与苦瓜果皮形态关联的分子标记及其应用制造技术

本申请公开了与苦瓜果皮形态关联的分子标记及应用。其中，果皮形态包括连续脊和无连续脊两种类型；该分子标记位于苦瓜第4号染色体21927644bp位置处，其多态性表现为碱基A是否缺失，所述分子标记所在的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，所述分子标记于如SEQ ID NO.1所示中的167bp处。本申请可以在苗期或种子时期对苦瓜果实果皮形态进行预测，可以鉴定出目标性状遗传位点的纯合或杂合状况，从而可对后代果皮形态表型(连续脊或非连续脊)进行较准确的预测。的预测。的预测。

【技术实现步骤摘要】
与苦瓜果皮形态关联的分子标记及其应用


[0001]本申请涉及苦瓜果皮形态预测
，尤其涉及与苦瓜果皮形态关联的分子标记及其应用。

技术介绍

[0002]苦瓜果实的表面结构影响其储运性能，也决定其外观，其若具有光滑的果皮表面不仅不易碰伤，使其耐于存储，还有利于清洁以及减少农药残留。因此，开展针对性的苦瓜果实外观性状育种十分重要。苦瓜果皮形态相关基因的定位及开发的分子标记可以为育种者提供快速、准确的筛选方法，减少与育种筛选有关的土地、人力及经济成本，促进苦瓜育种进程。
[0003]目前对苦瓜育种材料的苦瓜果实性状的评价是肉眼观察法，需要在合适的生长季节栽培，并等到植株长到结果期、苦瓜果实膨大之后才能进行观察。为了筛选得到具有目标性状的个体，需要种下大量的群体，占用较大面积的土地，种植成本和管理成本较高。另外该方法只是对材料当代表型的鉴定，无法鉴定出目标性状位点杂合的材料，从而无法预测无连续脊(显性性状)材料后代该性状的分离情况，需要继续种植下一代才能得到稳定的表型。现有技术的缺点：受栽培季节限制；需要占用较大的种植土地，筛选成本高。

技术实现思路

[0004]有鉴于此，本申请的目的在于能够早期对苦瓜果皮形态进行预测，以便在苦瓜种子时期或苗期即可筛选得到具有连续脊或非连续脊果皮的苦瓜，以实现早期筛选的目的，实现快速筛选，节省筛选成本。
[0005]第一方面，本申请实施例公开了一种与苦瓜果皮形态关联的分子标记，其中，所述果皮形态包括连续脊和无连续脊两种类型；所述分子标记位于苦瓜第4号染色体21927644bp位置处，其多态性表现为碱基A是否缺失，所述分子标记于如SEQ ID NO.1所示中的167bp处。
[0006]第二方面，本申请实施例公开了用于特异性检测第一方面所述分子标记的引物对，包括如SEQ ID NO.2～3所示的核苷酸序列。
[0007]第三方面，本申请实施例公开了用于检测或预测苦瓜果皮形态的试剂盒，包括第二方面所述引物对的试剂盒。
[0008]第四方面，本申请实施例公开了一种预测苦瓜果皮形态的方法，所述果皮形态包括连续脊和无连续脊两种类型，所述方法包括：
[0009]提取苦瓜种子或苗期材料的基因组DNA；
[0010]PCR扩增所述基因组DNA，获得扩增产物；
[0011]电泳检测所述DNA片段，收集其中目标序列的片段，所述目标序列的长度为2350bp左右；以及
[0012]测序获得所述目标序列的核苷酸序列，并与参考序列比对，根据比对结果预测苦
瓜果皮形态；
[0013]其中，所述参考序列的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，所述PCR扩增所用的引物对包括如SEQ ID NO.2～3所示的核苷酸序列；所述比对结果包括所述目标序列与所述参考序列由5
’
端起始的第167个碱基的信息差别。
[0014]在本申请实施例中，所述目标序列的基因型包括正常型和缺失型，所述正常型对应的苦瓜果皮表型为无连续脊类型，所述缺失型对应的苦瓜果皮表型为具有连续脊的类型。
[0015]在本申请实施例中，所述正常型的核苷酸序列与所述参考序列相同；所述缺失型相对于所述参考序列自5'端起始的第167位点的碱基A缺失。
[0016]在本申请实施例中，PCR的反应体系为：总体积为20μL，10μL PCR mix，0.5μL上游引物，0.5μL下游引物，8μL ddH2O，1μLDNA；PCR反应程序设置如下：95℃预变性4min；94℃反应25s，54℃反应25s，72℃反应2分钟，共循环36次；72℃延伸5min；最后4℃保存10min。
[0017]第五方面，本申请实施例公开了第一方面所述的分子标记、或第二方面所述的引物对或第三方面所述的试剂盒在苦瓜果皮形态鉴定中的应用。
[0018]第六方面，本申请实施例公开了第一方面所述的分子标记、或第二方面所述的引物对或第三方面所述的试剂盒在苦瓜分子标记辅助育种中的应用。
[0019]第七方面，本申请实施例公开了第一方面所述的分子标记、或第二方面所述的引物对或第三方面所述的试剂盒在苦瓜种质资源改良中的应用。
[0020]与现有技术相比，本申请至少具有以下有益效果：
[0021]利用本申请公开的分子标记可在苗期或种子时期对苦瓜果实果皮形态(连续脊或非连续脊)进行预测，可以鉴定出目标性状遗传位点的纯合或杂合状况，从而可对后代表型进行较准确的预测，使得其在苦瓜果皮形态鉴定、育种以及种质资源改良中具有重要的应用前景。
附图说明
[0022]图1为本申请实施例提供的F2遗传群体的构建示意图。
[0023]图2为本申请实施例提供的苦瓜果皮连续脊性状的基因标记定位结果。
[0024]图3为本申请实施例提供的定位亲本材
‘
Y
‑
132
‑3‑1’
和
‘
Z
‑1‑4’
在苦瓜染色体MC04的21927644bp位置处存在单碱基A插入/缺失突变展示图。
[0025]图4为本申请实施例提供的18自交系和13份市售苦瓜的果实表皮脊形态图。
[0026]图5为本申请实施例提供的从苦瓜种子中提取的DNA样品扩增电泳结果图，M泳道为Marker，其他泳道均为样品。
[0027]图6为本申请实施例的18自交系具有不同表皮脊形态的苦瓜材料和11份具有不同表皮脊形态的市售苦瓜材料的PCR扩增产物与参考序列的比对结果图，其中Ref代表参考序列，其他均为样品序列。
[0028]图7为本申请实施例的2份苦瓜(A8和A13)在目标位点呈双峰的测序峰图。
具体实施方式
[0029]为了使本申请的目的、技术方案及优点更加清楚明白，以下结合实施例对本申请
进行进一步详细说明。应当理解，此处所描述的具体实施例仅仅用以解释本申请，并不用于限定本申请。
[0030]分子标记的定位
[0031]1、构建F2遗传分离群体
[0032]如图1所示，以苦瓜自交系
‘
Y
‑
132
‑3‑1’
和
‘
Z
‑1‑4’
(参见“杨静，苦瓜耐低温机制研究[D]华中农业大学博士论文，2008年”)为亲本杂交获得F1代，利用F1植株自交构建F2遗传分离群体，其中
‘
Y
‑
132
‑3‑1’
的果皮为连续脊，
‘
Z
‑1‑4’
的果皮为非连续脊，对F1和F2世代的果实的果皮脊进行观察，发现F1的果皮为非连续脊，F2群体中果皮脊性状表现为非连续脊的株数目与连续脊的数目的比例符合3:1分离比例，说明苦瓜果皮连续脊性状为单个隐性基因控制。
[0033]2、初步定位
[0034]利用F2群体，采用BSA法构建连续脊和非连续脊两个混池，利用DNA重测本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种与苦瓜果皮形态关联的分子标记，其中，所述果皮形态包括连续脊和无连续脊两种类型；所述分子标记位于苦瓜第4号染色体21927644bp位置处，其多态性表现为碱基A是否缺失，所述分子标记于如SEQ ID NO.1所示中的167bp处。2.用于特异性检测如权利要求1所述分子标记的引物对，包括如SEQ ID NO.2～3所示的核苷酸序列。3.用于检测或预测苦瓜果皮形态的试剂盒，包括如权利要求2所述引物对，以及用所述引物对进行PCR扩增的相关试剂。4.一种预测苦瓜果皮形态的方法，所述果皮形态包括连续脊和无连续脊两种类型，所述方法包括：提取苦瓜种子或苗期材料的基因组DNA；PCR扩增所述基因组DNA，获得扩增产物；电泳检测所述扩增产物，收集其中目标序列的片段，所述目标序列的长度为2350bp左右；以及测序获得所述目标序列的核苷酸序列，并与参考序列比对，根据比对结果预测苦瓜果皮形态；其中，所述参考序列的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，所述PCR扩增所用的引物对包括如SEQ ID NO.2～3所示的核苷酸序列；所述比对结果包括所述目标序列与所述参考序列由5
’
端起始的第167个碱基的信息差别...

【专利技术属性】
技术研发人员：杨静，汪李平，李慧红，王伟孪，孔秋生，
申请(专利权)人：华中农业大学，
类型：发明
国别省市：