浙江楠核基因组SSR分子标记的多态性引物及其应用制造技术

本发明专利技术公开了浙江楠核基因组SSR分子标记的多态性引物及其应用，属于林业分子生物学技术领域。本发明专利技术通过PCR技术、聚丙酰胺凝胶电泳和毛细血管电泳技术，开发了15对浙江楠核基因组SSR分子标记的多态性引物，其引物核苷酸序列如SEQ ID NO.1至SEQ ID NO.30所示，该浙江楠核基因组SSR分子标记的多态性引物特异性好，多态性高，将其应用于浙江楠群体遗传结构和资源遗传多样性分析中，能够更全面的揭示我国浙江楠遗传水平的多样性和遗传结构，为遗传保护策略的制定奠定基础。保护策略的制定奠定基础。保护策略的制定奠定基础。

【技术实现步骤摘要】
浙江楠核基因组SSR分子标记的多态性引物及其应用


[0001]本专利技术属于林业分子生物学
，具体涉及浙江楠核基因组SSR分子标记的多态性引物以及其在浙江楠群体遗传结构和遗传多样性分析中的应用。

技术介绍

[0002]浙江楠(Pheobe chekiangensis C.B.Shang)，浙江楠(Phoebe chekiangensis C.B.Shahg)为樟科(Lauraceae)楠属(Phobe)植物，是中国著名植物分类学家向其柏教授于20世纪60年代在浙江天目山、龙塘山研究发现的新种。浙江楠主要分布于我国南方的浙江、江西、安徽、福建等地。浙江楠以伴生种零星分布于我国中亚热带地区的以壳斗科树种为建群种的天然常绿阔叶林中，由于长期人为破坏，仅在人为干扰少的深山峡谷旁有以浙江楠为建群种的群落存在。在1999年8月，浙江楠被国务院列为国家II级重点保护野生植物(《国家重点保护野生植物名录》第一批)。天然浙江楠资源蕴涵宝贵地基因资源，但其遗传变异水平及其亲缘地理关系鲜有报道。鉴于此，亟需开展浙江楠天然种群遗传多样性和遗传结构研究，为遗传保护策略的制定奠定基础。
[0003]简单重复序列标记(simple sequence repeats，SSR)，又称为微卫星标记，是一类由几个核苷酸(1～6个)为重复单位组成的长达几十个核苷酸的重复序列，长度较短，且广泛均匀分布于真核生物基因组中。研究发现，微卫星中重复单位的数目存在高度变异，这些变异表现为微卫星数目的整倍性变异或重复单位序列中的序列有可能不完全相同，因而造成多个位点的多态性。目前，该技术广泛用于群体遗传多样性研究、品种鉴定等领域。
[0004]目前有关浙江楠遗传多样性地研究鲜有报道，要了解浙江楠真实的遗传水平多样性必须有足够的有代表性的群体样本。在现有研究中只是针对局部地区的群体，即浙江和江西的6个群体，难以全面的揭示浙江楠遗传水平的多样性。

技术实现思路

[0005]针对现有技术存在的上述问题，本专利技术所要解决的技术问题在于提供浙江楠核基因组SSR分子标记的多态性引物；本专利技术所要解决的另一技术问题在于提供浙江楠核基因组SSR分子标记的多态性引物在浙江楠群体遗传结构和遗传多样性分析以及分子标记辅助育种中的应用。
[0006]为了解决上述技术问题，本专利技术所采用的技术方案如下：
[0007]本申请基于现有的浙江楠转录组测序数据，采用Primer 3.0设计了96对SSR引物，引物设计原则如下：引物长度18～25bp之间，最适为20bp；退火温度(Tm)50～60℃，正、反向引物退火温度差小于5℃；GC含量为40％～60％，最适50％；经8％聚丙烯酰胺凝胶进行电泳筛选和毛细管电泳技术，从中挑选了15对浙江楠核基因组SSR分子标记的多态性引物，其引物核苷酸序列依次如SEQ ID NO.1
‑
SEQ ID NO.30所示；
[0008]具体如下：
[0009]Pc06_p6_5：F：5
′‑
AGCCCCTTAACCCTAACCCT
‑3′
；
[0010]R：5
′‑
CGGGTAGTTGTTGTGCCTCT
‑3′
；
[0011]Pc10_p6_5：F：5
′‑
CGAGATATTTGAGATTTGTAGGCCA
‑3′
；
[0012]R：5
′‑
ATGCCAATGCGATCGAAAGC
‑3′
；
[0013]Pc13_p6_5：F：5
′‑
TGCAAAAACCCCCTCCACTT
‑3′
；
[0014]R：5
′‑
TCGTAGACGAAAACCCTGCC
‑3′
；
[0015]Pc14_p6_5：F：5
′‑
GGGAGGCATCTCTTACTCGC
‑3′
；
[0016]R：5
′‑
CCACGGGAGATACCACTTGG
‑3′
；
[0017]Pc16_p6_5：F：5
′‑
CTAGTCGGAAGCAGAGCTCG
‑3′
；
[0018]R：5
′‑
ACCATTCCCCAAACAGTACCC
‑3′
；
[0019]Pc17_p6_5：F：5
′‑
TCTGAGGCCATGTTTCGGAC
‑3′
；
[0020]R：5
′‑
GCGTTTGTTTAGGTCTCGCC
‑3′
；
[0021]Pcl8_p6_7：F：5
′‑
TGCAAAAACCCCCTCCACTT
‑3′
；
[0022]R：5
′‑
TCGTAGACGAAAACCCTGCC
‑3′
；
[0023]Pc19_p6_5：F：5
′‑
GGACCTCTCTACGGAGTTCCA
‑3′
；
[0024]R：5
′‑
GCCATTCATTTCTGGTGGGC
‑3′
；
[0025]Pc24_p6_7：F：5
′‑
GCTTCTTCTTCGCATTCCCC
‑3′
；
[0026]R：5
′‑
GCCGCCGCCTATTCATTTCT
‑3′
；
[0027]Pc28_p6_5：F：5
′‑
AGTGGTCTGAATCACCAAACCA
‑3′
；
[0028]R：5
′‑
TGGGTTGGAACTTGGAAGCA
‑3′
；
[0029]Pc45_p5_5：F：5
′‑
GGGAAAAGACAGACAGGGCA
‑3′
；
[0030]R：5
′‑
CAGGCCCTTTCACCTTTTGC
‑3′
；
[0031]Pc71_p5_5：F：5
′‑
TCTTATGGTGAGGTCTCCAATGT
‑3′
；
[0032]R：5
′‑
GCAAGATGCGCAGATTTCTCT
‑3′
；
[0033]Pc73_p5_5：F：5
′‑
ATCATGGTCTTTGTCGCCGT
‑3′
；
[0034]R：5
′‑
AGTCGGATGATTGTCAATCCG
‑3′
；
[0035]Pc81_p4_8：F：5<本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.浙江楠核基因组SSR分子标记的多态性引物，其特征在于，包括15对多态性引物，其引物核苷酸序列如下：Pc06_p6_5上游引物如SEQ ID NO.1所示；下游引物如SEQ ID NO.2所示；Pc10_p6_5上游引物如SEQ ID NO.3所示；下游引物如SEQ ID NO.4所示；Pc13_p6_5上游引物如SEQ ID NO.5所示；下游引物如SEQ ID NO.6所示；Pc14_p6_5上游引物如SEQ ID NO.7所示；下游引物如SEQ ID NO.8所示；Pc16_p6_5上游引物如SEQ ID NO.9所示；下游引物如SEQ ID NO.10所示；Pc17_p6_5上游引物如SEQ ID NO.11所示；下游引物如SEQ ID NO.12所示；Pc18_p6_7上游引物如SEQ ID NO.13所示；下游引物如SEQ ID NO.14所示；Pc19_p6_5上游引物如SEQ ID NO.15所示；下游引物如SEQ ID NO.16所示；Pc24_p6_7上游引物如SEQ ID NO.17所示；下游引物如SEQ ID NO.18所示；Pc28_p6_5上游引物如SEQ ID NO.19所示；下游引物如SEQ ID NO.20所示；Pc45_p5_5上游引物如SEQ ID NO.21所示；下游引物如SEQ ID NO.22所示；Pc71_p5_5上游引物如SEQ ID NO.23所示；下游引物如SEQ ID NO.24所示；Pc73_p5_5上游引物如SEQ ID NO...

【专利技术属性】
技术研发人员：郑永杰，伍艳芳，刘新亮，张月婷，周诚，温世钫，徐海宁，杨海宽，郭捷，
申请(专利权)人：江西省林业科学院，
类型：发明
国别省市：