【技术实现步骤摘要】
一种基于后缀数组与单调栈的基因组组装预处理方法
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[0001]本专利技术涉及生物信息学领域，尤其涉及一种基于后缀数组与单调栈的基因组组装预处理方法。
技术介绍
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[0002]基因组组装预处理是基因组组装的一部分，基因组组装是将对基因进行测序产生的基因测序数据进行拼接组装，以还原出原始的基因序列为最终目标。任何基因测序数据都需要进行基因组组装，因此不可避免的要进行基因组组装预处理。基因组组装预处理作为基因组组装的基础步骤，一直是生物信息学的热门研究方向。
[0003]基因组组装中常用的两种算法分别为OLC算法与DBG算法，其中OLC算法的第一部分是获取测序数据的overlap信息也就是基因组组装预处理，这是OLC算法的核心步骤之一。获取测序数据的overlap信息是指计算给定的测序数据之间的重叠，根据重叠信息求取每个序列最有可能的前驱或后继，这也是很多生物信息学应用的初步步骤。通过求取基因测序数据中的overlap信息以获得测序数据之间具体的组装顺序，利用这些信息以测序数据为点以overlap信息为边建立相应的边权图，...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.一种基于后缀数组与单调栈的基因组组装预处理方法，其特征在于，包括如下步骤：步骤1：对获取到的基因测序数据进行处理，按照数据格式将数据分组并读取有效信息；步骤2：将读取到的信息进行处理，构建相应的辅助信息，包括后缀数组与单调栈等高级数据结构；步骤3：通过遍历所获得的后缀数组并维护单调栈来获取所需信息，将信息整理后输出。2.根据权利要求1所述的基于后缀数组与单调栈的基因组组装预处理方法，其特征在于，所述步骤1包括如下步骤：步骤1.1：在NCBI的官方网站获取需要进行基因组组装的基因测序数据；步骤1.2：对输入的基因测序数据集中的数据进行处理，每四行数据为一组，一次读入一组数据；将其第二行保留，其余数据视为无用数据进...
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