针对艰难梭菌的适配体制造技术

提供了包含能够与艰难梭菌(Clostridium difficile)芽孢的表面蛋白特异性结合的适配体的组合物。提供了用于检测、富集、分开和/或分离艰难梭菌芽孢的方法。分离艰难梭菌芽孢的方法。分离艰难梭菌芽孢的方法。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】针对艰难梭菌的适配体
[0001]相关申请
[0002]本申请要求于2019年6月5日提交的美国临时申请序列No.62/857,639以及于2020年2月28日提交的临时申请序列No.62/983,095的权益和优先权，每个申请的全部公开内容通过引用整体并入本文。
[0003]序列表
[0004]本申请包含随同提交的序列表，其包括具有以下大小25,602字节、创建于2020年6月1日的文件193519
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010104_ST25.txt，其内容在此通过引用并入本文。


[0005]本专利技术的一些实施方案涉及与艰难梭菌(Clostridium difficile)芽孢特异性结合的适配体及使用其的方法。例如，本专利技术的一些实施方案涉及使用本文中所述的适配体检测样品中艰难梭菌(C.difficile)细菌例如芽孢的存在、不存在或量的方法。

技术介绍

[0006]艰难梭菌是革兰氏阳性厌氧芽孢形成物，并且是重要的医院内和社区获得性致病性细菌。艰难梭菌感染(C.difficile infection，CDI)是全球感染的主要原因并且发病率和死亡率升高。鉴于抗生素抗性的升高和与艰难梭菌感染相关的潜在死亡率，控制措施至关重要。

技术实现思路

[0007]本公开内容的一些方面涉及对艰难梭菌芽孢的表面蛋白具有特异性结合亲和力的适配体，其中表面蛋白是芽孢衣壳表面蛋白或芽孢外壁层蛋白(exosporium layer protein)。
[0008]在一些实施方案中，表面蛋白是CdeC、CdeM、CotA、CotE或CotE壳多糖酶。在一些实施方案中，表面蛋白是具有如SEQ ID NO 18所示的氨基酸序列的CdeC。在一些实施方案中，表面蛋白是具有如SEQ ID NO：19所示的氨基酸序列的CdeM。在一些实施方案中，表面蛋白是具有如SEQ ID NO：15所示的氨基酸序列的CotA。在一些实施方案中，表面蛋白是具有如SEQ ID NO：16所示的氨基酸序列的CotE。在一些实施方案中，表面蛋白是具有如SEQ ID NO：17所示的氨基酸序列的CotE壳多糖酶蛋白。
[0009]在一些实施方案中，适配体包含与SEQ ID NO：1至14或SEQ ID NO：23至26中任一个具有至少90％同一性的核酸序列。在一些实施方案中，适配体包含这样的核酸序列，其具有与SEQ ID NO：1至14或SEQ ID NO：23至26中任一个具有至少90％同一性的序列的至少约30个连续核苷酸。
[0010]在一些实施方案中，适配体是单链DNA适配体。
[0011]在一些实施方案中，适配体包含可检测标记。在一些实施方案中，可检测标记包含荧光团、纳米粒、量子点、酶、放射性同位素、预定义序列部分、生物素、脱硫生物素、硫醇基、
胺基、叠氮化物、氨基烯丙基、地高辛配基(digoxigenin)、抗体、催化剂、胶体金属颗粒、胶体非金属颗粒、有机聚合物、胶乳颗粒、纳米纤维、纳米管、树枝状聚合物、蛋白质、脂质体、或其组合。
[0012]在一些实施方案中，提供了包含至少一种适配体的组合物。在一些实施方案中，所述组合物包含水、盐、缓冲剂、洗涤剂(detergent)和牛血清白蛋白(bovine serum albumin，BSA)中的至少一种。
[0013]本公开内容的一些方面涉及复合体，其包含：(a)对艰难梭菌芽孢的表面蛋白具有特异性结合亲和力的适配体，其中表面蛋白是芽孢衣壳表面蛋白或芽孢外壁层蛋白；以及(b)可检测分子。在一些实施方案中，表面蛋白是CdeC、CdeM、CotA、CotE或CotE壳多糖酶。
[0014]本公开内容的一些方面涉及生物传感器或测试条，其包含对艰难梭菌芽孢的表面蛋白具有特异性结合亲和力的适配体，其中表面蛋白是芽孢衣壳表面蛋白或芽孢外壁层蛋白。在一些实施方案中，表面蛋白是CdeC、CdeM、CotA、CotE或CotE壳多糖酶。在一些实施方案中，适配体包含与SEQ ID NO：1至14或SEQ ID NO：23至26中任一者所示的核酸序列中的任一个具有至少90％同一性的核酸序列。在一些实施方案中，适配体包含这样的核酸序列，其具有与SEQ ID NO：1至14或SEQ ID NO：23至26中任一个具有至少90％同一性的序列的至少约30个连续核苷酸。
[0015]本公开内容的另一些方面涉及用于检测样品中艰难梭菌芽孢的存在、不存在或水平的装置，该装置包含支持物和对艰难梭菌芽孢的表面蛋白具有特异性结合亲和力的适配体，其中表面蛋白是芽孢衣壳表面蛋白或芽孢外壁层蛋白。在一些实施方案中，表面蛋白是CdeC、CdeM、CotA、CotE或CotE壳多糖酶。在一些实施方案中，适配体包含与SEQ ID NO：1至14或SEQ ID NO：23至26中任一者所示的核酸序列中的任一个具有至少90％同一性的核酸序列。在一些实施方案中，适配体包含这样的核酸序列，其具有与SEQ ID NO：1至14或SEQ ID NO：23至26中任一个具有至少90％同一性的序列的至少约30个连续核苷酸。在一些实施方案中，样品是从怀疑患有或被诊断患有艰难梭菌感染的对象获得的样品或者位于医院环境中的物体。在一些实施方案中，该装置适合于表面等离子体共振(surface plasmon resonance，SPR)、生物层干涉术(biolayer interferometry，BLI)、侧流测定和/或酶联寡核苷酸测定(enzyme
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linked oligonucleotide assay，ELONA)。
[0016]在本公开内容的一些方面中，提供了如本文中所述的适配体、复合体、组合物、生物传感器或测试条、或装置用于检测、富集、分开和/或分离艰难梭菌芽孢的用途。
[0017]在本公开内容的一些方面中，提供了检测样品中艰难梭菌的存在、不存在或量的方法，该方法包括使样品与本文中所述的适配体、复合体、组合物相互作用并检测艰难梭菌的存在、不存在或量。
[0018]本公开内容的一些方面涉及使表面上的艰难梭菌芽孢可视化的方法，其包括：使表面与对艰难梭菌芽孢的表面蛋白具有特异性结合亲和力的适配体接触，其中表面蛋白是芽孢衣壳表面蛋白或芽孢外壁层蛋白；以及使表面上艰难梭菌芽孢的存在或不存在可视化。在一些实施方案中，表面蛋白是CdeC、CdeM、CotA、CotE或CotE壳多糖酶。在一些实施方案中，接触包括使表面接触足以使适配体能够与艰难梭菌芽孢结合的预定时间。
[0019]在一些实施方案中，该方法还包括在接触之后洗涤表面以除去未结合的适配体。
[0020]在一些实施方案中，该方法还包括使与艰难梭菌芽孢结合的适配体可视化，从而
检测艰难梭菌芽孢。
[0021]在一些实施方案中，适配体包含与SEQ ID NO：1至14或SEQ ID NO：23至26中任一者所示的核酸序列中的任一个具有至少90％同一性的核酸序列。在一些实施方案中，适配体包含这样的核本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.对艰难梭菌(Clostridium difficile)芽孢的表面蛋白具有特异性结合亲和力的适配体，其中所述表面蛋白是芽孢衣壳表面蛋白或芽孢外壁层蛋白。2.权利要求1所述的适配体，其中所述表面蛋白是CdeC、CdeM、CotA、CotE或CotE壳多糖酶。3.权利要求2所述的适配体，其中所述表面蛋白是具有SEQ ID NO18所示的氨基酸序列的CdeC。4.权利要求2所述的适配体，其中所述表面蛋白是具有SEQ ID NO：19所示的氨基酸序列的CdeM。5.权利要求2所述的适配体，其中所述表面蛋白是具有SEQ ID NO：15所示的氨基酸序列的CotA。6.权利要求2所述的适配体，其中所述表面蛋白是具有SEQ ID NO：16所示的氨基酸序列的CotE。7.权利要求2所述的适配体，其中所述表面蛋白是具有SEQ ID NO：17所示的氨基酸序列的CotE壳多糖酶蛋白。8.权利要求1所述的适配体，其中所述适配体包含与SEQ ID NO：1至14或SEQ ID NO：23至26中任一个具有至少90％同一性的核酸序列。9.权利要求1所述的适配体，其中所述适配体包含这样的核酸序列，其具有与SEQ ID NO：1至14或SEQ ID NO：23至26中任一个具有至少90％同一性的序列的至少约30个连续核苷酸。10.权利要求1所述的适配体，其中所述适配体是单链DNA适配体。11.权利要求1所述的适配体，其中所述适配体包含可检测标记。12.权利要求11所述的适配体，其中所述可检测标记包含荧光团、纳米粒、量子点、酶、放射性同位素、预定义序列部分、生物素、脱硫生物素、硫醇基、胺基、叠氮化物、氨基烯丙基、地高辛配基、抗体、催化剂、胶体金属颗粒、胶体非金属颗粒、有机聚合物、胶乳颗粒、纳米纤维、纳米管、树枝状聚合物、蛋白质、脂质体、或其组合。13.复合体，其包含：(a)对艰难梭菌芽孢的表面蛋白具有特异性结合亲和力的适配体，其中所述表面蛋白是芽孢衣壳表面蛋白或芽孢外壁层蛋白；以及(b)可检测分子。14.权利要求13所述的复合体，其中所述表面蛋白是CdeC、CdeM、CotA、CotE或CotE壳多糖酶。15.包含至少一种权利要求1至14中任一项所述的适配体的组合物，其中所述组合物任选地包含水、盐、缓冲剂、洗涤剂和牛血清白蛋白(BSA)中的至少一种。16.生物传感器或测试条，其包含对艰难梭菌芽孢的表面蛋白具有特异性结合亲和力的适配体，其中所述表面蛋白是芽孢衣壳表面蛋白或芽孢外壁层蛋白。17.权利要求16所述的生物传感器，其中所述表面蛋白是CdeC、CdeM、CotA、CotE或CotE壳多糖酶。18.权利要求17所述的生物传感器，其中所述适配体包含与SEQ ID NO：1至14或SEQ ID NO：23至26中任一者所示的核酸序列中的任一个具有至少90％同一性的核酸序列。19.权利要求17所述的生物传感器，其中所述适配体包含这样的核酸序列，其具有与SEQ ID NO：1至14或SEQ ID NO：23至26中任一个具有至少90％同一性的序列的至少约30个
连续核苷酸。20.用于检测样品中艰难梭菌芽孢的存在、不存在或水平的装置，所述装置包含：支持物；和对艰难梭菌芽孢的表面蛋白具有特异性结合亲和力的适配体，其中所述表面蛋白是芽孢衣壳表面蛋白或芽孢外壁层蛋白。21.权利要求20所述的装置，其中所述表面蛋白是CdeC、CdeM、CotA、CotE或CotE壳多糖酶。22.权利要求20所述的装置，其中所述适配体包含与SEQ ID NO：1至14或SEQ ID NO：23至26中任一者所示的核酸序列中的任一个具有至少90％同一性的核酸序列。23.权利要求20所述的装置，其中所述适配体包含这样的核酸序列，其具有与SEQ ID NO：1至14或SEQ ID NO：23至26中任一个具有至少90％同一性的序列的至少约30个连续核苷酸。24.权利要求20至23中任一项所述的装置，其中所述样品是：从怀疑患有或被诊断患有艰难梭菌感染的对象获得的样品；或者位...

【专利技术属性】
技术研发人员：罗纳德，
申请(专利权)人：利夫加工有限公司，
类型：发明
国别省市：