组合的焦亡相关基因在食管腺癌预后模型中的应用制造技术

本发明专利技术提供了一种组合的焦亡相关基因在食管腺癌预后模型中的应用，组合的焦亡相关基因为CASP1、GSDMB、IL1B、PYCARD和ZBP1；其中食管腺癌预后模型的建立方法包括步骤一、数据的收集整理，步骤二、筛选差异表达的焦亡相关基因，步骤三、差异表达的焦亡相关基因的再分析，步骤四、建立风险指数评估模型，步骤五、构建列线图。本发明专利技术的预后模型具有准确性高的优点，在临床上可以为食管腺癌患者提供疾病诊断及预后的新方法。预后的新方法。

【技术实现步骤摘要】
组合的焦亡相关基因在食管腺癌预后模型中的应用


[0001]本专利技术属于肿瘤分子生物学
，具体涉及一种组合的焦亡相关基因在食管腺癌预后模型中的应用。

技术介绍

[0002]食管癌是全球最常见的恶性肿瘤之一，全球每年约有60万新发病例和54万死亡病例；食管腺癌(EAC)和食管鳞状细胞癌(ESCC)构成了食管癌的主要组织学亚型，其中西方国家的EAC发病率在过去几十年急剧增加；尽管在手术、放疗、化疗和靶向药物治疗方面取得了进展，但食管癌的5年生存率仍低于20％。因此，迫切需要生物标志物和有效模型来预测EAC的预后。
[0003]细胞焦亡是一种伴随着炎症反应的细胞程序性死亡方式，依赖于半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶(caspase)家族的炎性蛋白酶活性。细胞焦亡的特点是细胞质膜迅速破裂，随后释放促炎细胞内内容物。近年来，关于细胞焦亡在神经、感染、自身免疫、心血管和肿瘤等疾病中的作用的研究不断涌现。
[0004]然而，尽管已有研究表明细胞焦亡在ESCC中的作用及重要性，细胞焦亡在EAC中的作用仍有待探索，并且目前缺乏方便、准确、高效的EAC本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.组合的焦亡相关基因在食管腺癌预后模型中的应用，其特征在于，所述组合的焦亡相关基因为CASP1、GSDMB、IL1B、PYCARD和ZBP1。2.如权利要求1所述的组合的焦亡相关基因在食管腺癌预后模型中的应用，其特征在于，食管腺癌预后模型的建立方法包括以下步骤：步骤一、数据的收集整理癌症基因组图谱(TCGA)数据库中获取食管腺癌患者的临床数据和正常组织转录组数据；步骤二、筛选差异表达的焦亡相关基因对已知的多个细胞焦亡相关基因使用Limma算法进行差异表达分析，筛选出相较于正常组织显著表达的基因组合；步骤三、差异表达的焦亡相关基因的再分析针对筛选出的基因组合采用R语言的glmnet包进行LASSO回归法分析，剔除冗杂基因，得到差异基因组合；步骤四、建立风险指数评估模型使用LASSO Cox回归法基于步骤三中所得到的差异基因组合建立焦亡相关基因预后风险指数评估模型，评估模型计算方法为：风险指数评分＝回归系数
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基因表达水平；其中，采用glmnet函数计算出差异基因组合中每个基因所对应的回归系数；步骤五、构建列线图基于基因特征和临床特征，使用rms、foreign、survival包构建列线图，评估患者的生存率以及评估模型的效能。3.如权利要求2所述的组合的焦亡相关基因在食管腺癌预后模型中的应用，其特征在于，步骤二中所筛选出的相较于正常组织显著表达的基因组合为CASP1，CASP5，GSDMB，...

【专利技术属性】
技术研发人员：陈浩，沙卫红，曾瑞杰，卓泽伟，吴慧欢，蒋磊，
申请(专利权)人：广东省人民医院，
类型：发明
国别省市：