一种新型冠状病毒基因组特征相似性度量方法技术

本发明专利技术公开了一种新型冠状病毒基因组特征相似性度量方法，包括：获取待分析的新型冠状病毒基因组和对照的其他动物感染过的冠状病毒基因组；提取各冠状病毒基因组的病毒基因组特征；计算病毒基因组特征出现的频率；遍历寻找新型冠状病毒共同病毒基因组特征，进行数值化处理和归一化处理；对归一化处理后的新型冠状病毒共同病毒基因组特征进行模糊聚类，获得新型冠状病毒聚类中心；计算其它动物感染过的冠状病毒归一化后的数值特征与新型冠状病毒聚类中心的欧式距离，用于量化病毒相似性，根据量化结果预测病毒的同源性和亲缘性关系，用于量化病毒相似性，根据量化结果预测病毒的同源性和亲缘性关系。此方法成本低、速度快、容易得出实验结果。易得出实验结果。易得出实验结果。

【技术实现步骤摘要】
一种新型冠状病毒基因组特征相似性度量方法


[0001]本专利技术涉及病毒基因组领域，尤其涉及一种新型冠状病毒基因组特征相似性度量方法。

技术介绍

[0002]当前传统医学大多使用传统的生物信息学工具，例如BLAST序列比对，来实现基因组相似性度量。但传统比对方式，投入大、速度慢、周期长、难度大，无法实现基因相似性快速准确地度量。尤其在病毒快速传播的情况下，无法快速做出判断，及时有效分析病毒同源性，为治疗提供及时、可靠的依据。

技术实现思路

[0003]本专利技术提供一种新型冠状病毒基因组特征相似性度量方法，以克服传统基因相似性比对方法投入大、速度慢、周期长、难度大的技术问题。
[0004]为了实现上述目的，本专利技术的技术方案是：
[0005]一种新型冠状病毒基因组特征相似性度量方法，其特征在于，包括以下步骤：
[0006]步骤1、获取待分析的新型冠状病毒基因组和对照的其他动物感染过的冠状病毒基因组；
[0007]步骤2、提取新型冠状病毒基因组特征和其它动物感染过的冠状病毒基因组特征；
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【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种新型冠状病毒基因组特征相似性度量方法，其特征在于，包括以下步骤：步骤1、获取待分析的新型冠状病毒基因组和对照的其他动物感染过的冠状病毒基因组；步骤2、提取新型冠状病毒基因组特征和其它动物感染过的冠状病毒基因组特征；步骤3、计算新型冠状病毒基因组特征和其它动物感染过的冠状病毒基因组特征出现的频率，并对新型冠状病毒基因组特征和其它动物感染过的冠状病毒基因组特征进行数值化处理；步骤4、利用数值化处理后的新型冠状病毒基因组特征和其它动物感染过的冠状病毒基因组特征，遍历寻找与新型冠状病毒共同病毒基因组特征，并对数值化处理后的其它动物感染过的冠状病毒基因组特征进行归一化处理得到其它动物感染过的冠状病毒归一化后的数值特征；步骤5、对新型冠状病毒共同病毒基因组特征进行归一化处理，对归一化处理后的新型冠状病毒共同病毒基因组特征进行模糊聚类，获得新型冠状病毒聚类中心；步骤6、计算其它动物感染过的冠状病毒归一化后的数值特征与新型冠状病毒聚类中心的欧式距离，用于量化病毒相似性，根据量化结果预测病毒的同源性和亲缘性关系。2.如权利要求1所述的一种新型冠状病毒基因组特征相似性度量方法，其特征在于，所述步骤5中获取病毒聚类中心的具体为：步骤5.1、初始化新型冠状病毒特征隶属度矩阵u
ij
；步骤5.2、根据新型冠状病毒共同病毒基因组特征x
j
和新型冠状病毒特征隶属度矩阵u
ij
，得到新型冠状病毒特征聚类中心v
i
；步骤5.3、根据新型冠状病毒特征聚类中心v
i
更新新型冠状病毒特征隶属度矩阵ui
j
；步骤5.4、根据更新后的新型冠状病毒特征隶属度矩阵u
ij
和新型冠状病毒特征聚类中心v
i
得出目标函数值，判断目标函数值与预设值的大小，若目标函数...

【专利技术属性】
技术研发人员：山丹，张永锋，丛国涛，李鹤楠，
申请(专利权)人：大连东软信息学院，
类型：发明
国别省市：