一种与Ⅲ型烟草蔗糖酯基因qBMVSE471紧密连锁的共显性SSR分子标记及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种与Ⅲ型烟草蔗糖酯基因qBMVSE471紧密连锁的共显性SSR分子标记及其应用；与Ⅲ型烟草蔗糖酯基因qBMVSE471紧密连锁的共显性SSR分子标记的编号为TMc42726和TMt09661，其PCR扩增产物核苷酸序列分别由SEQ ID No.1和SEQ ID No.2、SEQ ID No.3和SEQ ID No.4所示。与Ⅲ型烟草蔗糖酯基因qBMVSE471紧密连锁的共显性SSR分子标记在检测烟草基因组DNA中是否存在Ⅲ型烟草蔗糖酯基因qBMVSE471中的应用。本发明专利技术提供的与Ⅲ型烟草蔗糖酯基因qBMVSE471紧密连锁的共显性SSR分子标记具有精准、高效、稳定、便捷和低成本的特点，因此该分子标记可以作为烟草高香气品质育种中Ⅲ型蔗糖酯基因qBMVSE471分子标记辅助选择的应用。用。

【技术实现步骤摘要】
controlling two leafsurface chemistry traits.Journal ofAgricultural and Food Chemistry,2010,58:294
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300.)。国内的烟草育种工作者利用上述5个SSR标记对不同遗传背景的烟草材料及192份重组自交系群体进行BMVSE筛选验证，结果表明仅2个标记(PT20135和PT30354)可使用，但标记的基因型与BMVSE表型的一致率约92.165％(陈彪，陈铭，李洋洋，屈亚芳，程立锐，杨爱国，胡日生，刘旦，罗成刚，向世鹏，冯全福，常爱霞，烟草糖酯SSR分子标记筛选及辅助育种应用.中国烟草科学,2019,40(3):8
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15.)。造成上述试验验证结果出现远未达到分子标记辅助选择(MAS)精准要求的主要原因为：文献的作者错误的将原本分别属于BMVSE471(III型)、BMVSE485(IV型)和BMVSE499(V型)三个不同独立基因视作一个基因(命名为BMVSE)进行遗传定位研究，故此，获得的定位结果是不准确的。本项目组的研究表明，III～V型BMVSE属于典型的数量性状，且受Beinhart1000
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1基因组内不同染色体或同一染色体上不同位置的QTLs控制，这些基因/QTLs被暂时命名为qBMVSE471、qBMVSE485和qBMVSE499。进一步将文献报道的5个与BMVSE紧密连锁SSR标记信息与Beinhart1000
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1基因组比对可知，即使与BMVSE呈共分离的PT30329和PT20315标记间仍存在约15Mb的物理距离，也即，文献针对III～V型烟草蔗糖酯作为一个基因(BMVSE)进行定位的结果是不准确的，该定位结果极有可能只是三种类型BMVSE中的一种。故此，在后续的实验验证中出现了5个紧密连锁标记仅有2个可用且无法精准实现标记基因型与BMVSE表型一致的情况。上述错误或不足，严重地制约了利用与III～V型BMVSE基因紧密连锁标记开展高香气烟草新品种的选育进程。
[0004]鉴于上述情况，有必要研究一种与Ⅲ型烟草蔗糖酯基因qBMVSE471紧密连锁的共显性SSR分子标记及其应用以解决上述技术问题。

技术实现思路

[0005]本专利技术的第一个目的在于提供一种与Ⅲ型烟草蔗糖酯基因qBMVSE471紧密连锁的共显性SSR分子标记，本专利技术的第二个目的在于提供与Ⅲ型烟草蔗糖酯基因qBMVSE471紧密连锁的共显性SSR分子标记的应用。旨在利用与III型qBMVSE471基因紧密连锁标记加速选育高香气品质烤烟新品种进程。
[0006]为了实现上述目的，本专利技术采用如下技术方案：
[0007]本专利技术的第一个目的是这样实现的，一种与Ⅲ型烟草蔗糖酯基因qBMVSE471紧密连锁的共显性SSR分子标记，所述与Ⅲ型烟草蔗糖酯基因qBMVSE471紧密连锁的共显性SSR分子标记的编号为TMc42726和TMt09661，其PCR扩增产物核苷酸序列分别由SEQ ID No.1和SEQ ID No.2、SEQ ID No.3和SEQ ID No.4所示。
[0008]优选地，所述TMc42726和TMt09661对应的引物序列分别为：
[0009]TMc42726引物序列为：
[0010]TMc42726F：5
’‑
CACTTCTCGCCTTGATAGCC
‑3’
，
[0011]TMc42726R：5
’‑
CAATAGCGCGACACGATAAA
‑3’
；
[0012]TMt09661引物序列为：
[0013]TMt09661F：5
’‑
GACCCTCGATTCAGAGAAGG
‑3’
，
[0014]TMt09661R：5
’‑
GTTCGGGCATGTTTAGAGGA
‑3’
。
[0015]本专利技术的第二个目的是这样实现的，与Ⅲ型烟草蔗糖酯基因qBMVSE471紧密连锁
的共显性SSR分子标记的应用，所述与Ⅲ型烟草蔗糖酯基因qBMVSE471紧密连锁的共显性SSR分子标记在检测烟草基因组DNA中是否存在Ⅲ型烟草蔗糖酯基因qBMVSE471中的应用。
[0016]优选地，以所述TMc42726序列的引物TMc42726F、TMc42726R和TMt09661序列的引物TMt09661F、TMt09661R分别扩增待检测烟草基因组DNA，检测PCR扩增产物；
[0017]如果PCR扩增产物中同时含有如SEQ ID No.1和SEQ ID No.3所示序列，则表明该待测烟草植株含有高香气品质的Ⅲ型烟草蔗糖酯的纯合等位基因SE471SE471；
[0018]如果PCR扩增产物中同时含有如SEQ ID No.2和SEQ ID No.4所示序列，则为待测烟草植株不含或含有痕量的Ⅲ型烟草蔗糖酯的纯合等位基因se471se471；
[0019]如果PCR扩增产物中含有如SEQ ID No.1和SEQ ID No.2所示序列，或含有如SEQ ID No.3和SEQ ID No.4所示序列，或含有如SEQ ID No.1、SEQ ID No.3和SEQ ID No.4所示序列，或含有如SEQ ID No.3、SEQ ID No.1和SEQ ID No.2所示序列，即为含有Ⅲ型烟草蔗糖酯的杂合等位基因SE471se471。
[0020]综上所述，相比于现有技术，本专利技术的有益效果在于：
[0021]1、本专利技术为了简捷、精准、高效选择具有高香气品质潜力的Ⅲ型烟草蔗糖酯烟草品种，有针对性和特异性的选择含Ⅲ型烟草蔗糖酯基因qBMVSE471的后代材料，提供了一种用于检测Ⅲ型烟草蔗糖酯基因qBMVSE471的分子标记TMc42726和TMt09661，该分子标记采用数量性状连锁分析(QTL)法和硅烷化气相色谱质谱(GC
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MS)法，在烟草全基因组范围内筛选获得与Ⅲ型烟草蔗糖酯基因qBMVSE471基因连锁的共显性SSR标记，可用于Ⅲ型烟草蔗糖酯基因qBMVSE471的辅助选择，以提高分子标记辅助选择的效率及高香气烟草品种选育的效率。
[0022]2、本专利技术以优质多抗雪茄烟品种Beinhart1000
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1和烤烟品种红花大金元为亲本，其中，Beinhart1000
‑
1品种叶片中的高香气品质由BMVSE控制，而BMVSE受数量性状Ⅲ型qBMVSE471基因、IV型qBMVSE485基因和V型qBMVSE499基因控制；而烤烟品种红花大金元综合性状优良但不含BMVSE。通过杂交、连续套袋自交，构建的烟草重组自交系(RILs_F
7:8
)为作图群体，采用数量性状连锁分析(QTL)法和硅烷化气相色谱质谱(GC
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MS)法，在烟草全基因组范围内筛选获得与Ⅲ型烟草蔗糖酯基因qBMVSE4本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种与Ⅲ型烟草蔗糖酯基因qBMVSE471紧密连锁的共显性SSR分子标记，其特征在于：所述与Ⅲ型烟草蔗糖酯基因qBMVSE471紧密连锁的共显性SSR分子标记的编号为TMc42726和TMt09661，其PCR扩增产物核苷酸序列分别由SEQ ID No.1和SEQ ID No.2、SEQ ID No.3和SEQ ID No.4所示。2.根据权利要求1所述的与Ⅲ型烟草蔗糖酯基因qBMVSE471紧密连锁的共显性SSR分子标记，其特征在于，所述TMc42726和TMt09661对应的引物序列分别为：TMc42726引物序列为：TMc42726F：5
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CACTTCTCGCCTTGATAGCC
‑3’
，TMc42726R：5
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CAATAGCGCGACACGATAAA
‑3’
；TMt09661引物序列为：TMt09661F：5
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GACCCTCGATTCAGAGAAGG
‑3’
，TMt09661R：5
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GTTCGGGCATGTTTAGAGGA
‑3’
。3.一种权利要求1或2所述的与Ⅲ型烟草蔗糖酯基因qBMVSE471紧密连锁的共显性SSR分子标记的应用，其特征...

【专利技术属性】
技术研发人员：童治军，肖炳光，方敦煌，李勇，陈学军，白戈，冯智宇，焦芳婵，
申请(专利权)人：云南省烟草农业科学研究院，
类型：发明
国别省市：