一种靶向RalA-GDP蛋白的药物的虚拟筛选方法技术

本发明专利技术为一种靶向RalA

A virtual screening method for drugs targeting Rala GDP protein

【技术实现步骤摘要】
一种靶向RalA
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GDP蛋白的药物的虚拟筛选方法


[0001]本专利技术属于计算机辅助药物设计领域，具体涉及一种靶向RalA
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GDP蛋白的药物的虚拟筛选方法，尤其涉及以RalA
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GDP蛋白为靶点的小分子抑制剂的虚拟筛选方法的建立。

技术介绍

[0002]RAS基因是人类肿瘤发生发展中最常见的癌基因，其主要分为3个亚型，分别为KRAS、NRAS和HRAS，在肿瘤细胞中，尤其是胰腺癌、肺癌和结直肠癌中经常可以发现这些基因的突变，这与肿瘤的发生发展以及转移有着密不可分的关系。RAS蛋白属于小G蛋白超家族的一员，本身带有较弱的GTP酶活性。在细胞内，RAS蛋白主要存在两种状态，即与GDP结合的失活状态和与GTP结合的激活状态，RAS蛋白在两种状态间不断循环，当RAS蛋白处于激活状态，其可以与下游效应蛋白相结合去激活下游信号通路从而发挥其促进细胞增殖，生长和转移的相关作用，而当RAS蛋白处于失活状态时，其下游信号通路便会被关闭，因此RAS蛋白被很形象地比喻为细胞内的一个二元开关。自1982年RA本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种靶向RaIA
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GDP蛋白的药物的虚拟筛选方法，其特征在于，包括以下步骤：(1)RaIA
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GDP蛋白晶体结构的准备：从Protein Data Bank数据库中获取RaIA
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GDP蛋白晶体结构，去除多余结构，只保留RaIA
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GDP部分，根据文献报道，确定位于RaIA
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GDP蛋白Switch2和α2螺旋以及α3螺旋的一面附近的可供小分子结合的结合口袋；(2)建立待筛选化合物库：从ZINC化合物库中下载待筛选小分子化合物库，对这些小分子化合物进行进一步的处理和结构优化；(3)化合物的虚拟筛选：将待筛选化合物库中的化合物对接至蛋白蛋白复合物相互作用界面上的结合口袋，进行对接打分排序筛选，筛选出打分较高的具有潜在活性的候选化合物。2.如权利要求1所述的以RaIA
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GDP蛋白为靶点的小分子抑制剂的虚拟筛选方法，其特征在于，步骤(1)中所述的RaIA
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GDP晶体结构来自于Protein Data Bank数据库，编号为2BOV，去除多余结构，只保留RaIA
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GDP部分，再利用Discovery Studio软件中的Prepare Protein模块对该蛋白进行优化，具体包括对该蛋白进行三维结构分析、修补缺失的氨基酸残基和侧链、去除蛋白结构中的水分子并为整个蛋白分子添加氢原子，采用CHARMm力场对该蛋白进行能量最优化和最小化处理，利用Protonate模块对蛋白的介电常数、pH、截止能量和离子强度等进行限制。3.如权利要求1所述的以RaIA
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GDP蛋白为靶点的小分子抑制剂的虚拟筛选方法，其特征在于，步骤(1)中所述的RaIA
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GDP蛋白是指处于失活状态的RaIA蛋白，而非处于结合GTP的激活状态。4.如权利要求1所述的以RaIA
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G...

【专利技术属性】
技术研发人员：卜华港，张雅亮，夏玉贵，
申请(专利权)人：南京天顶星医药科技有限公司，
类型：发明
国别省市：