一种鉴定登革病毒4种血清型的方法技术

本发明专利技术公开了一种鉴定登革病毒4种血清型的方法。该方法包括如下步骤：获得登革病毒1型、登革病毒2型、登革病毒3型和登革病毒4型的核心基因组SNP矩阵；将待测登革病毒进行测序，测序结果分别与4个参考序列比对，获得待测登革病毒基于每个血清型核心基因组SNP矩阵的SNPs；将SNPs结果和每个血清型核心基因组SNP矩阵进行聚类分析，聚类分析中待测登革病毒与哪个血清型为同一类，则待测登革病毒与该血清型属于同一类。本发明专利技术提供的方法基于高通量测序技术获得的病毒序列进行分析，可作为传统实验室鉴定生物实验的有益补充，达到快速分型、鉴定及溯源的目的。本发明专利技术具有重要的应用价值。值。

【技术实现步骤摘要】
一种鉴定登革病毒4种血清型的方法


[0001]本专利技术属于生物信息学领域，具体涉及一种鉴定登革病毒4种血清型的方法。

技术介绍

[0002]登革病毒是地理分布最广的虫媒黄病毒。登革病毒包括4个血清型，均可引起典型的登革热和严重的登革出血热或登革休克综合征。近十年来，随着全球气候变化、生态环境恶化、蚊媒分布区域扩展、以及全球商贸交流和旅游业快速发展，登革热流行的范围和频率不断增加，目前已波及全球100多个国家和地区，登革热在全世界的发病率提高了近30倍。仅2019年已在菲律宾、泰国、孟加拉国、缅甸及中国重庆市暴发了不同程度的登革热疫情。目前登革病毒已被世界卫生组织视为热带及亚热带地区的重大卫生问题，他们呼吁世界各国应更加重视对登革热等疾病的监控，以防止疾病的暴发和跨境传播。
[0003]登革病毒感染后的早期诊断对于登革疫情的防控意义重大。传统登革病毒实验室诊断方法分为病毒分离培养、实时定量PCR反应、登革病毒的抗原抗体检测、RNA转染和CRISPR
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Cas方案等。通常采用登革抗体抗原监测来进行初筛，并采用实时定量PCR、RNA转染和CRISPR
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Cas方案进行确诊实验及分型。但上述方法无法实现登革病毒的精准分型和溯源，进而无法第一时间防止传播。

技术实现思路

[0004]本专利技术的目的是鉴定待测登革病毒血清型。
[0005]本专利技术首先保护一种鉴定待测登革病毒血清型的方法，可包括如下步骤：
[0006](1)获得下表所示的登革病毒1型、登革病毒2型、登革病毒3型和登革病毒4型的核心基因组SNP矩阵；
[0007][0008][0009][0010][0011](2)分别根据登革病毒1型、登革病毒2型、登革病毒3型和登革病毒4型的标准毒株获得参考序列1—参考序列4；参考序列1—参考序列4的Genbank编号分别为NC_001477、NC_001474、NC_001475和NC_002640；
[0012](3)将待测登革病毒进行测序，测序结果分别与步骤(2)获得的参考序列1—参考序列4进行比对，获得待测登革病毒基于每个血清型核心基因组SNP矩阵的SNPs；
[0013](4)将步骤(3)的SNPs结果和步骤(1)每个血清型核心基因组SNP矩阵进行聚类分析，聚类分析中待测登革病毒与哪个血清型为同一类，则待测登革病毒与该血清型属于同一类。
[0014]上述方法中，所述步骤(1)中，登革病毒1型的核心基因组SNP矩阵中SNP的位置是基于参考序列1确定的；参考序列1的Genbank编号为NC_001477。登革病毒2型的核心基因组SNP矩阵中SNP的位置是基于参考序列2确定的；参考序列1的Genbank编号为NC_001474。登革病毒3型的核心基因组SNP矩阵中SNP的位置是基于参考序列3确定的；参考序列1的Genbank编号为NC_001475。登革病毒4型的核心基因组SNP矩阵中SNP的位置是基于参考序列4确定的；参考序列1的Genbank编号为NC_002640。
[0015]上述方法中，获得登革病毒1型、登革病毒2型、登革病毒3型和登革病毒4型的核心基因组SNP矩阵的方法见实施例1。
[0016]上述方法中，所述步骤(4)具体为：将步骤(3)的SNPs结果加入步骤(1)每个血清型核心基因组SNP矩阵中，建立基于最近邻方法的聚类树，通过进化树分支，鉴定登革病毒的血清型。
[0017]上述任一所述的方法在鉴定待测登革病毒血清型中的应用也属于本专利技术的保护范围。
[0018]上述任一所述登革病毒1型、登革病毒2型、登革病毒3型和/或登革病毒4型的核心基因组SNP矩阵在鉴定待测登革病毒血清型中的应用也属于本专利技术的保护范围。
[0019]检测上述任一所述登革病毒1型、登革病毒2型、登革病毒3型和/或登革病毒4型的核心基因组SNP矩阵的物质在鉴定待测登革病毒血清型中的应用也属于本专利技术的保护范围。
[0020]上述应用中，所述检测登革病毒1型、登革病毒2型、登革病毒3型和/或登革病毒4型的核心基因组SNP矩阵的物质可为引物。
[0021]上述应用中，所述检测登革病毒1型、登革病毒2型、登革病毒3型和/或登革病毒4型的核心基因组SNP矩阵的物质还可为其它试剂，这些试剂的功能鉴定SNP位点的基因型。试剂可为测序试剂或PCR扩增试剂。
[0022]上述任一所述登革病毒血清型可为登革病毒1型、登革病毒2型、登革病毒3型和/
或登革病毒4型。
[0023]本专利技术还保护上述任一所述登革病毒1型、登革病毒2型、登革病毒3型和/或登革病毒4型的核心基因组SNP矩阵。
[0024]不同于传统基于湿实验的登革病毒确诊分型方法，本专利技术基于公共数据库已有的登革病毒，针对其不同血清型进行病毒全基因组进化规律分析，获得其不同血清型的核心基因组SNP矩阵，该矩阵只保留了最能反映病毒序列不同之处的核心位点，通过检测核心基因组SNP矩阵集合进行聚类分析，可以快速区分登革病毒4种血清型。该方法基于高通量测序技术获得的病毒序列进行分析，可作为传统实验室鉴定生物实验的有益补充，达到快速分型、鉴定及溯源的目的。本专利技术具有重要的应用价值。
附图说明
[0025]图1为4种血清型登革病毒的进化关系图。
具体实施方式
[0026]下面结合具体实施方式对本专利技术进行进一步的详细描述，给出的实施例仅为了阐明本专利技术，而不是为了限制本专利技术的范围。以下提供的实施例可作为本
普通技术人员进行进一步改进的指南，并不以任何方式构成对本专利技术的限制。
[0027]下述实施例中的实验方法，如无特殊说明，均为常规方法，按照本领域内的文献所描述的技术或条件或者按照产品说明书进行。下述实施例中所用的材料、试剂等，如无特殊说明，均可从商业途径得到。
[0028]实施例1、快速鉴定登革病毒血清型的方法的建立
[0029]一、快速鉴定登革病毒血清型的SNP位点的筛选
[0030]1、获得登革病毒4种血清型的参考序列
[0031]根据登革病毒4种血清型的不同特征，从Genbank上查找标准毒株编号。本专利技术针对4种不同血清型，分别选取4个不同参考序列，其Genbank编号分别为NC_001477、NC_001474、NC_001475和NC_002640。
[0032]2、登革病毒序列分型
[0033]本专利技术的专利技术人选取实验室保藏的2个登革病毒样本，应用Illumina第二代测序技术进行深度测序，然后拼接，得到相应的登革病毒全基因组序列。下载Genbank上所有636株登革病毒的全基因组序列。
[0034]上述序列共包含登革病毒1型序列245条、2型序列172条、3型序列187条、4型序列34条。整合上述序列并进行多序列比对，获得登革病毒序列的进化关系(见图1)。
[0035]结果表明，登革病毒序列分为4种型别，对应4种血清型。
[0036]3、本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种鉴定待测登革病毒血清型的方法，包括如下步骤：(1)获得下表所示的登革病毒1型、登革病毒2型、登革病毒3型和登革病毒4型的核心基因组SNP矩阵；
(2)分别根据登革病毒1型、登革病毒2型、登革病毒3型和登革病毒4型的标准毒株获得参考序列1—参考序列4；参考序列1—参考序列4的Genbank编号分别为NC_001477、NC_001474、NC_001475和NC_002640；(3)将待测登革病毒进行测序，测序结果分别与步骤(2)获得的参考序列1—参考序列4进行比对，获得待测登革病毒基于每个血清型核心基因组SNP矩阵的SNPs；(4)将步骤(3)的SNPs结果和步骤(1)每个血清型核心基因组SNP矩阵进行聚类分析，聚类分析中待测登革病毒与哪个血清型为同一类，则待测登革病毒与该血清型属于同一类。2.如权利要求1所述的方法，其特征在于：所述步骤(1)中，登革病毒1型的核心基因组SNP矩阵中SNP的位置是基于参考序列1确定的；参考序列1的Genbank编号为NC_001477；登革病毒2型的核心基因组SNP矩阵中SNP的位置是基于参考序列2确定的；参考序列1的Genbank编号为NC_001474；登革病毒3型的核心基因组SNP矩阵中SNP的位置是基于参考序列3确定的；参考序列1
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【专利技术属性】
技术研发人员：张湘莉兰，秦思，范航，郭彦，崔玉军，
申请(专利权)人：中国人民解放军军事科学院军事医学研究院，
类型：发明
国别省市：