用于鉴别梅花鹿台湾亚种的分子标记、鉴别方法及应用技术

本发明专利技术提供一种用于鉴别梅花鹿台湾亚种的分子标记、鉴别方法及应用。所述分子标记包括2个SNP标记位点，该2个SNP标记位点均位于梅花鹿mtDNA基因组COX2基因572bp片段上；标记S

【技术实现步骤摘要】
用于鉴别梅花鹿台湾亚种的分子标记、鉴别方法及应用


[0001]本专利技术涉及用于鉴别梅花鹿台湾亚种的分子标记、鉴别方法及应用，属于分子生物学


技术介绍

[0002]梅花鹿(Cervus nippon)属于哺乳纲(Mammalia)、偶蹄目(Artiodactyla)、鹿科(Cervidae)、鹿属(Cervus)，是东亚季风区标志性动物，从乌苏里江到越南均有分布。目前比较公认的说法是将梅花鹿分为13个亚种，日本现存6个亚种分别是北海道亚种(Cervus nipponyesoensis)、本州亚种(Cervus nippon centralis)、指名亚种(Cervus nipponnippon)、屋久岛亚种(Cervus nippon yakushimae)、马毛岛亚种 (Cervus nipponmageshimae)和琉球亚种(Cervus nipponkeramae)。越南有1个亚种：越南亚种(Cervus nippon pseudaxis)。中国梅花鹿有6个亚种，其中华北亚种 (Cervus nipponmandarinns)和山西亚种(Cervus nippon grassianus)均已灭绝。东北亚种(Cervus nippon hortulorum)分布于辽宁、吉林、黑龙江、西伯利亚东南部、乌苏里江流域和朝鲜，体型较大，腹部青灰色，夏毛红棕色，白斑大但稀少，冬毛白斑不明显，甚至无白斑。华南亚种(Cervus nipponkopschi)在安徽南部、浙江西北部和江西东北部等都有分布，体型小，夏毛红棕色，白斑较大，体侧白斑较稀疏，腹部灰棕色，冬毛深棕色，白斑不明显。四川亚种(Cervus nippon sichuanicus) 在1964年才被发现并经鉴定成为一个新的梅花鹿亚种，其栖息地主要位于若尔盖铁布、包座自然保护区，体型大，腹部白色，夏毛深红棕色，白斑小而密，冬毛白斑不明显。台湾亚种(Cervus nippontaiouanus)主要分布在中国台湾地区，体型小，夏毛黄棕色，颈后颜色较深，夏毛与冬毛均有明显较大白斑。
[0003]目前梅花鹿的亚种划分主要依据形态学差异和地理分布，存在着遗传资源分类混乱的难题。基于线粒体全基因组的梅花鹿起源进化研究结果表明，东北亚种内部存在极大的遗传分化，家养梅花鹿与其他梅花鹿亚种存在基因交流，这或是自然因素或是人为因素，野生梅花鹿中的台湾亚种、四川亚种和华南亚种在系统进化分析中均聚为单独的分支，这表明线粒体基因组蛋白质编码基因不同亚种特异SNP可作为鉴别台湾亚种、四川亚种和华南亚种的候选分子标记。
[0004]分子SNP标记具有准确性高、变异丰富、操作简单等优点，且分子标记不受环境因素影响，能直接反应动物基因水平的差异，因而被广泛应用于动物个体鉴别和种源鉴定。
[0005]目前本领域内尚未有用分子标记鉴定梅花鹿台湾亚种的相关报道。

技术实现思路

[0006]本专利技术的目的是，针对上述现有技术的不足，提供一种用于鉴别梅花鹿台湾亚种的分子标记及其引物和应用，有助于解决当前精准鉴别梅花鹿亚种面临的问题。
[0007]本专利技术人对梅花鹿不同亚种样品的mtDNA序列进行了深入研究，获得了可以用于精准鉴别梅花鹿台湾亚种的SNP标记和鉴定方法，实现了梅花鹿不同亚种的精准鉴别工作，
对梅花鹿资源的保护和管理方面具有重要理论和应用价值。
[0008]本专利技术一方面，提供一种用于鉴别梅花鹿台湾亚种的分子标记，所述分子标记包括2个SNP标记位点：S
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1～S
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2，位点信息如表1所示：
[0009]表1本专利技术用于鉴别梅花鹿台湾亚种的SNP标记位点
[0010]标记梅花鹿mtDNA基因组位点碱基S
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1COX2基因572bp片段第101bpA/GS
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2COX2基因572bp片段第500bpC/T
[0011]本专利技术提供的2个SNP位点S
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1～S
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2在梅花鹿台湾亚种中为A、C；在非梅花鹿台湾亚种中分别为G、T。所述非梅花鹿台湾亚种包括梅花鹿东北亚种、梅花鹿华南亚种、梅花鹿四川亚种、梅花鹿北海道亚种、梅花鹿本州亚种、梅花鹿指名亚种、梅花鹿屋久岛亚种。
[0012]本专利技术还提供用于鉴别梅花鹿台湾亚种的分子标记引物，所述引物对的序列如SEQIDNO.1
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SEQIDNO.2所示。用所述引物对扩增待测样品，可扩增得到COX2基因572bp片段。
[0013]本专利技术还提供上述用于鉴别梅花鹿台湾亚种的分子标记或用于鉴别梅花鹿台湾亚种的引物在鉴别梅花鹿台湾亚种中的应用；及在制备试剂盒或在检测方法中的应用，所述试剂盒或检测方法的用途为鉴别梅花鹿台湾亚种。
[0014]本专利技术进一步提供一种鉴别梅花鹿台湾亚种的方法，所述方法是：提取待测样本DNA，用SEQIDNO.1
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SEQIDNO.2所示引物对进行PCR扩增；对PCR产物进行测序，根据SNP标记位点碱基即可鉴别待测样品是否为梅花鹿台湾亚种。若扩增得到的片段序列的2个SNP位点分别为A、C，则待测样品为梅花鹿台湾亚种；若2个SNP位点分别为G、T，则待测样品是非梅花鹿台湾亚种。
[0015]本专利技术有益效果：
[0016](1)本专利技术确定2个用于鉴别梅花鹿台湾亚种特异性的SNP位点，得到了1对鉴别引物，建立了鉴别梅花鹿台湾亚种特异SNP的方法。本专利技术弥补了本领域目前尚无鉴别梅花鹿台湾亚种的分子检测技术的不足，实现对梅花鹿种质资源的精准鉴别。
[0017](2)本专利技术方法以梅花鹿亚种差异性SNP为判定依据，为梅花鹿资源的亚种水平鉴别提供了稳定、可靠的分子检测方法，从基因水平上拓展了梅花鹿可用标记位点范围，为梅花鹿种质资源鉴定提供了新思路和方法，对梅花鹿的DNA指纹图谱绘制和野生亚种保护管理等方面具有重要理论与应用价值。
[0018](3)本专利技术所选位点稳定性好，鉴定方法准确率极高。用本专利技术方法检测了来自中国和日本的105个梅花鹿样品。结果表明：105个样品中15个样品为台湾亚种，其余样品非台湾亚种。检测准确率100％。
附图说明
[0019]图1为本专利技术的梅花鹿台湾亚种与其他亚种mtDNA序列差异性SNP位点。图中：Cervusnipponhortulorum:东北亚种；Cervusnipponsichuanicus:四川亚种；Cervusnipponkopschi:华南亚种；Cervusnippontaiouanus:台湾亚种；Cervusnipponyesoensis:北海道亚种；Cervusnipponcentralis:本州亚种；Cervusnipponnippon:指名亚种；Cervusnipponyakushimae:屋久岛亚种
[0020]图2为实施例2的PCR结果图。图中，M：DNAMaker1000；1泳道是引物对扩增得到的条带。
具体实施方式
[00本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.用于鉴别梅花鹿台湾亚种的分子标记，其特征是，所述分子标记包括2个SNP标记位点：标记梅花鹿mtDNA基因组位点碱基S
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1COX2基因572bp片段第101bpA/GS
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2COX2基因572bp片段第500bpC/T。2.如权利要求1所述的用于鉴别梅花鹿台湾亚种的分子标记，其特征是，所述2个SNP位点S
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1～S
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2在梅花鹿台湾亚种中为A、C；在非梅花鹿台湾亚种中分别为G、T。3.如权利要求2所述的用于鉴别梅花鹿台湾亚种的分子标记，其特征是，所述非梅花鹿台湾亚种包括梅花鹿东北亚种、梅花鹿华南亚种、梅花鹿四川亚种、梅花鹿北海道亚种、梅花鹿本州亚种、梅花鹿指名亚种、梅花鹿屋久岛亚种。4.一种用于鉴别梅花鹿台湾亚种的引物，其特征是，所述引物对序列如SEQ ...

【专利技术属性】
技术研发人员：邢秀梅，董依萌，王天骄，刘华淼，李洋，张然然，
申请(专利权)人：中国农业科学院特产研究所，
类型：发明
国别省市：