基于保守基因座的哺乳动物DNA甲基化测量制造技术

虽然甲基化芯片在过去十年中已广泛用于人类研究，但还没有针对非人物种的甲基化芯片，可能是由于缺乏足够的需求和/或因为物种特异性甲基化芯片可能不是跨物种比较的最佳选择。为了应对这项技术中的挑战，我们开发了一种算法，即保守甲基化阵列探针选择器(CMAPS)，其重新利用了用于容忍人类内部变异的简并基础技术来容忍跨物种突变。CMAPS执行贪心搜索(greedy search)，基于多序列比对，使用针对人类基因组中任何CpG的探针来获得最大数量的物种。然后，CMAPS对所有探针进行排序并选择最终集合，以便可以根据外显子、CpG岛和高甲基化对比低甲基化区域的外部注释来制备可以查询大量哺乳动物物种和不同基因组位置的阵列。阵列。阵列。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】基于保守基因座的哺乳动物DNA甲基化测量
[0001]相关申请的交叉引用
[0002]本申请根据35U.S.C.第119(e)条要求共同待决和共同转让的于2019年01月18日提交的，标题为“DNA METHYLATION MEASUREMENT FOR MAMMALS BASED ON CONSERVED LOCI”的美国临时专利申请序列号62/794,364的权益，该申请通过引用并入本文。
[0003]政府利益声明
[0004]本专利技术是在国家科学基金会授予的资助号1254200的政府支持下完成的。政府对本专利技术享有一定的权利。
专利

[0005]本专利技术涉及用于检查哺乳动物基因组DNA甲基化的方法和材料。

技术介绍

[0006]通过将甲基连接到胞嘧啶上的DNA甲基化是研究最广泛的表观遗传修饰之一，因为其在很多生物过程中调节基因表达方面具有重要意义(1,2)。在人类中，DNA甲基化水平可用于准确预测个体的年龄，以及跨组织和细胞类型的年龄(3)。
[0007]获得DNA甲基化水平的两种最广泛使用的技本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种制备DNA甲基化阵列的方法，所述阵列包含与基质偶联的多个多核苷酸，其中所述多个多核苷酸通过包括以下的方法选择：(a)进行多核苷酸序列比对，其包括将人基因组与多个非人哺乳动物基因组进行比较，以鉴定与包含CpG甲基化位点的非人哺乳动物物种基因组内的多核苷酸序列同源的包含CpG甲基化位点的人基因组中的多核苷酸序列；(b)对在(a)中鉴定的在所述人基因组中的所述多核苷酸序列进行排序，其中所述排序标准包括与非人哺乳动物物种基因组中多核苷酸序列的序列同源性；和(c)使用在(b)中的所述排序来选择在所述人基因组中的多个多核苷酸，所述多核苷酸与在非人哺乳动物物种基因组中的多个多核苷酸序列交叉杂交；和(d)将来自步骤(c)的选定序列与基质偶联，以形成DNA甲基化阵列。2.权利要求1所述的方法，其中选择所述多个人基因组多核苷酸序列以与非人哺乳动物物种基因组中的多核苷酸序列具有不超过3个碱基对的错配。3.权利要求2所述的方法，其中所述排序包括与非胎盘哺乳动物物种中，以及在劳亚兽总目(Laurasiatheria)、灵长总目(Euarchontoglires)、贫齿总目(Xenarthra)和非洲兽总目(Afrotheria)超序群中的胎盘哺乳动物物种中基因组多核苷酸序列的同源性比较。4.权利要求3所述的方法，其中所述序列比对将人基因组序列与至少10个非人哺乳动物物种的基因组序列进行比较。5.权利要求1所述的方法，其中所述DNA甲基化阵列包含与所述基质偶联的至少30,000个独特的多核苷酸。6.权利要求5所述的方法，其中所述多个独特的多核苷酸的长度在40
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80个核苷酸之间。7.权利要求1所述的方法，其中所述基质是珠或芯片。8.一种制备DNA甲基化阵列的方法，所述阵列包含与基质偶联的多个多核苷酸，其中所述多个多核苷酸：(a)包含：CpG基序；至少2,000个独特的多核苷酸序列，其与在有袋类(marsupial)哺乳动物物种、单孔目(monotreme)哺乳动物物种、劳亚兽总目哺乳动物物种、灵长总目哺乳动物物种、贫齿总目哺乳动物物种和非洲兽总目哺乳动物物种基因组多核苷酸序列中具有小于3个碱基对错配的的60个核苷酸的区段杂交；和(b)和通过以下选择：(i)进行多核苷酸序列比对，其包括将人基因组与多个非人哺乳动物基因组进行比较，以鉴定与非人哺乳动物物种基因组内的包含CpG甲基化位点的多核苷酸序列同源的包含CpG甲基化位点的人基因组中的多核苷酸序列；(ii)对在(a)中鉴定的在所述人基因组中的所述多核苷酸序列进行排序，其中所述排序标准包括与非人哺乳动物物种基因组中多核苷酸序列的序列同源性程度；和(iii)使用在(ii)中的所述排序来选择具有CpG甲基化位点的多个多核苷酸，所述多核苷酸与在非人哺乳动物物种基因组中具有不超过3个碱基对错配的具有CpG甲基化位点的多个多核苷酸序列交叉杂交；和
(c)将来自步骤(b)的选定序列与基质偶联，以形成DNA甲基化阵列；从而制备所述DNA甲基化阵列。9.由权利要求1
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8中任一项所述的方法制备的DNA甲基化阵列。10.DNA甲基化阵列，其包含与基质偶联的多个多核苷酸序列，其中：所述多核苷酸在其末端包含至少40个核苷酸和CpG基序；所述多核苷酸包含存在于人基因组中的多核苷酸序列；和：所述多个多核苷酸序列中的至少2,000个多核苷酸可以与在有袋类哺乳动物物种基因组多核苷酸序列中具有小于3个碱基对的错配的40个核苷酸区段杂交；所述多个多核苷酸序列中的至少2,000个多核苷酸可以与在单孔目哺乳动物物种基因...

【专利技术属性】
技术研发人员：S霍瓦思，J恩斯特，AC阿内森，B巴恩斯，
申请(专利权)人：亿明达股份有限公司，
类型：发明
国别省市：