一种展示高通量测序数据结果的交互式可视化报告系统技术方案

本发明专利技术提供一种展示高通量测序数据结果的交互式可视化报告系统，包括报告生成与连接模块、插件模块、报告模板编辑模块和管理模块；所述报告生成与连接模块用于连接Markdown报告模板、多组学数据、插件和其他文件，并将报告模板转换成在线HTML报告；所述插件模块用于实现插件的动态加载和编译；所述报告模板编辑模块用于报告模板的在线撰写和调试；所述管理模块用于报告模板撰写过程以及生成过程的可溯源操作以及管理。与现有技术相比，该系统可以实时计算、生成动态图，且具有强大的交互操作能力、高度可定制化和社区共享。高度可定制化和社区共享。高度可定制化和社区共享。

【技术实现步骤摘要】
一种展示高通量测序数据结果的交互式可视化报告系统


[0001]本专利技术涉及计算机
，尤其是涉及一种展示高通量测序数据结果的交互式可视化报告系统。

技术介绍

[0002]随着高通量检测技术的进步，通过对DNA、RNA、蛋白质、代谢物等多种物质的检测，可以深入了解机体的遗传背景、基因转录、蛋白表达及代谢的情况，所产生的基因组(Genomics)、转录组(Transcriptomics)、蛋白组(Proteomics)和代谢组(Metabolomics)等数据，统称为多组学数据(Multi
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Omics Data)。多组学数据的临床应用，为病因探索提供了思路与方法，也为疾病预防、诊断与治疗指引了方向，并成为了精准医学中重要的组成部分。通过对多组学数据进行分析，并产生相应的分析报告是用户提炼知识的直接入口，它决定着用户最终接受的结果信息的准确性与一致性。
[0003]然而，在传统的静态报告中，静态图表通常一经计算生成则较难修改，若有增加新的指标组合的需求，则需要重新生成图表与整理静态报告，报告与图表管理、溯源与复用难度大。此外，静态图表多为选择性展示，报告结果与图表分离，不可交互，难以直接洞察真实数据。这不仅违背了精准医学的“精准”理念，也会对精准医学的发展和应用造成严重影响。

技术实现思路

[0004]本专利技术的目的就是为了克服上述现有技术存在的缺陷而提供一种展示高通量测序数据结果的交互式可视化报告系统，该系统可以实时计算、生成动态图，且具有强大的交互操作能力、高度可定制化和社区共享模式。
[0005]本专利技术的目的可以通过以下技术方案来实现：
[0006]一种展示高通量测序数据结果的交互式可视化报告系统，包括：
[0007]报告生成与连接模块，连接Markdown报告模板、多组学数据和插件，并将报告模板转换成在线HTML报告；
[0008]报告模板编辑模块，对报告模板进行在线撰写和调试；
[0009]插件模块，实现插件的动态加载和编译，并为报告模板编辑模块提供对应插件；
[0010]管理模块，对报告模板撰写过程以及生成过程的可溯源操作进行管理。
[0011]进一步地，所述报告生成与连接模块包括：
[0012]插件语法单元，用于生成自定义插件语法；
[0013]Markdown解释器，通过识别所述自定义插件语法，调用相应插件，传入相关参数与数据，将插件运行后生成的JavaScript代码以script标签的形式嵌入至Markdown模板中；并根据自定义的解析规则，将所述相关参数与数据进行转换并完成Markdown的渲染和报告的生成。
[0014]进一步地，所述自定义的解析规则包括词法解析规则、语法解析规则和代码生成/执行规则。所述自定义的解析规则的解析执行包括以下步骤：
[0015]1)词法解析：根据构词规则识别字符串为单词序列；
[0016]2)语法解析：将所述单词序列组合成短语；
[0017]3)代码生成/执行：根据所述短语查找相应插件，传入解析得到的参数列表，初始化插件类并处理参数列表，缓存所有数据文件至指定工作目录并替换文件路径，调用插件实例中的run方法生成可视化图表相关的JavaScript代码，将其以script标签插入Markdown文件指定位置。
[0018]进一步地，所述自定义插件语法为遵循通用语言中函数调用的惯用语法，所述自定义插件语法包括插件和参数列表，所述插件设有特殊字符，该特殊字符与插件名组成标识符。
[0019]进一步地，所述插件模块包括：
[0020]插件动态加载单元，识别当前环境中符合要求的插件，并注册至插件列表中，供后续生成报告时调用；
[0021]所述交互式插件库，存放插件各类插件。进一步地，所述交互式插件库存有包括表格类插件、透视图与透视表类插件以及交互式可视化图插件。进一步地，所述交互式可视化图插件采用自定义参数控制面板与实时计算的方式动态生成用以展示报告结果的动态图表。
[0022]进一步地，所述报告模板编辑模块包括：
[0023]Web服务单元，提供用户注册通道数据下载、报告文件实时修改与渲染以及报告文件交互展示等功能；
[0024]Markdown编辑器，通过Web服务单元执行Markdown文本的在线编辑、调试与预览；
[0025]文件监控单元，通过监控指定目录下报告文件的变化判断文件是否被修改。
[0026]进一步地，所述管理模块包括：
[0027]报告模板样本生成工具，为使用者提供相应的报告模板生成命令，生成符合最佳实践规范的报告模样样本以及相应的说明文档；
[0028]报告模板版本控制，实现报告模板的版本控制；
[0029]插件与插件库管理单元，对交互式插件库及插件进行管理，所述插件还包括社区研发的各种类型可视化插件，以及一键安装在线插件仓库中指定版本的可视化插件。
[0030]与现有技术相比，本专利技术具有以下优点：
[0031]1)高度可定制化。本专利技术通过插件语法单元生成自定义插件语法，利用Markdown解释器灵活调用相应插件，并将插件运行后生成的JavaScript代码以script标签的形式嵌入至Markdown模板中，相比于静态图表能够实现有效交互，且实现高效率的可定制生成报告功能。
[0032]2)实时计算、生成动态图。本专利技术通过加载交互式可视化图插件，采用自定义参数控制面板与实时计算的方式动态生成动态图表，可实现实时、动态且多维度展示并探索报告结果。
[0033]3)具有强大的交互操作能力。本专利技术通过设置交互式插件库，插件类型多样，提供了丰富可视化图表，有利于全面展示多组学数据的分析结果。
[0034]4)社区共享。本专利技术通过插件动态加载单元自动识别当前环境中符合Entry Point要求的插件，并且动态加载插件添加到报告系统中，实现报告的分享和复用。
附图说明
[0035]图1为本实施例一种展展示高通量测序数据结果的交互式可视化报告系统的结构示意图；
[0036]图2为插件调用语法与可视化图表；
[0037]图3为传统的结果展示模式；
[0038]图4本实施例一种展示高通量测试数据结果的交互式可视化报告系统的展示模式。
具体实施方式
[0039]下面结合附图和具体实施例对本专利技术进行详细说明。本实施例以本专利技术技术方案为前提进行实施，给出了详细的实施方式和具体的操作过程，但本专利技术的保护范围不限于下述实施例。
[0040]参考图1所示，本实施例提供一种展示高通量测序数据结果的交互式可视化报告系统，包括：报告模板生成与连接模块M1、插件模块M2、报告模板编辑模块M3和管理模块M4。
[0041]报告模板生成与连接模块M1：用于连接Markdown报告模板、多组学数据、插件和其他与待生成报告所需的文件，并将报告模板转换成在线HTML报告；
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【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种展示高通量测序数据结果的交互式可视化报告系统，其特征在于，包括：报告生成与连接模块，连接Markdown报告模板、多组学数据和插件，并将报告模板转换成在线HTML报告；报告模板编辑模块，对报告模板进行在线撰写和调试；插件模块，实现插件的动态加载和编译，并为报告模板编辑模块提供对应插件；管理模块，对报告模板撰写过程以及生成过程的可溯源操作进行管理。2.根据权利要求1所述的一种展示高通量测序数据结果的交互式可视化报告系统，其特征在于，所述报告生成与连接模块包括：插件语法单元，用于生成自定义插件语法；Markdown解释器，通过识别所述自定义插件语法，调用相应插件，传入相关参数与数据，将插件运行后生成的JavaScript代码以script标签的形式嵌入至Markdown模板中；并根据自定义的解析规则，将所述相关参数与数据进行转换并完成Markdown的渲染和报告的生成。3.根据权利要求2所述的一种展示高通量测序数据结果的交互式可视化报告系统，其特征在于，所述自定义的解析规则包括词法解析规则、语法解析规则和代码生成/执行规则。4.根据权利要求3所述的一种展示高通量测序数据结果的交互式可视化报告系统，其特征在于，所述自定义的解析规则的解析执行包括以下步骤：1)词法解析：根据构词规则识别字符串为单词序列；2)语法解析：将所述单词序列组合成短语；3)代码生成/执行：根据所述短语查找相应插件，传入解析得到的参数列表，初始化插件类并处理参数列表，缓存所有数据文件至指定工作目录并替换文件路径，调用插件实例中的run方法生成可视化图表相关的JavaScript代码，将其以script标签插入Markdown文件指定位置。5.根据权利要求2所述的一种展示高通量测序数据结果的交互式可视化报告系统，其特征在...

【专利技术属性】
技术研发人员：冉子涵，杨竞成，黄业超，宋越强，陈文杰，
申请(专利权)人：上海健康医学院，
类型：发明
国别省市：