宏基因组数据分析及特征菌筛选方法技术

本发明专利技术公开一种宏基因组数据分析及特征菌筛选方法，其利用土壤宏基因组样本数据，恢复宏基因组组装基因组；确定未知程度较高的分支，并在其中选择代表基因组以确定目标微生物；将物种丰度较高的宏基因组样本取样地确定为分离微生物的土壤源；筛选出具有胞外结构域的高表达膜蛋白；合成靶蛋白结构域抗原，并接种到兔子体内以产生抗体；将抗体添加到环境细胞样品中，通过荧光激活的细胞分选对细胞进行分选；将细胞分选到液体或固体生产培养基上进行培养以获取特征菌群。可以更大程度挖掘微生物基因组资源。利用多样性极为丰富的未知土壤微生物基因组数据，开展选择性的微生物分离，增加了细菌分离的方向性和准确性，提高细菌分离和纯培养的成功率。离和纯培养的成功率。离和纯培养的成功率。

【技术实现步骤摘要】
宏基因组数据分析及特征菌筛选方法


[0001]本专利技术涉及生物信息分析领域，尤其涉及一种宏基因组数据分析及特征菌筛选方法。

技术介绍

[0002]酸杆菌门(Acidobacteria)是新近被分出的一门细菌。现在对它们研究还很少，但它们在生态系统中具有重要作用，比如某些陆地环境的生态特点有重要的影响。而对于如何获取酸杆菌未知系谱的纯培养菌株成为了现在的难题，如果无法获取纯培养菌株则无法进行下一步研究。

技术实现思路

[0003]本专利技术的主要目的是提供一种宏基因组数据分析及特征菌筛选方法，旨在解决上述技术问题。
[0004]为实现上述目的，本专利技术提出的一种宏基因组数据分析及特征菌筛选方法包括：
[0005]利用土壤宏基因组样本数据，恢复宏基因组组装基因组；
[0006]基于宏基因组组装基因组确定未知程度较高的分支，并在其中选择代表基因组以确定目标微生物；
[0007]将物种丰度较高的宏基因组样本取样地确定为分离微生物的土壤源；
[0008]筛选出具有胞外结构域的高表达膜蛋白；...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种宏基因组数据分析及特征菌筛选方法，其特征在于，所述宏基因组数据分析及特征菌筛选方法包括：利用土壤宏基因组样本数据，恢复宏基因组组装基因组；基于宏基因组组装基因组确定未知程度较高的分支，并在其中选择代表基因组以确定目标微生物；将物种丰度较高的宏基因组样本取样地确定为分离微生物的土壤源；筛选出具有胞外结构域的高表达膜蛋白；合成靶蛋白结构域抗原，并接种到兔子体内以产生抗体；将抗体添加到环境细胞样品中，并基于赋予抗体的信号，通过荧光激活的细胞分选对细胞进行分选；将细胞分选到液体或固体生产培养基上进行培养以获取特征菌群。2.根据权利要求1所述的宏基因组数据分析及特征菌筛选方法，其特征在于，所述筛选出具有胞外结构域的高表达膜蛋白的步骤包括具体为：利用土壤微生物的高质量数据，初步预测目标微生物的蛋白质特征；利用TMHMM2.0分析相应蛋白质是否存在跨膜锚定螺旋结构域；结合其他已知细菌同源物的3D结构，进一步筛选出目标的高表达膜蛋白。3.根据权利要求2所述的宏基因组数据分析及特征菌筛选方法，其特征在于，所述土壤微生物的完整度≥90％，污染度小于等于5％。4.根据权利要求2所述的宏基因组数据分析及特征菌筛选方法，其特征在于，所述合成靶蛋白结构域抗原，并接种到兔子体内以产生抗体定位步骤具体为：预测高表达膜蛋白的抗原区域和亲水性；分析上述预测的肽在蛋白质3D结构上的特点并选择其中具有最多暴露残基的抗原肽；进行肽合成和抗体的制备；将抗原肽经纯化后注射到兔子体内，通过5次加强剂量和4次测试出血；进行酶联合免疫吸附测定，收集对抗原肽具有反应性的血清批次；对所述血清进行纯化后偶联至荧光染料。5.根据权利要求4所述的宏基因组数...

【专利技术属性】
技术研发人员：马斌，张帆，
申请(专利权)人：浙江大学杭州国际科创中心，
类型：发明
国别省市：