RNA检测制造技术

用于生物样品中的RNA检测的方法包括(a)将生物样品与第一组合物接触，该第一组合物特征在于多种不同类型的未标记的寡核苷酸探针，这些探针与样品中的RNA物质杂交；(b)使生物样品与特征在于离液化合物的杂交剂接触；(c)使生物样品与第二组合物接触，该第二组合物包括多种不同类型的标记的寡核苷酸探针，其中不同类型的标记的寡核苷酸探针中的每种选择性地与不同类型的未标记的寡核苷酸探针之一杂交；(d)获得具有与样品结合的多种不同类型的标记的寡核苷酸探针的生物样品的至少一个图像；和(e)基于对应于不同类型的标记的寡核苷酸探针的至少一个图像的组分鉴定样品中RNA种类的空间位置，其中生物样品在等温条件下与第二组合物接触。物接触。物接触。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】RNA检测
[0001]相关申请的交叉引用
[0002]本申请要求美国临时申请号62/950,928的优先权，其全部内容通过引用并入本文。


[0003]本公开涉及生物样品中RNA的检测，以及用于样品分析的组合物、方法和系统。

技术介绍

[0004]RNA和RNA相关种类的原位检测对于了解天然样品环境和测量关键生物指标和参数至关重要。某些原位测定限于单一RNA靶标种类的检测。一些测定涉及通过控制杂交状态和加热样品以进行RNA探针的特异性杂交来共同检测多种RNA种类。
[0005]专利技术概述
[0006]本公开的特色在于用于在多种不同类型的生物样品中进行多路复用RNA检测的组合物、方法和系统。特别地，配制一些组合物以在不改变样品温度的情况下允许染料标记的寡核苷酸探针与样品中的寡核苷酸标记的RNA种类杂交。通过消除样品加热步骤，分析工作流程得以大大简化。对应于缓冲溶液并且含有一种或多种离液组分的组合物可用于控制样品中寡核苷酸标记的RNA种类的杂交和去杂交状态，从而导致染料标记的寡核苷酸探针与样品杂交以用于检测染料标记的寡核苷酸探针或从样品中去杂交染料标记的寡核苷酸探针以为额外的分析循环做准备。在单个分析循环中，可以用多种不同的染料标记的RNA探针标记生物样品，并且可以量化与每种不同的染料标记的RNA探针对应的RNA种类。RNA种类的检测可以用多个批次的不同染料标记的RNA探针重复多个循环，从而允许检测到样品中的大量RNA种类。
[0007]该公开的特色在于方法，其包括：(a)将生物样品与第一组合物接触，该第一组合物特征在于多种不同类型的未标记的寡核苷酸探针，这些探针与样品中的RNA种类杂交；(b)使生物样品与特征在于离液化合物的杂交剂接触；(c)使生物样品与第二组合物接触，该第二组合物特征在于多种不同类型的标记的寡核苷酸探针，其中不同类型的标记的寡核苷酸探针中的每种选择性地与不同类型的未标记的寡核苷酸探针之一杂交；(d)获得生物样品的至少一个图像，其中多种不同类型的标记的寡核苷酸探针与样品结合；(e)基于所述至少一个图像的对应于不同类型的标记的寡核苷酸探针的组分鉴定样品中RNA种类的空间位置，其中生物样品在等温条件下与第二组合物接触。
[0008]该方法的实施方案可以包括以下特征中的任何一个或多个。
[0009]该方法可以包括(f)从样品中去除标记的寡核苷酸探针。该方法可以包括用一组不同的标记的寡核苷酸探针重复步骤(c)
‑
(e)以鉴定样品中至少一种另外的RNA物质的空间位置。该方法可以包括在重复步骤(c)
‑
(e)之前重复步骤(b)。
[0010]该方法可以包括，在重复步骤(c)
‑
(e)之前，使生物样品与第三组合物接触，该第三组合物特征在于多种不同类型的未标记的寡核苷酸探针，这些探针与样品中的RNA种类
杂交，其中第三组合物中的多种不同类型的未标记的寡核苷酸探针也存在于第一组合物中。
[0011]离液化合物可以包括二甲基亚砜和/或甲酰胺。杂交剂中离液化合物的重量百分比可以在5％和20％之间。
[0012]该方法可以包括通过还原切割和/或通过酶促切割从样品中去除标记的寡核苷酸探针。
[0013]该方法可以包括通过将样品暴露于去杂交剂以使标记的寡核苷酸探针从未标记的寡核苷酸探针去杂交，从而从样品中去除标记的寡核苷酸探针。去杂交剂可以包括离液化合物，如二甲基亚砜和/或甲酰胺。去杂交剂中离液化合物的重量百分比可以是50％或更多(例如，80％或更多)。
[0014]杂交剂可以包括至少一种缓冲剂。杂交剂可以包括至少一种盐。杂交剂可以包括至少一种表面活性剂。杂交剂可以包括至少一种螯合剂。杂交剂可以包括至少一种基于叠氮化物的抗菌剂。
[0015]去杂交剂可以包括至少一种缓冲剂。去杂交剂可以包括至少一种盐。去杂交剂可以包括至少一种表面活性剂。去杂交剂可以包括至少一种螯合剂。去杂交剂可以包括至少一种基于叠氮化物的抗菌剂。
[0016]第一组合物可以包括20种或更多种不同类型的未标记的寡核苷酸探针。第二组合物可以包括4种或更多种(例如，6种或更多种)不同类型的标记的寡核苷酸探针。每种类型的未标记的寡核苷酸探针可以包括至少5个碱基(例如，至少20个碱基)。每种类型的标记的寡核苷酸探针可以包括至少5个碱基(例如，至少10个碱基)。
[0017]每种类型的标记的寡核苷酸探针可以包括不同的光学标签。不同的光学标签可以包括不同的荧光染料、不同的发色部分、不同的含肽部分、不同的基于量子点的种类以及这些中的任何的组合。
[0018]第二组合物可以包括多种不同类型的标记的寡核苷酸探针中的第一类型的标记的寡核苷酸探针，不同组的标记的寡核苷酸探针可以包括第一类型的标记的寡核苷酸探针，具有与样品结合的多种不同类型的标记的寡核苷酸探针的生物样品可以包括第一图像,该第一图像的特征在于对应于第一类型的标记的寡核苷酸探针的测量信号，具有与样品结合的不同组标记的寡核苷酸探针的生物样品的至少一个图像可以包括第二图像,该第二图像的特征在于对应于第一类型的标记的寡核苷酸探针的测量信号，并且该方法可以包括基于对应于第一和第二图像中第一类型的标记的寡核苷酸探针的测量信号，将具有与样品结合的多种不同类型的标记的寡核苷酸探针的生物样品的至少一个图像与具有与样品结合的不同组的标记的寡核苷酸探针的生物样品的至少一个图像配准(register)。
[0019]除非另有明确说明，否则该方法的实施方案还可以包括本文描述的任何其他特征，并且可以包括结合不同实施方案描述的特征的任何组合。
[0020]除非另有定义，否则本文使用的所有技术和科学术语与本公开所属领域的普通技术人员通常理解的含义相同。尽管与本文所述的方法和材料相似或等效的方法和材料可用于本文主题的实践或测试，但下文描述了合适的方法和材料。本文提及的所有出版物、专利申请、专利和其他参考文献通过整体引用并入。在冲突的情况下，以本说明书包括定义为准。此外，材料、方法和示例仅是说明性的而非意在限制。
[0021]一个或多个实施方案的细节在附图和以下描述中阐述。其他特征和优点将从描述、附图和权利要求中是明显的。
附图说明
[0022]图1是显示用于生物样品中的RNA检测的一系列示例步骤的流程图。
[0023]图2A是显示未标记的寡核苷酸探针与样品中的RNA种类杂交的示意图。
[0024]图2B是显示标记的寡核苷酸探针与样品中的未标记的寡核苷酸探针杂交的示意图。
[0025]图3是样品成像系统的实例的示意图。
[0026]图4是显示用于生物样品中的RNA检测的一系列示例步骤的流程图。
[0027]图5是控制器的实例的示意图。
[0028]各图中相同的参考符号表示相同的元素。
[0029]专利技术详述
[0030]生物样品中的RNA检测提供了有关样品环境的重要信息，以及有关细胞发育和信号通路的大量本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种方法，其包括：(a)使生物样品与第一组合物接触，所述第一组合物包含多种不同类型的未标记的寡核苷酸探针，所述多种不同类型的未标记的寡核苷酸探针与所述样品中的RNA种类杂交；(b)使所述生物样品与包含离液化合物的杂交剂接触；(c)使所述生物样品与第二组合物接触，所述第二组合物包含多种不同类型的标记的寡核苷酸探针，其中所述不同类型的标记的寡核苷酸探针中的每种选择性地与所述不同类型的未标记的寡核苷酸探针中的一种杂交；(d)获得所述生物样品的至少一个图像，所述生物样品具有与所述样品结合的所述多种不同类型的标记的寡核苷酸探针；和(e)基于所述至少一个图像的对应于所述不同类型的标记的寡核苷酸探针的组分以鉴定所述样品中所述RNA种类的空间位置，其中所述生物样品在等温条件下与所述第二组合物接触。2.权利要求1的方法，其进一步包括：(f)从所述样品中去除所述标记的寡核苷酸探针。3.权利要求2的方法，其进一步包括用一组不同的标记的寡核苷酸探针重复步骤(c)
‑
(e)以鉴定所述样品中至少一种另外的RNA种类的空间位置。4.权利要求3的方法，其进一步包括在重复步骤(c)
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(e)之前重复步骤(b)。5.权利要求3的方法，其进一步包括，在重复步骤(c)
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(e)之前：使所述生物样品与第三组合物接触，所述第三组合物包含多种不同类型的未标记的寡核苷酸探针，所述多种不同类型的未标记的寡核苷酸探针与所述样品中的RNA种类杂交，其中所述第三组合物中的所述多种不同类型的未标记的寡核苷酸探针也存在于所述第一组合物中。6.权利要求1的方法，其中所述离液化合物包含二甲基亚砜。7.权利要求1的方法，其中所述离液化合物包含甲酰胺。8.权利要求1的方法，其中所述离液化合物在所述杂交剂中的重量百分比在5％和20％之间。9.权利要求2的方法，其进一步包括通过还原切割从所述样品中去除所述标记的寡核苷酸探针。10.权利要求2的方法，其进一步包括通过酶促切割从所述样品中去除所述标记的寡核苷酸探针。11.权利要求2的方法，其进一步包括通过将所述样品暴露于去杂交剂以使所述标记的寡核苷酸探针从所述未标记的寡核苷酸探针去杂交，从而从所述样品中去除所述标记的寡核苷酸探针。12.权利要求11的方法，其中所述去杂交剂包含离液化合物。13.权利要求12的方法，其中所述去杂交剂的所述离液化合物包含二甲基亚砜。14.权利要求12的方法，其中所述去杂交剂的所述离液化合物包含甲酰胺。15.权利要求12的方法，其中所述离液化合物在所述去杂交剂中的重量百分比为50％或更多。16.权利要求15的方法，其中所述离液化合物在所述去杂交剂中的重量百分比为80％
或更多。17.权利要求1的方法，其中所述杂...

【专利技术属性】
技术研发人员：J肯尼迪达林，PJ米勒，
申请(专利权)人：阿科亚生物科学股份有限公司，
类型：发明
国别省市：