叶用芥菜叶缘裂刻SSR分子标记及其应用制造技术

本发明专利技术提供了叶用芥菜叶缘裂刻SSR分子标记引物对及其应用，属于分子标记开发技术领域。本发明专利技术还提供了鉴定叶用芥菜叶缘裂刻性状的方法和叶用芥菜叶缘裂刻检测试剂盒及其应用，通过叶用芥菜叶缘裂刻SSR分子标记引物对对叶用芥菜基因组DNA进行扩增，检测标记位点的多态性，以精准表达叶用芥菜叶缘裂刻性状，为叶用芥菜分子辅助育种提供指导，满足生产上的需求。的需求。的需求。

【技术实现步骤摘要】
叶用芥菜叶缘裂刻SSR分子标记及其应用


[0001]本专利技术涉及分子标记开发
，具体涉及叶用芥菜叶缘裂刻SSR分子标记及其应用。

技术介绍

[0002]芥菜(Brassica juncea(L.)Czern.et Coss.)是贵州省的特色蔬菜，栽培面积大，春季栽培价格高。叶用芥菜俗称青菜，是十字花科芸薹属芥菜类蔬菜，可鲜食可加工。叶片是植物的重要器官，尤其在多叶蔬菜中叶片不仅是光合产物的主要来源，其形态更是对叶用类蔬菜的商品价值和产量有极大的影响。叶片形态根据叶的边缘形态的不同，主要分为全缘的、锯齿状的和裂刻的。研究表明叶缘裂刻是植物对逆境的一种较强的适应，能够应对冷害胁迫、水分胁迫、强风，抵御高温同时增加通风透气性。裂叶植物在密植时传热速率要高于全缘叶植物，可防御高温灼伤，且在光资源竞争上竞争力比全缘叶更强，裂叶在种群中因为叶面积小，且没有叶片复合聚集，能快速响应和竞争有限光源，所以可充分地利用光能，与全缘叶相比具有更高的光合效率和植物产量。叶缘裂刻性状由1对显性基因控制，目前关于叶缘裂刻形成机理在白菜和甘蓝型油菜中研究较多，在芥菜中鲜有报道。叶用芥菜品种选育在贵州省起步较晚，尤其是叶缘裂刻品种选育。因此，以控制叶用芥菜叶缘裂刻性状基因的相关的分子标记的开发和利用，将为叶用芥菜新品种分子辅助育种提供指导，满足生产上的需求。

技术实现思路

[0003]为了解决现有技术中存在的问题，本专利技术的目的在于提供叶用芥菜叶缘裂刻SSR分子标记引物对，利用分子标记鉴定叶用芥菜叶缘裂刻性状，为叶用芥菜新品种分子辅助育种提供指导。
[0004]为了实现上述专利技术目的，本专利技术提供以下技术方案：
[0005]本专利技术提供了叶用芥菜叶缘裂刻SSR分子标记引物对，所述引物对的上游引物核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，下游引物核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。
[0006]优选的，所述引物对的扩增位点位于芥菜A亚基因组10号染色体上。
[0007]本专利技术提供了一种鉴定叶用芥菜叶缘裂刻性状的方法，包括以下步骤：提取叶用芥菜基因组DNA，利用上述引物对进行PCR扩增，扩增产物进行凝胶电泳，观察电泳条带的多态性。
[0008]优选的，对所述电泳条带进行银染显影。
[0009]本专利技术提供了一种叶用芥菜叶缘裂刻检测试剂盒，包括上述SSR标记引物对。
[0010]优选的，所述试剂盒还包括dNTPs、Taq DNA聚合酶、PCR反应缓冲液和基因组提取试剂。
[0011]优选的，所述试剂盒还包括凝胶电泳中的试剂。
[0012]本专利技术提供了上述引物对或上述试剂盒在叶用芥菜叶缘裂刻性状筛选中的应用。
[0013]本专利技术提供了上述引物对或上述试剂盒在叶用芥菜品种纯度鉴定中的应用。
[0014]本专利技术提供了上述引物对或上述试剂盒在叶用芥菜育种中的应用。
[0015]与现有技术相比，本专利技术技术方案的有益效果如下：
[0016]本专利技术提供了叶用芥菜叶缘裂刻SSR分子标记引物对，通过检测标记位点上的多态性可以精准表达叶用芥菜叶缘形态的差异，可用于叶用芥菜叶缘裂刻性状相关基因的鉴定和叶用芥菜叶缘裂刻性状的筛选与验证，为叶用芥菜新品种分子辅助育种提供指导，以满足生产上的需求。
附图说明
[0017]图1：滑窗降噪后与叶缘裂刻性状相关的P值；
[0018]图2：SSR引物筛选结果；
[0019]图3：SSR引物验证结果；
[0020]图4：SSR引物鉴定品种纯度结果；
[0021]图5：SSR分子标记辅助选育叶用芥菜种质资源结果。
具体实施方式
[0022]本专利技术提供了叶用芥菜叶缘裂刻SSR分子标记引物对，上游引物核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，下游引物核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。
[0023]本专利技术所述叶用芥菜叶缘裂刻SSR分子标记引物对的扩增位点位于芥菜A亚基因组10号染色体上，重复基元序列(SEQ ID NO.149)为(CGAAC)5CTCCCATGTTTCATAATATCGTTATTTCAATTCAAGCAATTAAGGTCGAAAAAGATATTCC(T)10。其中(CGAAC)5个循环，(T)10个循环。
[0024]本专利技术所述叶用芥菜叶缘性状为：在植株莲座期时选取第10片叶判定植株的叶缘形态，将叶边缘无裂刻的单株视为叶缘全缘，叶基部有裂刻的单株视为叶缘中间型，叶边缘均有裂刻的单株视为叶缘裂刻。
[0025]本专利技术所述SSR分子标记引物对的开发方法包括：对极端叶缘全缘单株、极端叶缘裂刻单株和叶缘中间型进行混池测序，利用GradedPool
‑
seq(GPS)关联分析方法对叶缘裂刻性状进行定位，然后筛选定位区间主效区间内的SSR序列并设计引物，得到本专利技术所述SSR分子标记引物对。
[0026]作为一种可选的实施方式，本专利技术所述叶用芥菜叶缘裂刻SSR分子标记引物对的开发方法包括：(1)以叶用芥菜叶缘全缘DH系
‘
黔青4号
’
为母本，以叶缘裂刻自交系
‘
白芥菜
’
为父本进行杂交，对得到的F1代自交得F2代群体，统计F2代分离群体植株的叶缘形态；(2)根据F2代分离群体叶缘形态，选取极端叶缘全缘单株、极端叶缘裂刻单株和1个叶缘中间型进行混池测序，混池规模为：100+100+100；结合亲本重测序，利用GradedPool
‑
seq(GPS)关联分析方法对叶缘裂刻性状进行定位，将候选区间定位在叶用芥菜A基因组的10号染色体上，区间大小为0.6Mb；(3)根据主效区间开发分子标记，筛选主效区间内的SSR序列，选取SSR序列前后200bp的核苷酸序列设计引物，得SSR分子标记引物。利用亲本和F1以及BC1回交群体的基因组DNA进行PCR验证。
[0027]本专利技术还提供了一种鉴定叶用芥菜叶缘裂刻性状的方法，包括以下步骤：提取叶用芥菜基因组DNA，然后利用叶用芥菜叶缘裂刻SSR分子标记引物对进行PCR扩增，扩增产物
进行凝胶电泳，观察电泳条带的多态性。
[0028]本专利技术所述凝胶电泳优选为聚丙烯酰胺凝胶电泳。
[0029]本专利技术所述PCR扩增体系优选为：基因组DNA 1μL、2
×
Taq PCR MasterMix 10μL、上游引物和下游引物各1μL和ddH2O 7μL。
[0030]本专利技术所述PCR扩增程序优选为：94℃预变性3min；94℃变性30s，58℃退火30s，72℃延伸1min，30个循环；72℃延伸5min；4℃保存。
[0031]本专利技术对所得电泳条带进行银染显影，以观察电泳条带的多态性，并根据电泳条带的多态性判断具体的叶用芥菜叶缘裂刻性状。
[0032]本专利技术还提供了一种叶用芥菜叶缘裂刻检测试剂盒，包括本专利技术所述叶用芥菜叶缘裂刻SSR分子标记引物对。优选的，本专利技术所述试剂本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.叶用芥菜叶缘裂刻SSR分子标记引物对，其特征在于，所述引物对的上游引物核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，下游引物核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。2.根据权利要求1所述的引物对，其特征在于，所述引物对的扩增位点位于芥菜A亚基因组10号染色体上。3.一种鉴定叶用芥菜叶缘裂刻性状的方法，其特征在于，包括以下步骤：提取叶用芥菜基因组DNA，利用权利要求1所述引物对进行PCR扩增，扩增产物进行凝胶电泳，观察电泳条带的多态性。4.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，对所述电泳条带进行银染显影。5.一种叶用芥菜叶缘裂刻检测试剂...

【专利技术属性】
技术研发人员：付文苑，邓英，唐兵，滕九翠，王青青，王天文，陶莲，杨巍，
申请(专利权)人：贵州省园艺研究所贵州省园艺工程技术研究中心，
类型：发明
国别省市：