自适应数据二次采样和计算制造技术

经由流式细胞仪和其他生物分析技术产生的多参数数据可能产生大量数据，这可能花费大量的时间和/或计算资源来完成。本文提供的实施例允许在分析之前对此类数据进行自适应二次采样，从而允许在满足某种性能标准的同时执行此类分析。这种性能标准可以包括，例如，将分析的延迟保持在指定的持续时间以下。这可以允许在生成数据时，例如，在流式细胞仪数据由细胞计数器或其他流式细胞仪仪器生成时实时执行数据分析。这还可以允许通过在重新分析之前自适应地对数据进行二次采样，在更短的时间内迭代地开发或改进数据分析，使得减少迭代之间的总时间。的总时间。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】自适应数据二次采样和计算
[0001]交叉引用
[0002]本申请要求2020年1月24日提交的美国申请序列号16/751983的优先权，该申请以引用的方式全文并入本文。

技术介绍

[0003]各种生物学实验包括对大量样本的分析，其中的每一个都可以与经由样本的测量或评估产生的多个参数或其他信息相关联。此类样本可以包括细胞或其他生物内容物，每个样本在生长培养基(例如，激素、细胞因子、药物或生长培养基中的其他物质)、来源(例如，培养的、活检的或以其他方式从天然组织中外植的)、孵育条件(例如，温度、pH、光水平或光谱、电离辐射)、暴露于病毒、细菌或其他微生物，或其他一些受控条件方面不同，以观察细胞或其他生物内容物对所应用的条件的反应。可以这样做，例如为了评估样本对推定疗法的反应，阐明一些生物学过程，或调查一些其他感兴趣的问题。
[0004]评估此类样本可以包括执行各种不同的调查。在一些示例中，来自样本的细胞可以通过流式细胞仪进行计数、鉴定和/或分类。附加地或可替代地，样本可以被成像以便在一个或多个时间点评估样本的形态或其他特征。对整个样本进行成像可以允许在多个时间点对样本进行评估，而不会显著破坏样本的显影。可以将荧光染料或其他物质添加到样本中以促进此类评估(例如，允许对样本内的蛋白质或其他感兴趣的内容物进行分析和/或可视化，以识别或分类样本中的细胞等)。
[0005]对诸如上述那些的大型多参数数据集进行分析可能在计算上是昂贵的。因此，完成这种分析可能需要延长的时间段。然而，这种延长的时间可能是不利的，特别是在分析被多次重新计算而作为分析的结构和参数的迭代开发的一部分的情况下。在此类示例中，减少数据集的大小(例如，通过消除与多孔板的孔组相对应的数据)以减少完成分析所需的时间可能是有益的。然而，用于数据集缩减的现有方法通常可能导致分析结果不能代表非缩减数据集的分析的结果。

技术实现思路

[0006]本公开的一方面涉及一种用于自适应地对流式细胞仪数据进行二次采样以减少分析计算时间的方法，所述方法包括：(i)在第一时间段期间接收流式细胞仪数据，其中接收到的流式细胞仪数据包括多个流式细胞仪事件的事件数据；(ii)基于性能标准确定数据二次采样率；(iii)基于所述二次采样率从所述流式细胞仪数据中选择所述事件数据的子样本，使得所述事件数据的经选择的子样本表示对应于所述数据二次采样率的所述流式细胞仪事件的一部分；(iv)对所述事件数据的所述子样本进行分析，其中确定所述数据二次采样率包括确定所述数据二次采样率，使得对所述事件数据的所述子样本进行所述分析满足所述性能标准；以及(v)提供所述分析的结果的指示。
[0007]本公开的另一方面涉及一种用于减少流式细胞仪数据分析计算时间的方法，所述方法包括：(i)经由用户界面接收数据二次采样率的指示；(ii)接收流式细胞仪数据，其中
接收到的流式细胞仪数据包括多个流式细胞仪事件的事件数据；(iii)基于所述二次采样率从所述流式细胞仪数据中选择所述事件数据的子样本，使得所述事件数据的经选择的子样本表示对应于所述数据二次采样率的所述流式细胞仪事件的一部分；(iv)对所述事件数据的所述子样本执行简化分析；(v)经由所述用户界面提供所述简化分析的结果的指示；(vi)经由所述用户界面接收执行完整分析的指令；(vii)响应于接收执行所述完整分析的所述指令，对所述流式细胞仪数据执行所述完整分析；以及(viii)经由所述用户界面提供所述完整分析的结果的指示。
[0008]本公开的又一方面涉及一种用于自适应地对多参数数据进行二次采样以减少分析计算时间的方法，所述方法包括：(i)在第一时间段期间接收多参数数据，其中接收到的多参数数据包括多个事件的事件数据；(ii)基于性能标准确定数据二次采样率；(iii)基于所述二次采样率从所述多参数数据中选择所述事件数据的子样本，使得所述事件数据的经选择的子样本表示对应于所述数据二次采样率的所述事件的一部分；(iv)对所述事件数据的所述子样本进行分析，其中确定所述数据二次采样率包括：确定所述数据二次采样率，使得对所述事件数据的所述子样本进行所述分析满足所述性能标准；以及(v)提供所述分析的结果的指示。
[0009]本公开的又一方面涉及一种用于减少多参数数据分析计算时间的方法，所述方法包括：(i)经由用户界面接收数据二次采样率的指示；(ii)接收多参数数据，其中接收到的多参数数据包括多个事件的事件数据；(iii)基于所述二次采样率从所述多参数数据中选择所述事件数据的子样本，使得所述事件数据的经选择的子样本表示对应于所述数据二次采样率的所述事件的一部分；(iv)对所述事件数据的所述子样本执行简化分析；(v)经由所述用户界面提供所述简化分析的结果的指示；(vi)经由所述用户界面接收执行完整分析的指令；(vii)响应于接收执行所述完整分析的所述指令，对所述多参数数据执行所述完整分析；以及(viii)经由所述用户界面提供所述完整分析的结果的指示。
[0010]本公开的又一方面涉及计算机可读介质，其被配置为至少存储计算机可读指令，所述计算机可读指令在由计算装置的一个或多个处理器执行时使所述计算装置执行计算机操作，所述计算机操作执行本文所述的方法中的一个或多个。这种计算机可读介质可以是非暂时性计算机可读介质。
[0011]本公开的又一方面涉及系统，其包括：(i)一个或多个处理器；以及(ii)非暂时性计算机可读介质，其被配置为至少存储计算机可读指令，所述计算机可读指令在由所述一个或多个处理器执行时，使所述系统执行本文所述的所述方法中的一种或多种。
[0012]通过阅读以下详细描述并参考适当的附图，这些以及其他方面、优点和替代方案对于本领域普通技术人员将变得明显。此外，应当理解，在本概述部分和本文件其他地方提供的描述旨在通过示例而非限制的方式说明要求保护的主题。
附图说明
[0013]图1A是流式细胞仪设备的示意图。
[0014]图1B是图1A的流式细胞仪设备的导管中的样本的截面示意图。
[0015]图2描绘了示例自动化样本成像装置的元件。
[0016]图3描绘了示例系统的元件，所述示例系统可用于实现本文所述的数据二次采样
方法。
[0017]图4是用于自适应地对多参数数据进行二次采样的示例方法的流程图。
[0018]图5是用于减少多参数数据分析计算时间的示例方法的流程图。
具体实施方式
[0019]本文描述了方法和系统的示例。应当理解，词语“示范性”、“示例性”和“说明性”在本文中用于意指“充当示例、实例或说明”。在本文描述为“示范性”、“示例性”或“说明性”的任何实施例或特征不一定被解释为相对于其他实施例特征是优选的或有利的。此外，本文描述的示范性实施例不旨在为限制性的。容易理解的是，所公开的系统和方法的某些方面可以以多种不同的配置来布置和组合。
[0020]I.概述
[0021]关于生物系统的实验可能导致产生大量多参数数据。例如，可以为大量生物样本中的每一个本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种用于自适应地对流式细胞仪数据进行二次采样以减少分析计算时间的方法，所述方法包括：在第一时间段期间接收流式细胞仪数据，其中接收到的流式细胞仪数据包括多个流式细胞仪事件的事件数据；基于性能标准确定数据二次采样率；基于所述二次采样率从所述流式细胞仪数据中选择所述事件数据的子样本，使得所述事件数据的经选择的子样本表示对应于所述数据二次采样率的所述流式细胞仪事件的一部分；对所述事件数据的所述子样本进行分析，其中确定所述数据二次采样率包括：确定所述数据二次采样率，使得对所述事件数据的所述子样本进行所述分析满足所述性能标准；以及提供所述分析的结果的指示。2.根据权利要求1所述的方法，其中在所述第一时间段期间进行所述分析并提供所述分析的结果的所述指示。3.根据权利要求2所述的方法，其中所述性能标准是实时延迟标准，并且其中基于所述性能标准确定所述数据二次采样率包括：基于所述流式细胞仪事件的平均发生率确定所述数据二次采样率，使得进行所述分析所花费的时间少于所述第一时间段的持续时间。4.根据权利要求2或3所述的方法，其中对所述事件数据的所述子样本进行所述分析包括：在接收所述流式细胞仪数据时在所述第一时间段期间多次更新所述分析，并且其中提供所述分析的结果的所述指示包括：在更新所述分析时在所述第一时间段期间多次提供更新的指示。5.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述性能标准是分析持续时间标准，并且其中基于所述性能标准确定所述数据二次采样率包括：基于所述流式细胞仪数据中的所述流式细胞仪事件的数量来确定所述数据二次采样率，使得所述分析可以在少于指定的持续时间内执行。6.根据权利要求5所述的方法，其中所述分析的特征在于多个参数，并且其中确定所述数据二次采样率还包括：基于所述参数的数量来确定所述分析的预期计算成本。7.根据权利要求1至6中任一项所述的方法，其还包括：从所述流式细胞仪数据中选择所述事件数据的去噪子样本，使得所述事件数据的经选择的去噪子样本不代表满足指定噪声标准的流式细胞仪事件，其中基于所述二次采样率从所述流式细胞仪数据中选择所述事件数据的所述子样本包括：基于所述二次采样率从所述事件数据的所述去噪子样本中选择所述事件数据的所述子样本。8.根据权利要求1至7中任一项所述的方法，其中基于所述二次采样率从所述流式细胞仪数据中选择所述事件数据的所述子样本包括：选择对应于根据预先确定的模式选择的流式细胞仪事件的数据。9.根据权利要求1至8中任一项所述的方法，其中所述数据二次采样率是第一数据二次采样率，其中所述事件数据的所述子样本是所述事件数据的第一子样本，其中所述分析是第一分析，并且其中所述方法还包括：
接收所述第一分析的表示，其中对所述事件数据的所述第一子样本执行所述第一分析并提供所述第一分析的结果的指示是响应于接收所述第一分析的所述表示而执行的，并且其中对所述事件数据的所述第一子样本执行所述第一分析包括：根据接收到的所述第一分析的表示执行所述第一分析；接收第二分析的表示；基于第二二次采样率从所述流式细胞仪数据中选择所述事件数据的第二子样本，使得所述事件数据的经选择的第二子样本表示对应于第二数据二次采样率的所述流式细胞仪事件的一部分；根据接收到的所述第二分析的表示，对所述事件数据的第二子样本执行所述第二分析；以及提供所述第二分析的结果的指示。10.根据权利要求9所述的方法，其还包括：基于所述性能标准确定所述第二数据二次采样率，其中所述性能标准是分析持续时间标准，并且其中基于所述性能标准确定所述第二数据二次采样率包括：基于所述流式细胞仪数据中的所述流式细胞仪事件的数量来确定所述第二数据二次采样率，使得对所述事件数据的所述第二子样本执行所述第二分析可以在少于指定的持续时间内执行。11.一种用于减少流式细胞仪数据分析计算时间的方法，所述方法包括：经由用户界面接收数据二次采样率的指示；接收流式细胞仪数据，其中接收到的流式细胞仪数据包括多个流式细胞仪事件的事件数据；基于所述二次采样率从所述流式细胞仪数据中选择所述事件数据的子样本，使得所述事件数据的经选择的子样本表示对应于所述数据二次采样率的所述流式细胞仪事件的一部分；对所述事件数据的所述子样本执行简化分析；经由所述用户界面提供所述简化分析的结果的指示；经由所述用户界面接收执行完整分析的指令；响应于接收执行所述完整分析的所述指令，对所述流式细胞仪数据执行所述完整分析；以及经由所述用户界面提供所述完整分析的结果的指示。12.根据权利要求11所述的方法，其中执行所述完整分析另外包括：将光谱补偿应用于所述流式细胞仪数据，并且其中执行所述简化分析不包括：将所述光谱补偿应用于所述流式细胞仪数据。13.根据权利要求11或12所述的方法，其还包括：从所述流式细胞仪数据中选择所述事件数据的去噪子样本，使得所述事件数据的经选择的去噪子样本不代表满足指定噪声标准的流式细胞仪事件，其中基于所述二次采样率从所述流式细胞仪数据中选择所述事件数据的所述子样本包括：基于所述二次采样率从所述事件数据的所述去噪子样本中选择所述事件数据的所述子样本，并且其中对所述流式细胞仪数据执行所述完整分析包括：对所述事件数据的所述去噪子样
本执行所述完整分析。14.一种非暂时性计算机可读介质，其被配置为至少存储计算机可读指令，所述计算机可读指令在由计算装置的一个或多个处理器执行时使所述计算装置执行控制器操作，所述控制器操作包括：在第一时间段期间接收流式细胞仪数据，其中接收到的流式细胞仪数据包括多个流式细胞仪事件的事件数据；基于性能标准确定数据二次采样率；基于所述二次采样率从所述流式细胞仪数据中选择所述事件数据的子样本，使得所述事件数据的经选择的子样本表示对应于所述数据二次采样率的所述流式细胞仪事件的一部分；对所述事件数据的所述子样本进行分析，其中确定所述数据二次采样率包括：确定所述数据二次采样率，使得对所述事件数据的所述子样本进行所述分析满足所述性能标准；以及提供所述分析的结果的指示。15.根据权利要求14所述的非暂时性计算机可读介质，其中在所述第一时间段期间进行所述分析并提供所述分析的结果的所述指示。16.根据权利要求15所述的非暂时性计算机可读介质，其中所述性能标准是实时延迟标准，并且其中基于所述性能标准确定所述数据二次采样率包括：基于所述流式细胞仪事件的平均发生率确定所述数据二次采样率，使得进行所述分析所花费的时间少于所述第一时间段的持续时间。17.根据权利要求15或16所述的非暂时性计算机可读介质，其中对所述事件数据的所述子样本进行所述分析包括：在接收所述流式细胞仪数据时在所述第一时间段期间多次更新所述分析，并且其中提供所述分析的结果的所述指示包括：在更新所述分析时在所述第一时间段期间多次提供更新的指示。18.根据权利要求14或15中任一项所述的非暂时性计算机可读介质，其中所述性能标准是分析持续时间标准，并且其中基于所述性能标准确定所述数据二次采样率包括：基于所述流式细胞仪数据中的所述流式细胞仪事件的数量来确定所述数据二次采样率，使得所述分析可以在少于指定的持续时间内执行。19.根据权利要求18所述的非暂时性计算机可读介质，其中所述分析的特征在于多个参数，并且其中确定所述数据二次采样率还包括：基于所述参数的数量来确定所述分析的预期计算成本。20.根据权利要求14至19中任一项所述的非暂时性计算机可读介质，其中所述控制器操作还包括：从所述流式细胞仪数据中选择所述事件数据的去噪子样本，使得所述事件数据的经选择的去噪子样本不代表满足指定噪声标准的流式细胞仪事件，其中基于所述二次采样率从所述流式细胞仪数据中选择所述事件数据的所述子样本包括：基于所述二次采样率从所述事件数据的所述去噪子样本中选择所述事件数据的所述子样本。21.根据权利要求14至20中任一项所述的非暂时性计算机可读介质，其中基于所述二
次采样率从所述流式细胞仪数据中选择所述事件数据的所述子样本包括：选择对应于根据预先确定的模式选择的流式细胞仪事件的数据。22.根据权利要求14至21中任一项所述的非暂时性计算机可读介质，其中所述数据二次采样率是第一数据二次采样率，其中所述事件数据的所述子样本是所述事件数据的第一子样本，其中所述分析是第一分析，并且其中所述控制器操作还包括：接收所述第一分析的表示，其中对所述事件数据的所述第一子样本执行所述第一分析并提供所述第一分析的结果的指示是响应于接收所述第一分析的所述表示而执行的，并且其中对所述事件数据的所述第一子样本执行所述第一分析包括：根据接收到的所述第一分析的表示执行所述第一分析；接收第二分析的表示；基于第二二次采样率从所述流式细胞仪数据中选择所述事件数据的第二子样本，使得所述事件数据的经选择的第二子样本表示对应于第二数据二次采样率的所述流式细胞仪事件的一部分；根据接收到的所述第二分析的表示，对所述事件数据的第二子样本执行所述第二分析；以及提供所述第二分析的结果的指示。23.根据权利要求22所述的非暂时性计算机可...

【专利技术属性】
技术研发人员：A，
申请(专利权)人：赛多利斯生物分析仪器有限公司，
类型：发明
国别省市：