与丝瓜果皮颜色相关的SNP分子标记及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种与丝瓜果皮颜色相关的SNP分子标记，所述SNP分子标记位于丝瓜第13号染色体第3016574bp碱基，该处碱基为T或C。本发明专利技术的SNP分子标记具有通用性和准确性，根据SNP分子标记和KASP引物，可以直接用于丝瓜果皮颜色和相对应的基因型的鉴定，从而在苗期就可以实现从基因型上快速、准确的判断丝瓜果皮颜色性状，提高了工作效率，为丝瓜分子育种提供有效的技术支持，具有重要的应用价值。具有重要的应用价值。具有重要的应用价值。

【技术实现步骤摘要】
与丝瓜果皮颜色相关的SNP分子标记及其应用


[0001]本专利技术属于分子生物学及作物育种
，更具体地说，本专利技术涉及一种与丝瓜果皮颜色相关的SNP分子标记、检测丝瓜果皮颜色的引物、试剂盒以及SNP分子标记、引物和试剂盒在丝瓜分子育种中的应用。

技术介绍

[0002]丝瓜是一种重要的药食兼用的多功能蔬菜。丝瓜果皮富含维生素、氨基酸、微量元素和抗氧化物质，具有清热消暑、止血消炎的功效。近年来，随着人们对营养健康的重视，丝瓜的播种面积逐年增大，特别对于华南地区而言，丝瓜已成为广东、广西、海南、及港澳地区重要的日常消费蔬菜。
[0003]丝瓜的果皮颜色是其重要的农艺性状，皮色对其市场销售有着直接影响。由于不同消费地区对丝瓜皮色的要求不尽相同，因而需要以当地的消费习惯为育种目标进行新品种选育。目前丝瓜果皮颜色的选育，只能等丝瓜果实长出来之后才知道果皮颜色，劳动成本、人工成本高，费时费力。
[0004]竞争性等位基因特异PCR(KASP)技术是针对等位基因SNP位点设计的两端引物，利用实时荧光PCR技术，对底物进行扩增，相应的荧光探针可以与对应引物结合位点相结合，根据检测出的荧光颜色确定扩增产物的基因型，是一种无需电泳新型快速简便方法。
[0005]因此，开发与果皮颜色紧密连锁的SNP分子标记，对丝瓜分子育种具有重要的意义。

技术实现思路

[0006]基于此，本专利技术的目的之一是提供一种与丝瓜果皮颜色相关的SNP分子标记，所述SNP分子标记能够用来预测、鉴定和筛选丝瓜果皮颜色性状。
[0007]实现上述专利技术目的的具体技术方案包括如下：
[0008]一种与丝瓜果皮颜色相关的SNP分子标记，所述SNP分子标记位于丝瓜第13号染色体第3016574bp碱基，该处碱基为T或C。
[0009]在其中一些实施例中，所述SNP分子标记的TT基因型对应的丝瓜果皮为白色，所述SNP分子标记的TC或CC基因型对应的丝瓜果皮为绿色。
[0010]本专利技术的另一目的是提供一种检测丝瓜果皮颜色的引物，所述引物可以扩增上述SNP分子标记。
[0011]实现上述专利技术目的的具体技术方案包括如下：
[0012]一种检测丝瓜果皮颜色的引物，所述引物包括：序列如SEQ ID No:1所示的正向引物、以及序列如SEQ ID No:2和SEQ ID No:3所示的反向引物。
[0013]在其中一些实施例中，所述反向引物的5'端连接有荧光分子FAM或HEX。
[0014]在其中一些实施例中，所述序列如SEQ ID No:2所示的反向引物的5'端连接有荧光分子FAM，所述序列如SEQ ID No:3所示的反向引物的5'端连接有荧光分子HEX。
[0015]本专利技术还提供了一种用于丝瓜果皮颜色早期筛选的试剂盒，所述试剂盒包括上述检测丝瓜果皮颜色的引物。
[0016]本专利技术还提供了上述SNP分子标记、引物和试剂盒在丝瓜果皮颜色早期筛选中的应用。
[0017]本专利技术还提供了上述SNP分子标记、引物和试剂盒在丝瓜分子标记辅助育种中的应用。
[0018]本专利技术还提供了一种丝瓜果皮颜色早期筛选的方法，所述方法包括以下步骤：以待测丝瓜样品的DNA为模板，进行PCR扩增，检测位于丝瓜第13号染色体第3016574bp碱基为T或C。
[0019]在其中一些实施例中，所述PCR扩增的引物包括：序列如SEQ ID No:1所示的正向引物、以及序列如SEQ ID No:2和SEQ ID No:3所示的反向引物。
[0020]在其中一些实施例中，所述PCR扩增为Touchdown PCR，所述Touchdown PCR扩增程序为：94℃ 15min；94℃ 20s，65℃
‑
57℃ 60s，10个循环，每个循环退火延伸温度降0.88℃；94℃ 20s，57℃ 60s，30个循环。
[0021]与现有技术相比，本专利技术具有以下有益效果：
[0022]本专利技术利用结合分子标记BSA
‑
Seq的方法，定位到一个控制丝瓜果皮颜色的SNP分子标记，并继而开发了扩增该SNP分子标记的KASP引物。本专利技术的SNP分子标记具有通用性和准确性，根据SNP分子标记和KASP引物，可以直接用于丝瓜果皮颜色和相对应的基因型的鉴定，从而在苗期就可以实现从基因型上快速、准确的判断丝瓜果皮颜色性状，提高了工作效率，为丝瓜分子育种提供有效的技术支持，具有重要的应用价值。
附图说明
[0023]图1为本专利技术实施例1中亲本材料的果皮图。
[0024]图2为本专利技术实施例1中丝瓜果皮颜色基因定位图。
[0025]图3为本专利技术实施例2中利用SNP分子标记对F2群体270株单株检测的基因分型图；其中，绿色为白色果皮样本，蓝色为绿色果皮样本，红色为绿色果皮样本，灰色为空白对照。
具体实施方式
[0026]为了便于理解本专利技术，下面将对本专利技术进行更全面的描述。本专利技术可以以许多不同的形式来实现，并不限于本文所描述的实施例。相反地，提供这些实施例的目的是使对本专利技术公开内容的理解更加透彻全面。
[0027]除非另有定义，本专利技术所使用的所有的技术和科学术语与属于本专利技术的
的技术人员通常理解的含义相同。本专利技术的说明书中所使用的术语只是为了描述具体的实施例的目的，不用于限制本专利技术。本专利技术所使用的术语“和/或”包括一个或多个相关的所列项目的任意的和所有的组合。
[0028]在本专利技术中的其中一个方面，采用结合分子标记BSA
‑
Seq方法进行SNP变异位点查找，发现与丝瓜果皮颜色相关的SNP位点位于13号染色体上，3016574bp位置，该处的碱基为T或C，可作为控制丝瓜果皮颜色的SNP分子标记。
[0029]在本专利技术的另一方面，根据查找到的与丝瓜果皮颜色相关的SNP分子标记，进一步
设计了检测SNP变异位点的KASP引物。
[0030]若未特别指明，实施例均按照常规实验条件，如Sambrook等分子克隆实验手册(Sambrook J&Russell DW,MolecularCloning:a Laboratory Manual,2001)，或按照制造厂商说明书建议的条件。本专利技术所用原料及试剂均有市售，且任何生物种质材料均可对外作为科研研究加以提供。
[0031]以下结合具体实施例和附图对本专利技术作进一步详细的说明。
[0032]实施例1丝瓜果皮基因SNP分子标记定位及KASP引物开发
[0033]本实施例查找到与丝瓜果皮相关基因的SNP位点，并设计针对该SNP位点的KASP引物。具体包括以下步骤：
[0034]1、试验材料
[0035]以广东省农业科学院蔬菜研究所选育保存的16份白色果皮丝瓜WR703和16份绿色果皮丝瓜WR704(如图1所示)，杂交获得F1，F1自交获得270株F2分离群体。
[0036]2、丝瓜果皮基因初步定位<本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种与丝瓜果皮颜色相关的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记位于丝瓜第13号染色体第3016574bp碱基，该处碱基为T或C。2.根据权利要求1所述的与丝瓜果皮颜色相关的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记的TT基因型对应的丝瓜果皮颜色为白色，所述SNP分子标记的TC或CC基因型对应的丝瓜果皮颜色为绿色。3.一种检测丝瓜果皮颜色的引物，其特征在于，所述引物包括：序列如SEQ ID No:1所示的正向引物、以及序列如SEQ ID No:2和SEQ ID No:3所示的反向引物。4.根据权利要求3所述的检测丝瓜果皮颜色的引物，其特征在于，所述反向引物的5'端连接有荧光分子FAM或HEX。5.根据权利要求4所述的检测丝瓜果皮颜色的引物，其特征在于，所述序列如SEQ ID No:2所示的反向引物的5'端连接有荧光分子FAM，所述序列如SEQ ID No:3所示的反向引物的5'端连接有荧光分子HEX。6.一种用于丝瓜果皮颜色早期筛...

【专利技术属性】
技术研发人员：赵钢军，吴海滨，罗剑宁，李俊星，龚浩，郑晓明，刘小茜，
申请(专利权)人：广东省农业科学院蔬菜研究所，
类型：发明
国别省市：