一种mRNA5制造技术

本发明专利技术公开了一种mRNA 5

【技术实现步骤摘要】
一种mRNA 5
’3’
末端差异的快速检测方法


[0001]本专利技术属于RNA测序
，涉及一种mRNA5
’3’
末端差异的快速检测方法。

技术介绍

[0002]RNA测序及转录组分析是对生命过程分子机理阐述的有力工具与方法，通过对表达调控网络的系统剖析，为下游医学、农业等生命科学产业提供了基础且丰富的研发数据。mRNA是转录组研究的重要对象，其有无、多少直接反映了基因组活跃区域的表达情况，配合样本间的比较分析，可直观建立基因表达与生命体表型的对应关系，有助于从生命根本的核酸分子层面来研究生命的基础过程。
[0003]mRNA测序工作主要集中在定量的差异分析，而在定量之前有两条路径获得用来定量的mRNA片段(read或fragment)数，其一是通过已有的基因组注释文件，与已知序列进行比对而获得数据库已有的序列表达量来进行差异分析；其二是在已知mRNA片段序列基础上，结合实际测序序列(read)，做从头组装。组装结果不仅可以做表达量差异分析，而且可以找到对应实验中潜在的不同转录本(isoform本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种mRNA 5
’3’
末端差异的快速检测方法，其特征在于，包括以下步骤：步骤1，利用HISAT2将对照组与实验组测得的read比对到GRCh38参考序列上，通过序列注释信息，选取基因间区的片段进行后续分析；步骤2，利用read间的重叠序列，将read逐一组装在一起，形成基因的5
’
或3
’
延长序列；步骤3，根据基因的mRNA5
’
或3
’
延长序列，形成同种型转录本，比较实验组与对照组，如果满足实验组的长度长于对照组的长度200nt以上且FPKM
实验组
/FPKM
对照组
的比值大于等于2的条件，说明实验组与对照组末端差异显著，则提取实验组相对于对照组特有的转录...

【专利技术属性】
技术研发人员：孙海汐，高峰，顾颖，沈玥，
申请(专利权)人：深圳华大生命科学研究院，
类型：发明
国别省市：