGGGAT
‑
3'。
[0017]第三方面，本专利技术提供了一种检测上述第一方面所述高山美利奴羊羊毛净毛率性状相关的CNV标记的试剂在高山美利奴羊早期育种中的应用；所述试剂扩增上述第一方面所述CNV标记和内参基因ANKRD1。
[0018]优选地，所述扩增结果根据2
×2‑
ΔΔCt
法定义拷贝数变异类型：2
×2‑
ΔΔCt
＝2为正常型，2
×2‑
ΔΔCt
>2为插入型，2
×2‑
ΔΔCt
<2为缺失型；所述正常型的羊毛净毛率优于缺失型和插入型。
[0019]优选地，所述试剂包括权利要求1所述CNV标记的扩增引物对P1：
[0020]上游引物F1：5'
‑
CCTGACCTCCCCGCGCCATG
‑
3'；
[0021]下游引物R1：5'
‑
TCAAACGGTGAACCAGGATGTGC
‑
3'；
[0022]和内参基因ANKRD1的扩增引物对P2：
[0023]上游引物F2：5'
‑
TCTTGTACCGATTCAGCC
‑
3'；
[0024]下游引物R2：5'
‑
TTCACTCGTTTATTGGGAT
‑
3'。
[0025]第四方面，本专利技术提供了一种用于检测与高山美利奴羊羊毛净毛率性状相关的CNV标记的引物对，所述引物对包括上述第一方面所述CNV标记的扩增引物对P1：
[0026]上游引物F1：5'
‑
CCTGACCTCCCCGCGCCATG
‑
3'；
[0027]下游引物R1：5'
‑
TCAAACGGTGAACCAGGATGTGC
‑
3'；
[0028]和内参基因ANKRD1的扩增引本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种与高山美利奴羊羊毛净毛率性状相关的CNV标记，其特征在于，所述CNV标记位于高山美利奴羊INPP5E基因外显子区域chr3：2926901
‑
2927900。2.检测权利要求1所述高山美利奴羊羊毛净毛率性状相关的CNV标记的试剂在检测高山美利奴羊羊毛净毛率或高山美利奴羊早期育种中的应用；所述试剂扩增权利要求1所述CNV标记和内参基因ANKRD1。3.如权利要求2所述的应用，其特征在于，所述扩增结果根据2
×2‑
ΔΔCt
法定义拷贝数变异类型：2
×2‑
ΔΔCt
＝2为正常型，2
×2‑
ΔΔCt
>2为插入型，2
×2‑
ΔΔCt
<2为缺失型；所述正常型的羊毛净毛率优于缺失型和插入型。4.如权利要求2所述的应用，其特征在于，所述试剂包括权利要求1所述CNV标记的扩增引物对P1：上游引物F1：5'
‑
CCTGACCTCCCCGCGCCATG
‑
3'；下游引物R1：5'
‑
TCAAACGGTGAACCAGGATGTGC
‑
3'；和内参基因ANKRD1的扩增引物对P2：上游引物F2：5'
‑
TCTTGTACCGATTCAGCC
‑
3'；下游引物R2：5'
‑
TTCACTCGTTTATTGGGAT
‑
3'。5.一种用于检测与高山美利奴羊羊毛净毛率性状相关的CNV标记的引物对，其特征在于，所述引物对包括权利要求1所述CNV标记的扩增引物对P1：上游引物F1：5'
‑
CCTGACCTCCCCGCGCCATG
‑
3'；下游引物R1：5'
‑
TCAAACGGTGAACCAGGATGTGC
‑
3'；和内参基因ANKRD1的扩增引物对P2：上游引物F2：5'
‑
TCTTGTACCGATTCAGCC
‑
...

【专利技术属性】
技术研发人员：袁超，卢曾奎，郭婷婷，刘建斌，岳耀敬，杨博辉，李建烨，牛春娥，
申请(专利权)人：中国农业科学院兰州畜牧与兽药研究所，
类型：发明
国别省市：