【技术实现步骤摘要】
相对结合自由能贡献的确定方法、装置及存储介质
[0001]本申请涉及计算模拟
，尤其涉及一种相对结合自由能贡献的确定方法、装置及存储介质。
技术介绍
[0002]随着计算机技术和基础学科理论的快速发展，分子模拟的计算效率和精度都获得极大提高，使得分子模拟在多学科领域得到广泛应用。其中，相对结合自由能计算可用于预测两个小分子和蛋白质之间的相对结合能力，因此广泛应用于药物分子设计领域。相关技术中的分子模拟软件只是给出最后的总的相对结合自由能，这对药物设计的参考价值比较有限。
技术实现思路
[0003]为解决或部分解决相关技术中存在的问题，本申请提供一种相对结合自由能贡献的确定方法、装置及存储介质。通过并行处理单元处理各个帧，并基于被测单元与目标分子之间的能量项的导数，可以快速得到单个被测单元对相对结合自由能的贡献。
[0004]本申请的第一个方面提供了一种相对结合自由能贡献的确定方法，该相对结合自由能贡献的确定方法包括：基于多个耦合变量λ将模拟的分子变化过程分割为多个状态窗口，其中，耦合变量λ∈[0...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.一种相对结合自由能贡献的确定方法，其特征在于，所述方法包括：基于多个耦合变量λ将模拟的分子变化过程分割为多个状态窗口，其中，所述耦合变量λ∈[0,1]，每个所述状态窗口包括M个帧，M为正整数；通过并行处理单元处理所述帧，以确定每个所述帧的状态能量的导数；确定所述状态窗口中各个状态能量的导数的平均值，作为所述状态窗口的窗口能量的导数，所述窗口能量的导数包括被测单元与目标分子之间的能量项的导数；以及对每个所述窗口能量中所述被测单元与目标分子之间的能量项的导数进行积分，确定所述被测单元对相对结合自由能的贡献值，其中，所述相对结合自由能是两个所述目标分子与受体分子结合的相对结合自由能，所述被测单元为所述受体分子的一部分。2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述通过并行处理单元处理所述帧，以确定每个所述帧的状态能量的导数，包括：对于每个所述帧，确定所述帧的多个原子的原子坐标；基于所述原子坐标，确定所述帧的状态能量的导数。3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，所述基于所述原子坐标，确定所述帧的状态能量的导数，包括：基于所述原子坐标，确定窗口能量；基于所述窗口能量，对每个窗口进行动力学模拟，得到各所述帧的状态能量；并行处理各所述帧，确定所述状态能量的导数。4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述状态能量包括范德华作用和库仑作用，所述通过并行处理单元处理所述帧，以确定每个所述帧的状态能量包括：通过统一的分子力场非键参数和所述帧的坐标参数，确定范德华作用和库仑作用。5.根据权利要求1
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4任一项所述的方法，其特征在于，所述帧的数量M的取值范围为400≤M≤600。6.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述状态窗口的数量的取值范围为[10,15]。7.根据权利要求1
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4或6中任一项所述的方法，其特征在于，所述并行处理单元为图形处理器的计算单元。8.根据权利要求7所述的方法，其特征在于，所述计算单元运...
【专利技术属性】
技术研发人员：方栋，
申请(专利权)人：深圳晶泰科技有限公司，
类型：发明
国别省市：
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