一种SESN2基因SNP标记检测藏鸡经济性状的方法及其应用技术

本发明专利技术属于分子生物学检测领域，具体涉及一种SESN2基因SNP标记检测藏鸡经济性状的方法及其应用。具体技术方案为：一种影响藏鸡性状的SNP分子标记，所述SNP分子标记位于藏鸡SESN2基因对参考序列Genbank Accession No.NC_052554的第8644位点的碱基处，突变碱基为C或T。本发明专利技术首次发现，藏鸡SESN2基因第8644位处，如果发生C

【技术实现步骤摘要】
一种SESN2基因SNP标记检测藏鸡经济性状的方法及其应用


[0001]本专利技术属于分子生物学检测领域，具体涉及一种SESN2基因SNP标记检测藏鸡经济性状的方法及其应用。

技术介绍

[0002]单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)是指基因组DNA序列由于单个核苷酸的变化而引起的多态性，主要包括碱基的转换、颠换、插入和缺失等。SNP属于第三代分子标记，具有高密度、和易于检测等优点，已广泛应用于生物遗传多样性及分子遗传育种研究。
[0003]分子育种，分子标记辅助选择(molecularmark
‑
assistselection，MAS)，是借助DNA分子标记对育种材料进行选择，进而实现对畜禽性状的品种改良。在畜禽育种中，如果选出与经济性状密切相关的DNA标记，则有望提高选种准确性，提高选育效率和效果。
[0004]SESN2(Hi95)是进化保守的应激诱导基因SESN家族的主要成员之一。SESN2参与动物代谢、衰老、肌肉和神经退行性病变、应对遗传毒性的压力、癌症发生等生物学过程；在对抗动物氧化应激反应、阻止肌肉萎缩和维持肌肉完整性中也具有重要作用。

技术实现思路

[0005]本专利技术的目的是提供一种SESN2基因SNP标记检测藏鸡经济性状的方法及其应用。
[0006]为实现上述专利技术目的，本专利技术所采用的技术方案是：一种影响藏鸡性状的SNP分子标记，所述SNP分子标记位于藏鸡SESN2基因对参考序列Genbank Accession No.NC_052554的第8644位点的碱基处，突变碱基为C或T。
[0007]优选的，所述SNP分子标记的基因型为CC、CT或TT中的任意一种。
[0008]相应的，所述SNP分子标记在检测藏鸡经济性状或藏鸡选育中的应用。
[0009]相应的，包含所述SNP分子标记的试剂盒或检测试纸或检测试剂。
[0010]优选的，所述试剂盒或检测试纸或检测试剂中至少包括用于扩增所述SNP分子标记的特异性引物对。
[0011]优选的，所述引物对包括：
[0012]上游引物如SEQ ID NO：1所示；下游引物：如SEQ ID NO：2所示。
[0013]相应的，所述试剂盒或检测试纸或检测试剂在检测藏鸡性状中的应用。
[0014]优选的，所述应用包括如下步骤：
[0015](1)获取待检测藏鸡的血液；
[0016](2)从血液中提取基因组DNA；
[0017](3)将基因组DNA进行PCR扩增，获得PCR扩增产物；
[0018](4)将PCR扩增产物进行酶切、电泳、分析，确定待测藏鸡的所述SNP分子标记的基因型。
[0019]优选的，所述PCR扩增的反应体系包括：2
×
Buffer、扩增所述SNP分子标记的特异
性引物对、Taq DNA聚合酶、DNA模板。
[0020]优选的，所述PCR扩增的反应程序包括：95℃预变性3min；再进行36个如下循环：94℃变性30s，63℃退火30s，72℃延伸30s；循环结束后，再72℃延伸5min。
[0021]本专利技术具有以下有益效果：本专利技术首次发现，藏鸡SESN2基因第8644位处，如果发生C
‑
T突变，会直接关系到是否出现RsaI酶切位点；且CT基因型的个体，各方面的经济性状均有明显提升。因此，利用该突变位点可简单、快速、准确、高效地检测藏鸡的经济性状，并可直接应用到藏鸡选育中，以提升藏鸡的经济性能。
附图说明
[0022]图1为藏鸡三个品系样本的SESN2基因第8644位点测序峰图，框内为突变位点；
[0023]图2为藏鸡SESN2基因酶切电泳结果示意图。
具体实施方式
[0024]本专利技术提供了一种藏鸡SESN2基因SNP标记检测经济性状的方法。所述SESN2基因的SNP与藏鸡的经济性状显著相关，该SNP所在位点具有CC、CT和TT三种基因型，不同基因型的藏鸡在体斜长、龙骨长、胸深、胫长、活体重、屠体重、半净膛重、全净膛重、胸肌重、腿肌重存在显著差异。本专利技术提供的检测方法主要依赖于第8644位C到T的颠换突变进行。PCR扩增藏鸡SESN2基因内含子区，该处如果没有发生对应突变，则没有RsaI酶切位点；当由C突变成T时，形成RsaI酶切位点，则可被RsaI酶切。从而可简单、快速、准确、高效地检测藏鸡个体的SNP，并应用到藏鸡的分子育种上。
[0025]下面将结合本专利技术实施例中的附图，对本专利技术实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例仅是本专利技术一部分实施例，而不是全部的实施例。若未特别指明，实施例中所用的技术手段为本领域技术人员所熟知的常规手段。
[0026]实施例一：藏鸡SESN2基因部分DNA序列的克隆和SNP筛查
[0027]1、本专利技术以藏鸡三个品系的种群作为检测对象，样本采集情况如表1所示。每个样本单独进行检测，例如阿藏1系的60个样本，每个样品都单独检测。
[0028]表1样本采集情况对照表
[0029][0030]2、参考文献Sambrock et al(2002)方法提取藏鸡血液样本基因组DNA。以NCBI数据库(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)公布的鸡SESN2基因序列(Genbank Accession No.NC_052554)为参考序列，利用Primer 5.0设计PCR引物对P，引物序列具体如下：
[0031]上游引物：5'
‑
CGTGACCTCCACCCACTGAT
‑
3'(SEQ ID NO：1)；
[0032]下游引物：5'
‑
CTATACCGAAACCGTGCCCCC
‑
3'(SEQ ID NO：2)。
[0033]所述引物序列扩增了藏鸡SESN2基因第1内含子区域。
[0034]再进行PCR扩增。采用混合加样法，即根据每一个反应体系所需的各种组分的数量和1次反应所需的PCR反应的个数，计算得出各种反应组分的总量，加入1.5mL离心管中，充分混匀后离心，再分装到每个PCR管中，然后加入模板DNA，再离心后进行PCR扩增，PCR反应体系如表2所示。所述DNA模板为表1中各藏鸡个体样品的基因组DNA。
[0035]表2PCR反应体系
[0036]体系成分体积(μL)2xBuffer(内含Mg
2+
、dNTPs等)10.0上游引物(10μmol/L)0.5下游引物(10μmol/L)0.5Taq DNA聚合酶(2.0U/μL)0.5DNA模板(50ng/μL)1灭菌超纯水(H2O)7.5
[0037]PCR反应程序为：95℃预变性3min。进行36个如下循环：94℃变性30s，63℃退火30s，72℃延伸30s。循环结束后，再72℃延伸5min本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种影响藏鸡性状的SNP分子标记，其特征在于：所述SNP分子标记位于藏鸡SESN2基因对参考序列Genbank Accession No.NC_052554的第8644位点的碱基处，突变碱基为C或T。2.根据权利要求1所述的影响藏鸡性状的SNP分子标记，其特征在于：所述SNP分子标记的基因型为CC、CT或TT中的任意一种。3.权利要求1或2所述SNP分子标记在检测藏鸡经济性状或藏鸡选育中的应用。4.包含权利要求1或2所述SNP分子标记的试剂盒或检测试纸或检测试剂。5.根据权利要求4所述的试剂盒或检测试纸或检测试剂，其特征在于：所述试剂盒或检测试纸或检测试剂中至少包括用于扩增所述SNP分子标记的特异性引物对。6.根据权利要求5所述的试剂盒或检测试纸或检测试剂，其特征在于：所述引物对包括：上游引物如SEQ ID NO：1所示；下游引物：如SEQ I...

【专利技术属性】
技术研发人员：李志雄，陈立英，吴锦波，林亚秋，熊燕，
申请(专利权)人：阿坝藏族羌族自治州畜牧科学技术研究所，
类型：发明
国别省市：