与辣椒青果紫色条纹的紧密相关的SNP、特异CAPS引物及应用制造技术

本发明专利技术属于辣椒分子育种技术领域，公开了与辣椒青果紫色条纹的紧密相关的SNP、特异CAPS引物及应用。本发明专利技术所述的SNP位点的位置在辣椒P10染色体的第184,011,859位，碱基为T时，则辣椒青果具有紫色条纹，碱基为G时，则辣椒青果不具有紫色条纹特征。本发明专利技术还提供了检测辣椒青果紫色条纹的特异CAPS引物CAPS690

【技术实现步骤摘要】
与辣椒青果紫色条纹的紧密相关的SNP、特异CAPS引物及应用


[0001]本专利技术涉及辣椒分子育种
，具体涉及与辣椒青果紫色条纹的紧密相关的SNP、特异CAPS引物及应用。

技术介绍

[0002]色泽是辣椒果实最重要的品质性状之一，对其感官品质和营养品质都有不可替代的贡献。辣椒果实色泽从青熟期到老熟期变化多样，其中紫色的辣椒果实中含有丰富的花青素对人体健康有益。此外，花青素是一种重要的抗氧化性物质，在辣椒抗病、抗逆及果实耐贮性等方面也具有重要的作用。
[0003]辣椒中已经鉴定出两个调控未成熟辣椒果实紫色积累的基因，分别为CaAn2和Ca3gt。CaAn2基因编码一个R2R3
‑
MYB转录因子，在紫色辣椒与绿色辣椒中该基因的编码区没有差异，紫色辣椒能够积累花青素的原因是CaAn2基因启动子区中插入了4.3kb的非长末端重复序列反转录转座子而激活CaAn2基因的表达，而使辣椒能够积累花青素。根据CaAn2基因启动子区的差异，获得了与CaAn2基因完全共分离的基因标记A_SCAR(F：5
’
CACT CCGACTTGTCTTTACGG 3
’
，P1R：5
’
TAACTTGAGCCGGGGGTCT 3
’
，P2R：5
’
CACG GAAGGAGGCTAGTCAA 3
’
)，可以准确鉴定CaAn2基因型紫色辣椒种质。Ca3gt基因编码一个花青素转运的基因，该基因位于辣椒Chr10染色体CaAn2基因的下游，并获得了一个紧密连锁标记CAPS
‑
78
‑
708(F：5
’
CATGCCACAAGAAGTTGTAGCACAT 3
’
，R：5
’
ACTTTCATCAGAATTAACATCTGAAATAA 3
’
)，该基因型辣椒的表型特征为仅在未成熟果实上积累花青素而呈现紫色。
[0004]本专利技术涉及的辣椒青果紫色条纹性状，自辣椒幼果时期的果实上开始呈现不均匀分布紫色纵向条纹，类似茄子中的“竹丝茄”，且紫条纹着色不显著受光的诱导。在茄科蔬菜中，除“竹丝茄”的果实果皮呈现紫色条纹外，番茄和辣椒中果实呈现紫色条纹并不常见。因此，应用该紫色条纹性状的辣椒材料开展辣椒品质育种具有重要意义，同时也为丰富辣椒花青素合成与调控机制理论，为辣椒紫色性状研究提供新案例。

技术实现思路

[0005]本专利技术的目的在于提供检测与辣椒青果紫色条纹的紧密相关的SNP位点的试剂在辣椒青果紫色条纹育种中的应用。
[0006]为了达到上述目的，本专利技术采取以下技术措施：
[0007]本专利技术通过对青果紫色条纹材料
‘
竹丝辣椒Chen12
’
(购自湖北蔬谷农业科技有限公司)和青果非紫色条纹辣椒
‘
16ZX101
‑
M
‑
1线椒
’
(李宁,宫丽媛,高升华,尹延旭,余楚英,王飞,陈财,吴君,焦春海,姚明华.辣椒种质的抗性基因分子标记检测[J].中国蔬菜,2020(08):19
‑
32)构建F2分离群体，利用BSA
‑
seq结合群体作图方法，精细定位并鉴定调控辣椒青果紫色条纹的候选基因，并根据候选基因在紫色条纹和非紫色条纹双亲间的差异，将青果紫色条纹性状相关基因的候选区段定位在辣椒P10号染色体(辣椒CM334参考基因组，V1.55，ftp://ftp.solgenomics.net/genomes/Capsicum_annuum/C.annuum_cvCM334/)
物理位置184,002,197至184,365,711区间；根据参考基因组CM334的基因注释信息，在定位区间内确定控制辣椒紫色条纹特征的候选基因。最终筛选出辣椒紫色条纹性状相关的SNP位点，所述的SNP位点在辣椒P10染色体(辣椒CM334参考基因组，V1.55，ftp://ftp.solgenomics.net/genomes/Capsicum_annuum/C.annuum_cvCM334/)的第184,011,859位，碱基为T时，则辣椒青果具有紫色条纹，碱基为G时，则辣椒青果不具有紫色条纹特征。
[0008]本专利技术的保护内容包括：检测与辣椒青果紫色条纹的紧密相关的SNP位点的试剂在辣椒青果紫色条纹育种中的应用；所述的SNP位点在辣椒P10染色体的第184,011,859位，辣椒CM334参考基因组，V1.55，ftp://ftp.solgenomics.net/genomes/Capsicum_annuum/C.annuum_cvCM334/。
[0009]以上所述的应用中，优选的，所述的试剂为引物；
[0010]以上所述的应用中，优选的，申请人针对上述SNP位点设计CAPS标记CAPS690
‑
01的引物，F:5
’‑
TGGATTCGTCGAACTCACTCAA
‑3’
；R:5
’‑
ACGCAGTGAAGGGTATGGTC
‑3’
。利用该引物进行PCR扩增，再对PCR产物用TaqI进行酶切，1％琼脂糖凝胶电泳检测酶切产物：
[0011]若酶切产物约为200bp片段，则待测辣椒材料青果具有紫色条纹；
[0012]若酶切产物约为200bp和392bp片段，则待测辣椒材料青果具有紫色条纹；
[0013]若酶切产物仅含有392bp片段，则待测辣椒材料青果不具有紫色条纹。
[0014]与现有技术相比，本专利技术的有益效果为：
[0015]本专利技术开发的分子标记可为辣椒果实色泽品质辅助选择育种提供有效的技术手段，此标记的开发使得在苗期就可以进行辣椒果实紫色条纹性状的选择，准确性高，为100％，显著提高育种效率并降低育种成本。
附图说明
[0016]图1实施例1双亲本表型特征；
[0017]其中：a为紫色条纹亲本
‘
竹丝辣椒Chen12
’
的植株，b为紫色条纹亲本
‘
竹丝辣椒Chen12
’
的花和果实，c为非紫色条纹亲本
‘
16ZX101
‑
M
‑
1线椒
’
的植株，d为非紫色条纹亲本
‘
16ZX101
‑
M
‑
1线椒
’
的花和果实)；
[0018]图2利用BSA
‑
seq初步定位CaPS基因。
[0019]图3候选区间的精细定位。
[0020]图4基因标记CAPS690
‑
01在双亲本间的酶切检测。
[0021]图5基因标记SCAR690
‑
01对F2群体本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.检测与辣椒青果紫色条纹的紧密相关的SNP位点的试剂在辣椒青果紫色条纹育种中的应用；所述的SNP位点在辣椒P10染色体的第184,011,859位，辣椒CM334 参考基因组，V1.55，ftp://ftp.solgenomics.net/genomes/Capsicum_annuum/C.annuum_cv...

【专利技术属性】
技术研发人员：李宁，王飞，尹延旭，高升华，姚明华，徐凯，刘亚博，
申请(专利权)人：湖北省农业科学院经济作物研究所，
类型：发明
国别省市：