【技术实现步骤摘要】
一种基于全外显子组测序分析HPV病毒整合位点的方法
[0001]本专利技术属于分子生物学领域,涉及医学、生物技术和生物信息学,具体的是涉及一种高通量测序检测HPV整合位点的方法。
技术介绍
[0002]宫颈癌是全球女性最常见的妇科恶性肿瘤之一,据统计世界上每年宫颈癌新发患者约53万例,每年死亡约27万人。目前85%的宫颈癌病例发生在发展中国家,其中,中国每年新增发病病例超过13.7万,占全世界总数的28.8%。
[0003]研究表明,宫颈癌的形成是一个复杂且连续的发展过程,其发展历程可概括为:宫颈上皮内瘤样变(CIN
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I)
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CINII
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CIN III
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宫颈原位癌(CIS)
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早期宫颈浸润癌
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宫颈浸润癌(ICC)。可见,宫颈上皮癌前病变是宫颈癌的发病起始,而高危型人乳头瘤病毒HPV的持续性感染被证实是导致正常宫颈上皮细胞发生癌病的最主要因素。虽然HPV感染宿主后,既可以游离形式存在,也可整合到宿主基因组中,但大量研究表明宫颈癌的发生和发展总是伴随着HPV整合入宿主基因组的现象。因此,检测HPV整合宿主基因组可作为诊断宫颈癌的有效手段。
[0004]目前,关于HPV病毒整合入宿主基因组中的研究方法,最常见的是以样本mRNA为研究对象,基于PCR扩增技术拓展的各类方法,但RNA样本的保存与运输存在一定的难度,同时并不适用大样本的分析和研究。而高通量测序技术以能一次并行对几十万到几百万条DNA ...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.一种检测HPV病毒整合至宿主基因组的方法,其特征在于,包括提取样本DNA、构建文库、高通量测序、数据过滤、构建人类基因组和HPV基因组索引、构建序列比对索引、reads比对人类基因组并进行排序、质量控制、reads序列对比HPV基因组、确定嵌合型reads序列。2.如权利要求1所述的方法,其特征在于:所述样本为不同阶段感染HPV病毒患者的宫颈组织及对应血液,所述宫颈组织作石蜡切片处理。3.如权利要求1所述的方法,其特征在于:磁珠法提取试剂盒(MGIEasy,1000006988)进行DNA提取及纯化,Qubit3.0荧光定量仪(ThermoFisher,Q33216)进行核酸定量。若基因组DNA量足够,推荐使用200ng及以上基因组DNA(推荐浓度≥15ng/μL)进行文库构建,使用MGIEasy酶切DNA文库制备试剂盒(MGIEasy,V2.0)按照其说明书的表述进行构建文库。Bioanalyze(Agilent Technologies,G2939AA)检测DNA片段大小,文库片段主峰应该在430bp附近。Qubit3.0荧光定量仪(ThermoFisher,Q33216)进行文库核酸定量,依据文库浓度。将每12个文库等质量混合,形成一个混合文库,取混合文库1500
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2000ng,使用Agilent SureSelect Human All Exon V7试剂盒捕获全外显子组区域片段,利用使用MGIEasy酶切DNA文库制备试剂盒(MGIEasy,V2.0)进行捕获文库的扩增(POST
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PCR)、纯化后获得全外显子组文库。4.如权利要求1所述的方法,其特征在于:所述的高通量测序进行的是全外显子测序。5.如权利要求4所述的方法,将上述构建好的全外显子组文库按照每个lane(FCL芯片共有4个lane)至少投入280ng文库的标准加入到FCL测序芯片中,将测序芯片放入华大MGISEQ
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2000RS测序仪中,设置PEI50的双端测序程序,利用测序服务器为华大MGISEQ
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2000RS FAST测序仪进行测序。6.如权利要求1所述的方法,其特征在于:所述的数据过滤为通过FastQC查看高通量测序数据的质量信息,获得质量报告,剔除不合格数据所代表的样本,剔除数据过滤后样本在人类染色体基因组平均覆盖度低于30X的样本(数据过滤方法为:使用fastp软件(v0.20.0),删除质量Q20<90%的读数,通过强加读取映射的最低Phred质量得分(MapQ)来执行过滤,删除低映射质量(MapQ<5)的读数,去除接头及低于30bp的reads,...
【专利技术属性】
技术研发人员:玛依努尔,
申请(专利权)人:新疆维吾尔自治区人民医院,
类型:发明
国别省市:
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