用于癌症免疫疗法的综合生物标志物制造技术

提供了用于生成综合生物标志物的方法，所述综合生物标志物鉴定受试者对特定类型的免疫疗法治疗的的响应性的预测水平。所述方法可包括生成代表对应于一条或多条DNA序列的一个或多个特征的基因组度量。所述方法还可以包括生成代表与一组肽相对应的一个或多个特征的转录物组度量，所述一组肽从一条或多条RNA序列的相应RNA序列翻译而来。所述方法还可以包括生成来源于所述一组基因组度量和所述一组转录物组度量的综合生物标志物得分。所述方法还可以包括基于综合生物标志物得分确定受试者对特定类型的免疫疗法治疗的响应性的预测水平。水平。水平。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于癌症免疫疗法的综合生物标志物
相关申请的交叉引用
[0001]本申请要求2020年4月29日提交的美国临时专利申请第63/017,542号和2020年6月18日提交的美国临时专利申请第63/040,943号的优先权。通过引用将每个申请的全部内容并入本文用于所有目的。领域
[0002]本公开大体上涉及基于来自生物样品的基因组和转录物组度量来确定综合生物标志物的系统和方法。更具体地，但不是以限制的方式，本公开涉及基于基因组和转录物组度量来确定综合生物标志物得分，所述综合生物标志物得分鉴定受试者对特定类型的免疫疗法治疗的的响应性的预测水平。背景
[0003]免疫疗法用于治疗多种癌症和自身免疫病症。尽管已知免疫检查点阻断疗法是用于各种恶性肿瘤的有效的癌症治疗类型，但是一致地预测受试者对这些疗法的响应的诊断生物标志物仍然是难以解决的。考虑到免疫系统对免疫疗法的抗性的高度可变和复杂的性质，以及与治疗相关的潜在毒性，精确预测对某些免疫疗法的治疗响应可能是具有挑战性的。
[0004]免疫基因组学已经作为一种可以确定免疫疗法的治疗功效的技术而出现。这种技术可以导致对癌症的有效治疗的确定，并且可以有助于发现几种新的治疗剂，诊断剂和方法。例如，免疫基因组学可用于鉴定新抗原，而新抗原可有助于精确癌症治疗和诊断的发展。此外，基因组数据如变体调用可以提供对复杂免疫系统应答和对癌症免疫疗法的抗性的深刻理解。然而，使用靶向诊断癌症组的常规技术提供了有限的数据量，这对于开发整合的综合生物标志物可能是不可靠的。简要概述
[0005]在一些实施方案中，提供了用于确定综合生物标志物得分的方法和系统，所述综合生物标志物得分鉴定受试者对特定类型的免疫疗法治疗的预测水平的响应性。免疫基因组学分析系统访问通过处理受试者的生物样品产生的基因组数据和转录物组数据。在一些情况下，生物样品包括一种或多种癌细胞。基因组数据可鉴定生物样品中的一条或多条DNA序列，其中可进行全外显子组测序以鉴定一条或多条DNA序列。转录物组数据可鉴定生物样品中的一条或多条RNA序列，其中转录物组测序可用于鉴定一条或多条RNA序列。另外地或可选地，基因组和转录物组数据可以从包括受试者的生物样品和参考生物样品的样品对产生，其中参考生物样品不包括一种或多种癌细胞。
[0006]免疫基因组学分析系统处理基因组数据以产生一组基因组度量。所述一组基因组度量中的每一个可以代表对应于一条或多条DNA序列的相应DNA序列的一个或多个特征。在一些情况下，所述一组基因组度量包括：(i)定量或分类度量，其代表一条或多条DNA序列中的一个或多个体细胞突变中的每一个的一个或多个特征；(ii)分类度量，其指示在所述生物样品的至少一种人类白细胞抗原(HLA)基因中是否已经发生杂合性丢失；和(iii)代表预测的肿瘤突变负荷的定量或分类度量。关于HLA的杂合性丢失，可以通过将基因组数据应用
于HLA缺失
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鉴定机器学习模型来产生相应的分类度量。
[0007]免疫基因组学分析系统处理转录物组数据以产生一组转录物组度量。所述一组转录物组度量中的每一个可代表对应于一组肽的一个或多个特征，所述一组肽由一条或多条RNA序列的相应RNA序列翻译而成。在一些情况下，所述一组转录物组度量包括：(i)定量或分类度量，其代表生物样品的预测的新抗原负荷；(ii)定量或分类度量，其代表从所述生物样品检测到的一种或多种候选新抗原中的每一种的一个或多个特征；(iii)定量或分类度量，其代表检测到细胞表面呈递丢失的一种或多种HLA蛋白中的每一种的一个或多个特征；(iv)定量或分类度量，其代表对应于HLA基因的一个或多个特征，所述HLA基因编码检测到细胞表面呈递丢失的一种或多种HLA蛋白；(v)定量或分类度量，其代表对应于免疫细胞的序列的表达水平；和(vi)定量或分类度量，其代表从所述生物样品检测到的一种或多种T细胞受体的表达水平。对于检测到细胞表面呈递丢失的HLA蛋白，可以通过将基因组和转录物组数据应用于新抗原呈递预测机器学习模型来产生相应的度量。
[0008]免疫基因组学分析系统产生从一组基因组度量和一组转录物组度量得到的综合生物标志物得分，并基于综合生物标志物得分确定受试者对特定类型的免疫疗法治疗的响应性的预测水平。在一些情况下，免疫基因组学分析系统通过以下步骤生成综合生物标志物得分：(i)将一组基因组度量中的每个基因组度量与基于一组转录物组度量中相应的转录物组度量确定的权重值进行加权；和(ii)使用加权的基因组度量生成综合生物标志物得分。
[0009]免疫基因组学分析系统输出对应于受试者的响应性的预测水平的结果。结果可以是基于受试者对特定治疗的响应性的预测水平来鉴定以下的报告：(i)特定治疗的治疗建议；(ii)向人类受试者施用特定治疗的建议；和/或(iii)不向人类受试者施用特定治疗的建议。在一些实施方案中，将推荐的治疗施用于人类受试者。
[0010]在一些实施方案中，提供了一种计算机程序产品，其有形地体现在非暂时性机器可读存储介质中，并且包括被配置成使一个或多个数据处理器执行本文所公开的一个或多个方法的一部分或全部的指令。
[0011]本公开的一些实施方案包括系统，其包括一个或多个数据处理器。在一些实施方案中，所述系统包括包含指令的非暂时性计算机可读存储介质，当所述指令在所述一个或多个数据处理器上执行时，使得所述一个或多个数据处理器执行本文所公开的一个或多个方法的一部分或全部和/或一个或多个过程的一部分或全部。本公开的一些实施方案包括有形地体现在非暂时性机器可读存储介质中的计算机程序产品，所述计算机程序产品包括被配置成使一个或多个数据处理器执行本文所公开的一个或多个方法的一部分或全部和/或一个或多个过程的一部分或全部的指令。
[0012]所使用的术语和表述被用作描述性术语而不是限制性术语，并且在使用这样的术语和表述时不打算排除所示出和描述的特征或其部分的任何等同物，但是应当认识到，在所要求保护的本专利技术的范围内，各种修改是可能的。因此，应当理解，尽管已经通过实施方案和可选特征具体公开了所要求保护的本专利技术，但是本领域的技术人员可以对本文公开的概念进行修改和改变，并且这些修改和改变被认为在由所附权利要求限定的本专利技术的范围内。附图的简要说明
[0013]当参考以下附图阅读以下详细描述时，将更好地理解本公开的特征，实施方案和优点。本专利或申请文件包含至少一幅彩色的附图。本专利或专利申请公开的带有彩色附图的副本将由专利局在请求和支付必要的费用时提供。
[0014]图1显示了根据一些实施方案的用于从生物样品产生基因组数据和转录物组数据的示意图的实例。
[0015]图2A
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B显示了对应于临床群组受试者的基因组和转录物组数据中的致癌变化的统计数据。
[0016]图3A
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C显示了与鉴定与免疫系统应答相关的差异表达基因的转录物组度量相对应的统计数据。
[0017]图4显示了对应于每个差异调节的免疫途径的归一化的富集得分的统计数据。本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种方法，包括：访问通过处理受试者的生物样品生成的基因组数据和转录物组数据，其中：所述生物样品包括一种或多种癌细胞；所述基因组数据鉴定所述生物样品中的一条或多条DNA序列；和所述转录物组数据鉴定所述生物样品中的一条或多条RNA序列；基于所述基因组数据生成一组基因组度量，其中所述一组基因组度量中的每一个代表对应于所述一条或多条DNA序列中的相应DNA序列的一个或多个特征；基于所述转录物组数据生成一组转录物组度量，其中所述一组转录物组度量中的每一个代表对应于一组肽的一个或多个特征，所述一组肽由所述一条或多条RNA序列的相应RNA序列翻译而成；确定来源于所述一组基因组度量和所述一组转录物组度量的综合生物标志物得分；基于所述综合生物标志物得分，确定所述受试者对特定类型的免疫疗法治疗的响应性的预测水平；和输出与所述受试者的响应性的预测水平相对应的结果。2.根据权利要求1所述的方法，其中生成所述一组基因组度量包括确定定量或分类度量，所述定量或分类度量代表所述一条或多条DNA序列中的一个或多个体细胞突变的每一个的一个或多个特征。3.根据权利要求1或2所述的方法，其中生成所述一组基因组度量包括确定分类度量，所述分类度量指示所述生物样品的至少一种人类白细胞抗原(HLA)基因中是否已经发生杂合性丢失。4.根据权利要求3所述的方法，其中确定指示是否已经发生杂合性丢失的度量包括将所述基因组数据应用于HLA缺失
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鉴定机器学习模型以产生对应于指示是否已经发生杂合性丢失的度量的输出。5.根据权利要求1
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4中任一项所述的方法，其中生成所述一组转录物组度量包括确定代表所述生物样品的预测的新抗原负荷的定量或分类度量。6.根据权利要求1
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5中任一项所述的方法，其中生成所述一组转录物组度量包括基于所述基因组数据和所述转录物组数据确定定量或分类度量，所述定量或分类度量代表从所述生物样品检测到的一种或多种候选新抗原中的每一种的一个或多个特征。7.根据权利要求1
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6中任一项所述的方法，其中生成所述一组转录物组度量包括生成定量或分类度量，所述定量或分类度量代表检测到细胞表面呈递丢失的一种或多种HLA蛋白中的每一种的一个或多个特征。8.根据权利要求7所述的方法，其中生成所述一组转录物组度量包...

【专利技术属性】
技术研发人员：查尔斯，
申请(专利权)人：佩索纳里斯公司，
类型：发明
国别省市：