一种立克次氏体的MNP标记位点、引物组合物、试剂盒及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种立克次氏体的MNP标记位点、引物组合物、试剂盒及其应用，所述MNP标记位点是指在立克次氏体基因组上筛选的区分于其他物种且在物种内部具有多个核苷酸多态性的基因组区域，包括MNP

【技术实现步骤摘要】
一种立克次氏体的MNP标记位点、引物组合物、试剂盒及其应用


[0001]本专利技术实施例涉及生物
，特别涉及一种立克次氏体的MNP标记位点、引物组合物、试剂盒及其应用。

技术介绍

[0002]立克次氏体在分类学上是一个属(Rickettsia)，介于细菌与病毒之间，而接近于细菌的一类严格细胞内寄生的原核生物，是流行性斑疹伤寒、地方性斑疹伤寒、落矶山斑疹伤寒、立克次氏痘、恙虫病、斑点热和战壕热等疾病的病原体。由立克次氏体属引起的疾病统称立克次氏体属病，是一种人畜共患的自然疫源性疾病。立克次氏体属病存在于世界各地，在历史上曾经严重威胁人类健康，造成灾难，目前在热带和亚热带一些国家，尤其是第三世界国家发病率仍然较高，是造成死亡的主要原因。因此，快速、准确的立克次氏体属的检测对于疾病早期诊断及控制具有重要意义。立克次氏体属包括多个种，但已有的立克次氏体属分类系统基于专利技术者等方式划分，包括有普氏立克次氏体(Rickettsia prowazekii)、莫氏立克次氏体(Rickettsia mooseri)和康氏立克次氏体(Rickettsia Conorii)等，随着分子生物学技术的发展，急需更为科学的基于遗传物质的分类系统。
[0003]已有的立克次氏体属检测和分型方法，包括分离培养、PCR技术、全基因组和宏基因组测序等，在时长、操作复杂度、检测通量、检测变异的准确性和灵敏度、成本等方面存在一个或多个局限。融合超多重PCR扩增和高通量测序的靶向分子标记检测技术，可以在低微生物含量的样本中靶向的富集目标微生物，避免了全基因组和宏基因组测序带来的大量数据浪费和背景噪音，具有样本需要量少、诊断结果精确，节约数据量、检测低频变异、分型精准的优势。现有的靶向检测技术检测的分子标记主要包括SNP和SSR标记。SSR标记是公认的多态性最高的标记，但在微生物中数量少；SNP标记数量巨大，分布密集，是二态性标记，单个SNP标记的多态性不足以捕获微生物种群中潜在的等位基因多样性。
[0004]因此，开发立克次氏体的高多态性的新型分子标记及其检测技术，成为亟待解决的技术问题。

技术实现思路

[0005]本专利技术目的是提供一种立克次氏体的MNP标记位点、引物组合物、试剂盒及其应用，可以对立克次氏体进行定性的鉴定和变异检测，具有多靶标、高通量、高灵敏和精细分型的效果。
[0006]为了实现上述目的，本专利技术采用如下技术方案：
[0007]在本专利技术的第一方面，提供了一种立克次氏体的MNP标记位点，所述MNP标记位点是指在立克次氏体基因组上筛选的区分于其他物种且在属内部物种间具有多个核苷酸多态性的基因组区域，包括立克次氏体参考序列上MNP
‑
1～MNP
‑
15的标记位点。
[0008]上述技术方案中，MNP
‑
1～MNP
‑
15的标记位点具体如说明书表1所示，表1中标注的
所述MNP标记的起始和终止位置是基于表1中MNP同一行对应的参考序列确定的。
[0009]在本专利技术的第二方面，提供了一种用于检测所述MNP标记位点的多重PCR引物组合物，所述多重PCR引物组合物包括15对引物，具体的引物序列如SEQ ID NO.1
‑
SEQ ID NO.30所示。
[0010]上述技术方案中，每个MNP标记位点的引物包括上引物和下引物，具体如说明书表1所示。
[0011]在本专利技术的第三方面，提供了一种用于检测所述立克次氏体MNP标记位点的检测试剂盒，所述试剂盒包括所述的引物组合物。
[0012]进一步地，所述试剂盒还包括多重PCR预混液。
[0013]在本专利技术的第四方面，提供了所述的立克次氏体的MNP标记位点或者所述的多重PCR引物组合物或者所述的检测试剂盒在非诊断目的的立克次氏体的鉴定中的应用。
[0014]在本专利技术的第五方面，提供了所述的立克次氏体的MNP标记位点或者所述的多重PCR引物组合物或者所述的检测试剂盒在检测立克次氏体菌株内部和菌株间遗传变异中的应用。
[0015]在本专利技术的第六方面，提供了所述的立克次氏体的MNP标记位点或者所述的多重PCR引物组合物或者所述的检测试剂盒在构建立克次氏体数据库中的应用。
[0016]在本专利技术的第七方面，提供了所述的立克次氏体的MNP标记位点或者所述的多重PCR引物组合物或者所述的检测试剂盒在立克次氏体精细分型检测中的应用。
[0017]以上所述的应用中，具体操作步骤为：
[0018]首先是获取待测样本的细菌总DNA；利用本专利技术的试剂盒对所述总DNA和空白对照进行第一轮多重PCR扩增，循环数不高于25个；
[0019]对扩增产物进行纯化后，进行基于第二轮PCR扩增的样本标签和二代测序接头添加；对第二轮扩增产物纯化后定量；
[0020]检测多个菌株时通过将第二轮扩增产物等量混合后进行高通量测序；
[0021]测序结果比对到所述的立克次氏体的参考序列上，获取在所述总DNA的检测序列数目和基因型数据。根据在所述总DNA和所述空白对照获得的立克次氏体测序序列数量和检出MNP位点的数目，对所述总DNA的测序数据进行数据质量控制和数据分析，获得检出MNP位点数目、覆盖每个所述MNP位点的测序序列数目和所述MNP位点基因型数据。
[0022]当用于立克次氏体鉴定时，根据在待测样品和空白对照中检出的立克次氏体的测序序列数量和检出MNP位点的数目，进行质控后判定待测样品中是否含有立克次氏体的核酸。其中，所述的质控方案和判定方法是以拷贝数已知的立克次氏体的DNA为检测样本，评估所述试剂盒检测立克次氏体的灵敏度、准确性和特异性，制定所述试剂盒检测立克次氏体时的质控方案和判定方法。
[0023]当用于立克次氏体遗传变异检测时，包括菌株间和菌株内部的遗传变异检测。菌株间的遗传变异检测包括利用所述的试剂盒和方法，获得待比较菌株各自在15个MNP位点的基因型数据。通过基因型比对，分析待比较菌株在所述15个MNP位点上的主基因型是否存在差异。若待比较菌株在至少一个MNP位点的主基因型存在变异，则判定两者存在遗传变异。作为一种备选方案，也可以通过单重PCR对待比较菌株的15个位点分别进行扩增，然后对扩增产物进行Sanger测序，获得序列后，对待比较菌株每个MNP位点的基因型进行比对。
如果存在主基因型不一致的MNP位点，则待比较菌株之间存在变异。当检测菌株内部的遗传变异时，则通过统计模型判定在待测菌株所述的MNP位点是否检出主基因型以外的次基因型。若待测菌株在至少一个MNP位点存在次基因型，则判定待测菌株内部存在遗传变异。
[0024]当用于构建立克次氏体DNA指纹数据库时，将从样本中鉴定的立克次氏体的所述MNP位点的基因型数据，录入数据库文件，构成立克次氏体的DNA指纹数据库；每次鉴定不同的样本时，通过和所述立克次氏体的DNA指纹数据库比对，鉴定样本中的立克次氏体是否和数据库中的菌株在所述MNP位点存在本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种立克次氏体的MNP标记位点，其特征在于，所述MNP标记位点为在立克次氏体基因组上筛选的区分于其他物种且在物种内部具有多个核苷酸多态性的基因组区域，包括以AJ235269为参考基因组的MNP
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1～MNP
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15的标记位点。2.一种用于检测权利要求1所述立克次氏体MNP标记位点的多重PCR引物组合物，其特征在于，所述多重PCR引物组合物包括15对引物，所述15对引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.30所示。3.一种用于检测权利要求1所述立克次氏体MNP标记位点的检测试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括权利要求2所述的引物组合物。4.根据权利要求3所述的检测试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包括多重PCR预混液。5.一种权利要求1所...

【专利技术属性】
技术研发人员：肖华锋，彭海，周俊飞，方治伟，高利芬，李论，陈利红，李甜甜，
申请(专利权)人：江汉大学，
类型：发明
国别省市：