一种HBV对肝细胞癌癌症患者临床结果的检测系统及方法技术方案

本发明专利技术涉及一种HBV对肝细胞癌癌症患者临床结果的检测方法。基于在确诊肝癌类型的生理代谢途径上的已知的功能注释节点定性/定量地评价或/和比较由转录组测序得到的，并通过功能富集聚类后排除多个与确诊肝癌类型生物功能无关或冗余的基因而得到的第一次筛选后的第一组差异基因子集合。第一次筛选中用于作为排除基因或基因子集合的比对对向的凭证为第一凭证。第一凭证能够存在于第一基因文库中，其特点为对目标疾病的产生无贡献度或与疾病表型产生中涉及的生理途径呈弱相关。表型产生中涉及的生理途径呈弱相关。表型产生中涉及的生理途径呈弱相关。

【技术实现步骤摘要】
一种HBV对肝细胞癌癌症患者临床结果的检测系统及方法


[0001]本专利技术涉及医疗
，尤其涉及一种HBV对肝细胞癌癌症患者临床结果的检测方法及系统。

技术介绍

[0002]肝癌已成为全球第四大癌症相关死亡原因，其中肝细胞癌(Hepatocellular carcinoma，HCC)约占原发性肝脏恶性肿瘤的85％
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90％，其最主要的病因是乙型肝炎病毒(HBV)和丙型肝炎病毒(HCV)的慢性感染，以及酗酒和代谢综合征。
[0003]尽管直接抗病毒治疗在治愈慢丙肝方面取得了成功，但目前的抗病毒治疗只能减少而不能消除HBV。据估计，全球有2.92亿人感染HBV，而在中国，HBV相关HCC约占总HCC病例的85％。
[0004]基于HBV对肝癌患病和预后的影响，HBV在分子水平上的变化会通过HBV间接对肝癌的产生和治愈具有一定影响。公开号为CN1162547C的中国专利涉及一种靶向肝癌的乙肝病毒反义RNA表达载体及其构建方法与用途。该专利技术是以EB病毒表达质粒pEBAF为载体，由AFP启动子控制的、仅特异性表达于AFP阳性的肝癌组织表达载体，构建的三种HBV反义RNA表达载体pEBAF
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as
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preS2、pEBAF
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as
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preS1、pEBAF
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as
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X分别含有HBV preS2、preS1和X区段基因。该专利技术构建反义RNA表达载体，用于乙肝病毒相关肝细胞肝癌及慢性乙肝病毒感染的治疗。同样的，公开号为CN107496912B的中国专利公开了一种乙肝病毒(HBV)抗原肽联合肝癌细胞抗原信息的抗原提呈信号群及其应用，信号群由HBV核心抗原18～27肽段、HBV前S2抗原44～53肽段和人肝癌细胞株HepG2裂解液组成，HBV核心抗原18～27肽段、HBV前S2抗原44～53肽段和人肝癌细胞株HepG2裂解液三者的质量比为0.5～1：0.5～1：1～2，该专利技术在蛋白质水平上进行精确位点的与HBV相关的肝癌疾病的治疗。
[0005]进一步地，关于与HBV相关的肝癌的预后的复发检测，公开号为CN108565024B的中国专利提供了一种确定单发的HBV相关原发性小肝癌术后1年内复发风险的系统。该系统包括输入装置、计算装置和输出装置，所述计算装置包括存储器和处理器，所述存储器中存储有计算机程序，所述处理器被配置为执行所述存储器中存储的计算机程序，以实现判别函数的算法。该判别函数通过饮酒史、谷氨酰转肽酶(GGT)、血清总蛋白含量(TP)和甲胎蛋白(AFP)返回了待测患者的HBV相关原发性小肝癌术后1年内复发风险。通过多种生理指标，为患者提供预后复发的警示。然而，该检测系统仅通过表型变化进行复发风险判断，此类结果错误判断的风险很高，一旦判断复发高风险会为患者带来极大地心理压力。
[0006]目前，对于患者的疾病检测，除了表型的直接判断，还能够通过检测患者在基因水平的变化进行预测或判断。基于现有技术中对于HBV影响肝癌的多网络多位点的发现，其应用前景广泛，适用于病前疾病检测，患病时靶向治疗及患病后复发风险的预测。
[0007]基于HBV在分子水平上对肝细胞癌癌症患者的临床结果的影响，设计一种针对HBV对肝癌疾病影响的个性化检测方法，其涉及基因表达检测及相关分析系统，从而得到与患者疾病最相关的基因位点、蛋白质分子或其他分子水平的信息。
[0008]此外，一方面由于对本领域技术人员的理解存在差异；另一方面由于申请人做出本专利技术时研究了大量文献和专利，但篇幅所限并未详细罗列所有的细节与内容，然而这绝非本专利技术不具备这些现有技术的特征，相反本专利技术已经具备现有技术的所有特征，而且申请人保留在
技术介绍
中增加相关现有技术之权利。

技术实现思路

[0009]针对现有技术之不足，本专利技术提供了一种HBV对肝细胞癌癌症患者临床结果的检测方法。基于在确诊肝癌类型的生理代谢途径上的已知的功能注释节点定性/定量地评价或/和比较由转录组测序得到的，并通过功能富集聚类后排除多个与确诊肝癌类型生物功能无关或冗余的基因而得到的第一次筛选后的第一组差异基因子集合。第一次筛选中用于作为排除基因或基因子集合的比对对象的凭证为第一凭证。第一凭证能够存在于第一基因文库中，其特点为对目标疾病的产生无贡献度或与疾病表型产生中涉及的生理途径呈弱相关。
[0010]本技术方案的优点：在现有技术中，患者在进行基因检测面临两种情况，一种是无目的大批量进行序列检测，该种方法浪费人力物力和财力，并进行了大量与疾病无关的基因序列检测；另一种是由于财力或其他原因，选择一些常见的与其疾病相关的基因进行测序，但该测序方式使其需要进行的靶向治疗或其他需要检测突变位点的治疗失去个体针对性。此处以靶向治疗为例，靶向治疗的最突出优点即为针对个体的发病基因进行个性化治疗，达到精准打击突变基因，从而打击由基因突变导致的生物紊乱途径，进而治愈或抑制疾病的发作或加重。然而，对于目前的技术，在仅检测常见的与疾病相关的基因序列无法保证患者的所有针对疾病的有效突变位点位于其上，从而导致治疗的效果变差甚至无效。因此，本专利技术采用转录组测序寻找差异表达基因，尤其是在恶性肿瘤的组织部位发生差异表达的基因，减少患者在进行基因检测时冗余或与疾病无关的基因序列的检测。
[0011]根据公式1得到第一组差异基因子集合中的各个单一性差异基因子集合在其生物学功能上生理途径的第一相关性指征，根据公式2得到第一组差异基因子集合涉及的与确诊肝癌类型相关的代谢通路的第二相关性指征，第一相关性指征和第二相关性指征以权重比的方式共同评价和/或比较第一组差异基因子集合在第二次筛选时的优先级。
[0012]本技术方案的优点：在第一次筛选后，能够保证第一组差异基因子集合中的基因与疾病或疾病表型具有相关性，但数据量依然很大。在不筛减基因数量的情况下，向患者或医护人员呈递基因子集合的顺序变得很重要，而选择检测的数量也能够以此顺序作为依据。基因子集合的排序优先级能够通过两种指征的评价而得到。第一相关性指征评价基因或独立的基因子集合对其所在的功能或生理网络的重合度。基因表达水平异常的节点越多，其所在的功能或生理网络的变化幅度越大，影响疾病的可能性越大。同样的，第二相关性指征评价上述的单独的功能或生理网络对疾病表型的贡献度。例如，Mark信号通路虽然对肝癌的有一定影响，但由于Mark信号通路参与身体中各个组织间的协调，在身体出现异常时必然会发生变化，因此其对疾病或疾病表型的贡献度较低。通过生理网络节点、节点构成的网络和网络共同作用影响生理而产生疾病这三个层面，形成两个影响层次，共同评价差异基因子集合对疾病的贡献度，从而得到差异基因子集合的序列排布优先级，为患者提供在基因测序时有效信息和依据的选项。
[0013]根据一种实施方式，基因对生理网络的影响及生理网络对确诊肝癌类型的影响根据病症程度进行权重分配，构成影响第一组差异基因子集合中各个独立的差异基因子集合排序的凭证，其中，差异基因子集本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种HBV对肝细胞癌癌症患者临床结果的检测系统，其特征在于，包含样品检测模块、数据处理模块和数据呈递模块，其中，所述样品检测模块，能够通过对组织样品在转录组水平进行检测获得该组织样品的转录组测序结果；所述数据处理模块，包含处理器和内存组件，其用于接收数据的接收和处理，数据处理步骤包含：(1)第一级筛选：基于在确诊肝癌类型的生理代谢途径上的功能注释节点定性/定量地评价或/和比较转录组测序得到的由功能富集聚类后排除与多个与确诊肝癌类型无关的冗余的差异基因子集合而得到的第一次筛选后的差异基因子集合；(2)第二级筛选：根据公式1得到的单一的差异基因子集合在其生物学功能上代谢途径的相关性指征和根据公式2得到的所述代谢通路与确诊肝癌类型的相关性指征以权重比的方式共同评价和/或比较第一次筛选后得到的差异基因子集合的第二次筛选的优先级；所述数据呈递模块，响应于由所述数据处理模块处理的输入数据而将处理后的数据在显示端口呈递给操作者。2.根据权利要求1所述的系统，其特征在于，基因对生理网络的影响及生理网络对确诊肝癌类型的影响根据病症程度进行权重分配，构成影响第一组差异基因子集合中各个独立的差异基因子集合排序的凭证，其中，所述差异基因子集合中的内容包含氨基酸序列、脱氧核糖核苷酸序列、核糖核苷酸序列及依赖上述序列形成表观影响的序列组合。3.根据权利要求1或2所述的系统，其特征在于，所述第一相关性指征以通路路径的节点的重合度的衡量方式表述单个或多个处于同一生理网络的基因与其作用形成的生理网络之间的紧密程度。4.根据权利要求1～3任一项所述的系统，其特征在于，所述第二相关性指征以函数形式表述独立的基因子集合代表的生理(代谢、信号、生化反应)途径对疾病产生的贡献度。5.根据权利要求1～4任一项所述的系统，其特征在于，所述差异基因...

【专利技术属性】
技术研发人员：林根琼，
申请(专利权)人：林根琼，
类型：发明
国别省市：