组织切片的扫描图像处理方法、装置及存储介质制造方法及图纸

本申请公开了一种组织切片的扫描图像处理方法、装置及存储介质。其中，组织切片的扫描图像处理方法，包括：获取组织切片的扫描图像，其中，所述组织切片为染色切片；基于所述扫描图像的颜色差异，从所述扫描图像中分割出器官或器官内部组织的目标区域；基于所述目标区域裁切所述扫描图像，得到目标图像，其中，所述目标区域位于所述目标图像中；对所述目标图像进行压缩存储。本申请实施例，通过图像识别提取目标组织后对图像进行压缩处理，在保持同等有效信息量的同时得到一个体积更小的数字切片的扫描图像，从而，达到节约存储成本的目的，而且可以有效提高数字切片扫描图像的读取速度。且可以有效提高数字切片扫描图像的读取速度。且可以有效提高数字切片扫描图像的读取速度。

【技术实现步骤摘要】
组织切片的扫描图像处理方法、装置及存储介质


[0001]本申请涉及医学研究
，尤其涉及一种组织切片的扫描图像处理方法、装置及存储介质。

技术介绍

[0002]生物的组织切片如病理切片可以帮助研究分析病理。病理切片可通过切片扫描仪数字化后得到全切片病理图像WSI(Whole Slide Image)，其中，全切片病理图像WSI占用空间较大，通过切片扫描仪将病理切片数字化后得到的SVS格式文件，其属于单文件金字塔平铺TIFF(Tag Image File Format)格式的文件，文件中的第一个图像始终是基线图像(全分辨率)。此图像由多个子图平铺而成，子图的大小通常为240x240像素。第二张图片始终是缩略图，通常尺寸约为1024x768像素。与其他切片图像不同，缩略图图像总是被剥离。在缩略图之后可能有一个或多个中间“金字塔”图像。SVS使用33003或33005压缩类型。使用这种压缩的图像需要解码为JPEG 2000码流。
[0003]现有技术中，SVS对切片扫描仪扫描到的图像信息直接使用jpeg压缩技术进行压缩存储，实际有效的区域或关心的区域只占了较小比重，造成大量存储资源浪费，且在实际读取时常由于文件过大造成读取缓慢。

技术实现思路

[0004]鉴于现有技术中的上述缺陷或不足，期望提供一种组织切片的扫描图像处理方法、装置及存储介质，可以通过图像识别提取目标组织后对图像进行压缩处理，在保持同等有效信息量的同时得到一个体积更小的数字切片的扫描图像，从而，达到节约存储成本的目的，而且可以有效提高数字切片扫描图像的读取速度。
[0005]第一方面，本申请实施例提供了一种组织切片的扫描图像处理方法，包括：获取组织切片的扫描图像，其中，所述组织切片为染色切片；基于所述扫描图像的颜色差异，从所述扫描图像中分割出器官或器官内部组织的目标区域；基于所述目标区域裁切所述扫描图像，得到目标图像，其中，所述目标区域位于所述目标图像中；对所述目标图像进行压缩存储。
[0006]在一些示例中，在基于所述扫描图像的颜色差异，从所述扫描图像中分割出器官或器官内部组织的目标区域之前，还包括：对所述扫描图像进行颜色归一化处理，以矫正所述扫描图像中各染色组织的颜色。
[0007]在一些示例中，所述基于所述扫描图像的颜色差异，从所述扫描图像中分割出器官或器官内部组织的目标区域，包括：基于HSV颜色空间对所述扫描图像进行图像分割，以分割出所述器官或器官内部组织的目标区域。
[0008]在一些示例中，所述基于所述目标区域裁切所述扫描图像，得到目标图像，包括：根据所述目标区域得到裁切范围；根据所述裁切范围裁切所述扫描图像，得到目标图像。
[0009]在一些示例中，所述根据所述目标区域得到裁切范围，包括：获得所述目标区域的
最小外接矩形；根据所述最小外接矩形确定出所述裁切范围。
[0010]在一些示例中，所述对所述目标图像进行压缩存储，包括：对所述目标图像进行下采样缩放，以获取图像金字塔的各个层级图像；使用目标位图格式文件对所述图像金字塔的各个层级图像进行压缩后保存。
[0011]在一些示例中，所述组织切片的染色方式为HE染色、嗜银染色、巴氏染色、瑞特—吉姆萨染色中的至少一种。
[0012]第二方面，本申请实施例提供一种组织切片的扫描图像处理装置，包括：获取模块，用于获取组织切片的扫描图像，其中，所述组织切片为染色切片；分割模块，用于基于所述扫描图像的颜色差异，从所述扫描图像中分割出器官或器官内部组织的目标区域；裁切模块，用于基于所述目标区域裁切所述扫描图像，得到目标图像，其中，所述目标区域位于所述目标图像中；压缩存储模块，用于对所述目标图像进行压缩存储。
[0013]第三方面，本申请实施例提供一种计算机可读存储介质，其上存储有计算机程序，该计算机程序用于实现如上第一方面所述的组织切片的扫描图像处理方法。
[0014]第四方面，本申请实施例提供一种计算机程序产品，其上存储有计算机程序，该计算机程序用于实现如上第一方面所述的组织切片的扫描图像处理方法。
[0015]本申请实施例提供的组织切片的扫描图像处理方法、装置及存储介质，首先根据组织切片的扫描图像的颜色差异，从扫描图像中分割出器官或器官内部组织的目标区域，然后，根据目标区域裁切扫描图像，得到目标图像，最后对目标图像进行压缩存储，即：通过图像识别提取目标组织后对图像进行压缩处理，在保持同等有效信息量的同时得到一个体积更小的数字切片的扫描图像，从而，达到节约存储成本的目的，而且可以有效提高数字切片扫描图像的读取速度。
附图说明
[0016]通过阅读参照以下附图所作的对非限制性实施例所作的详细描述，本申请的其它特征、目的和优点将会变得更明显：
[0017]图1为本申请实施例的组织切片的扫描图像处理方法的流程图；
[0018]图2为大鼠骨髓组织切片的扫描图像中的有效部分的示意图；
[0019]图3为大鼠骨髓组织切片的扫描图像中的有效部分的掩膜示意图；
[0020]图4为大鼠骨髓组织切片的扫描图像的示意图；
[0021]图5为大鼠骨髓组织切片的扫描图像的压缩示意图；
[0022]图6为本申请实施例的组织切片的扫描图像处理装置的结构框图。
具体实施方式
[0023]下面结合附图和实施例对本申请作进一步的详细说明。可以理解的是，此处所描述的具体实施例仅仅用于解释相关公开，而非对该公开的限定。另外还需要说明的是，为了便于描述，附图中仅示出了与公开相关的部分。
[0024]需要说明的是，在不冲突的情况下，本申请中的实施例及实施例中的特征可以相互组合。下面将参考附图并结合实施例来详细说明本申请。
[0025]以下结合附图描述根据本专利技术实施例的组织切片的扫描图像处理方法、装置及存
储介质。
[0026]图1是本申请一个实施例的组织切片的扫描图像处理方法的流程图，如图1所示，根据本申请实一个实施例的组织切片的扫描图像处理方法，包括如下步骤：
[0027]S101：获取组织切片的扫描图像，其中，组织切片为染色切片。
[0028]其中，组织切片为由生物的组织细胞构成的切片，通常用来病理的诊断，例如病例切片，即：取一定大小的生物的病变组织，用病理组织学方法制成病理切片，这样，用显微镜进一步检查病变，病变的发生发展过程，最后给出病理诊断。其中，为了更好地观察病理切片，通常进行染色，即：将病变组织包埋在石蜡块里，用切片机切成薄片，再用如苏木精－伊红(HE，Hematoxylin
‑
Eosin)染色，由于苏木素能染细胞核成蓝色，伊红能染细胞浆成红色。因此，在染色后，组织结构更容易观察，便于判断一些组织病变和损伤。
[0029]可以理解的是，对于切片染色，还可以采用其它方式，例如：还可以是嗜银染色、巴氏染色、瑞特—吉姆萨染色等，也就是说，本专利技术实施例中，组织切片的染色方式包括但不限于HE染色、嗜银染色、本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种组织切片的扫描图像处理方法，其特征在于，包括：获取组织切片的扫描图像，其中，所述组织切片为染色切片；基于所述扫描图像的颜色差异，从所述扫描图像中分割出器官或器官内部组织的目标区域；基于所述目标区域裁切所述扫描图像，得到目标图像，其中，所述目标区域位于所述目标图像中；对所述目标图像进行压缩存储。2.根据权利要求1所述的组织切片的扫描图像处理方法，其特征在于，在基于所述扫描图像的颜色差异，从所述扫描图像中分割出器官或器官内部组织的目标区域之前，还包括：对所述扫描图像进行颜色归一化处理，以矫正所述扫描图像中各染色组织的颜色。3.根据权利要求1或2所述的组织切片的扫描图像处理方法，其特征在于，所述基于所述扫描图像的颜色差异，从所述扫描图像中分割出器官或器官内部组织的目标区域，包括：基于HSV颜色空间对所述扫描图像进行图像分割，以分割出所述器官或器官内部组织的目标区域。4.根据权利要求1所述的组织切片的扫描图像处理方法，其特征在于，所述基于所述目标区域裁切所述扫描图像，得到目标图像，包括：根据所述目标区域得到裁切范围；根据所述裁切范围裁切所述扫描图像，得到目标图像。5.根据权利要求4所述的组织切片的扫描图像处理方法，其特征在于，所述根据所述目标区域得到裁切范围，包括：获得所述目标区域的最小外接矩形；根...

【专利技术属性】
技术研发人员：周冯源，房露，张永鹏，刘家丰，李彤，
申请(专利权)人：生仝智能科技北京有限公司，
类型：发明
国别省市：