游离DNA的片段化模式的分析制造技术

描述影响游离DNA(例如血浆DNA)的片段化模式的因素和游离DNA片段化模式分析的应用，包括在分子诊断学中的应用。各种应用可以使用片段化模式的特性来确定特定组织类型的比例贡献，以确定特定组织类型(例如母体样品中的胎儿组织或来自癌症患者的样品中的肿瘤组织)的基因型，和/或识别特定组织类型的优选的结束位置，其然后可以用于确定特定组织类型的比例贡献。例贡献。

【技术实现步骤摘要】
游离DNA的片段化模式的分析
[0001]相关申请的交叉引用
[0002]本申请是申请号为201680051235.0的中国专利申请的分案申请，并且要求2015年7月23日提交的美国临时申请第62/196,250号和2016年2月12日提交的第62/294,948号以及2016年2月14日提交的PCT申请第PCT/CN2016/073753号的优先权，其全部内容出于所有目的以引用的方式并入本文中。

技术介绍

[0003]在先前研究中，已经表明血浆DNA主要由小于200bp的短片段组成(Lo等人《科学
·
转化医学(Sci Transl Med)》2010；2(61)：61ra91)。在血浆DNA的尺寸分布中，峰值可以观测于166bp处。另外，观测到当对母体血浆DNA测序时，测序的标签密度将在转录起始位点(TSS)附近以约180bp的周期性变化(Fan等人《美国国家科学院院刊(PNAS)》2008；105：16266
‑
71)。这些结果是血浆DNA的片段化可能不是随机过程的一组证据。但是，血浆中的DNA片段化的精确模式以及本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.分析生物样品以确定来自包括第一组织类型的多个组织类型的游离DNA分子的混合物中的所述第一组织类型的比例贡献的分类的方法，所述生物样品包括所述混合物，所述方法包括：识别至少一个具有所述第一组织类型特异性片段化模式的基因组区域；分析来自所述生物样品的多个游离DNA分子，其中分析游离DNA分子包括：确定对应于所述游离DNA分子的至少一个末端的参考基因组中的基因组位置；识别第一基因组位置的第一集合，每个第一基因组位置具有对应于所述第一基因组位置的游离DNA分子的末端的局部最小值；识别第二基因组位置的第二集合，每个第二基因组位置具有对应于所述第二基因组位置的游离DNA分子的末端的局部最大值；确定结束于所述至少一个基因组区域的任一个中的所述第一基因组位置的任一个上的游离DNA分子的第一数目；确定结束于所述至少一个基因组区域的任一个中的所述第二基因组位置的任一个上的游离DNA分子的第二数目；使用所述第一数目和所述第二数目计算分离值；以及通过比较所述分离值与一个或多个校准值确定所述第一组织类型的所述比例贡献的分类，所述校准值由一个或多个已知所述第一组织类型的比例贡献的校准样品确定。2.分析生物样品以确定第一组织类型的基因型的方法，所述生物样品包括来自包括所述第一组织类型的多个组织类型的游离DNA分子的混合物，所述第一组织类型可能具有与所述多个组织类型的其它组织类型不同的基因型，所述方法包括：识别所述第一组织类型的游离DNA分子的末端以高于阈值的比率出现的第一基因组位置；通过计算机系统分析来自个体的所述生物样品的第一多个游离DNA分子，其中分析游离DNA分子包括：确定对应于所述游离DNA分子的至少一个末端的参考基因组中的基因组位置；基于所述第一多个游离DNA分子的所述分析，识别结束于所述第一基因组位置处的游离DNA分子集合；对于所述游离DNA分子集合中的每一个：确定所述第一基因组位置处出现的对应碱基，借此确定所述第一基因组位置处的多个对应碱基；和使用所述游离DNA分子集合中的所述第一基因组位置处出现的所述多个对应碱基确定所述第一基因组位置处的所述第一组织类型的基因型。3.分析生物样品的方法，所述生物样品包括来自包括第一组织类型的多个组织类型的游离DNA分子的混合物，所述方法包括：通过计算机系统分析来自个体的所述生物样品的多个游离DNA分子，所述多个游离DNA分子中的每一个具有左末端和右末端，其中分析游离DNA分子包括：确定对应于所述游离DNA分子的所述左末端的参考基因组中的左侧结束位置；确定对应于所述游离DNA分子的所述右末端的所述参考基因组中的右侧结束位置；识别左侧基因组位置的左侧集合，其各自具有所述多个游离DNA分子的左末端的局部
最大值，所述局部最大值对应于所述左侧基因组位置的左侧集合中的一个；识别右侧基因组位置的右侧集合，其各自具有所述多个游离DNA分子的右末端的局部最大值，所述局部最大值对应于所述右侧基因组位置的右侧集合中的一个；和如下识别对所述第一组织类型具有特异性的基因组位置的第一集合：比较所述左侧集合的左侧基因组位置与所述右侧集合的右侧基因组位置以识别所述基因组位置的第一集合，其中左侧基因组位置与最接近的右侧基因组位置的距离大于第一阈值距离，所述第一阈值距离为所述参考基因组中的至少5个基因组位置。4.分析个体的生物样品以确定所述个体中癌症水平的方法，所述方法包括：识别肿瘤组织类型的游离DNA分子的末端以高于阈值的比率出现的基因组位置的第一...

【专利技术属性】
技术研发人员：卢煜明，赵慧君，陈君赐，江培勇，
申请(专利权)人：香港中文大学，
类型：发明
国别省市：