用于木薯品种鉴定的MNP标记位点、引物组合物和试剂盒及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种用于木薯品种鉴定的MNP标记位点、引物组合物和试剂盒及其应用，所述MNP标记位点为在木薯基因组上筛选的在木薯种群内具有多个核苷酸多态性的基因组区域，包括木薯基因组Mesculenta_305_v6上MNP

【技术实现步骤摘要】
用于木薯品种鉴定的MNP标记位点、引物组合物和试剂盒及其应用


[0001]本专利技术实施例涉及生物
，特别涉及一种用于木薯品种鉴定的MNP标记位点、引物组合物和试剂盒及其应用。

技术介绍

[0002]木薯，是大戟科木薯属植物，广泛种植于非洲、美洲和亚洲等100余个国家或地区，淀粉含量高、被称为“淀粉之王”，是热区第三大粮食作物。木薯是我国主要热带作物之一，随着木薯产业的发展，可作为饲料、淀粉、燃料乙醇等工业原料，产业开发前景好，因此木薯品种权的保护对产业的可持续发展尤为重要。
[0003]分子标记技术广泛运用于植物品种鉴定中，常见的分子标记类型有SSR(Simple Sequence Repeats)标记和SNP(Single Nucleotide Polymorphism)标记。SSR标记包含一段简单重复序列，具有多态性高的特点，但SSR标记法一次鉴定的标记数量少，通量低。DNA聚合酶在扩增SSR位点时，存在滑动现象，容易产生不真实的滑脱基因型，滑脱基因型与样本中主基因型区分不开，导致SSR标记法难以用于多倍体植物的鉴定。全基因组重测序技术可以一次可检测大量的SSR位点，但基因组上仅～3％的序列为SSR位点，导致检测成本较高。因此，实际应用中往往只能检测有限的SSR位点，无法满足实质性派生品种鉴定对标记数量的要求。基因芯片法可以一次可检测成千上万、甚至几十万个SNP位点，通量大大高于SSR标记。然而，一个SNP标记位点仅有2种等位基因型，多态性远低于SSR标记，难以区分多倍体植株；检测SNP标记的探针固定在芯片上，芯片一旦合成，很难调整与改变，灵活性差。
[0004]因此，开发用于木薯品种鉴定的高多态性的新型分子标记及其检测技术，成为亟待解决的技术问题。

技术实现思路

[0005]本专利技术目的是提供一种用于木薯品种鉴定的MNP标记位点、引物组合物和试剂盒及其应用，不仅可以对木薯品种进行品种真实性鉴定和实质性派生品种鉴定，也可以对木薯品种进行遗传分析，具有区分度强、通量高、准确度高的效果。
[0006]为实现上述目的，本专利技术采用如下技术方案：
[0007]在本专利技术的第一方面，提供了一种用于木薯品种鉴定的MNP标记位点，所述MNP标记位点为在木薯基因组上筛选的在木薯种群内具有多个核苷酸多态性的基因组区域，所述MNP标记位点包括木薯基因组Mesculenta_305_v6上MNP
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1～MNP
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623的标记位点。
[0008]上述技术方案中，MNP
‑
1～MNP
‑
623的标记位点具体如说明书表1所示，表1中标注的所述MNP标记的起始和终止位置是基于Mesculenta_305_v6序列确定的。
[0009]在本专利技术的第二方面，提供了一种用于检测所述MNP标记位点的多重PCR引物组合物，所述多重PCR引物组合物包括623对引物，所述623对引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.1246所示。
[0010]上述技术方案中，每个MNP标记位点的引物包括上引物和下引物，具体如说明书表1所示，其中，序号1的上引物为SEQ ID NO.1，序号1的下引物为SEQ ID NO.2，序号2的上引物为SEQ ID NO.3，序号1的下引物为SEQ ID NO.4，序号3的上引物为SEQ ID NO.5，序号1的下引物为SEQ ID NO.6，以此类推。
[0011]在本专利技术的第三方面，提供了一种用于检测所述MNP标记位点的检测试剂盒，所述试剂盒包括所述的引物组合物。
[0012]进一步地，所述试剂盒还包括多重PCR预混液。
[0013]在本专利技术的第四方面，提供了所述的MNP标记位点或者所述的多重PCR引物组合物或者所述的检测试剂盒在木薯品种真实性鉴定中的应用。
[0014]在本专利技术的第五方面，提供了所述的用于木薯品种鉴定的MNP标记位点或者所述的多重PCR引物组合物或者所述的检测试剂盒在木薯实质性派生品种鉴定中的应用。
[0015]在本专利技术的第六方面，提供了所述的用于木薯品种鉴定的MNP标记位点或者所述的多重PCR引物组合物或者所述的检测试剂盒在木薯种质资源遗传多样性分析中的应用。
[0016]在本专利技术的第七方面，提供了所述的用于木薯品种鉴定的MNP标记位点或者所述的多重PCR引物组合物或者所述的检测试剂盒在构建木薯品种DNA指纹数据库中的应用。
[0017]以上所述的应用中，具体应用步骤为：
[0018]首先是获取待测品种的总DNA；利用本专利技术的试剂盒对所述待测样本DNA进行第一轮多重PCR扩增，循环数17个；对扩增产物进行纯化后，进行基于第二轮PCR扩增进行样本标签和二代测序接头的添加；对第二轮扩增产物纯化后定量；检测多个木薯品种样本时通过将第二轮扩增产物等量混合后进行高通量测序；对待测样本的测序数据进行数据质量控制和数据分析，将测序结果比对到所述的木薯参考序列上，获取所述待测样在所述MNP位点上的检出位点数目、覆盖每个所述MNP位点的测序序列数目和所述MNP位点基因型数据。
[0019]当用于品种鉴定和实质性派生品种鉴定时，制定了所述试剂盒和检测方法，评估所述试剂盒和检测方法的准确性和区分度；
[0020]当用于木薯个体遗传分析时，包括种群间和种群内部的遗传差异分析。利用所述的试剂盒和方法，获得待比较个体各自在623个MNP位点的基因型数据。通过基因型比对，分析待比较个体在所述623个MNP位点上的共同检出MNP位点，其中每个位点上的主基因型是否存在差异，并统计差异比例。通过差异比例来判定个体间的遗传差异分布情况。
[0021]当用于木薯品种DNA指纹数据库构建时，利用所述的试剂盒和方法，获得待测木薯品种在623个MNP位点的基因型数据。
[0022]本专利技术实施例中的一个或多个技术方案，至少具有如下技术效果或优点：
[0023]本专利技术提供了一种用于木薯品种鉴定的MNP标记位点、引物组合物和试剂盒及其应用，所提供的木薯的623个MNP位点和其引物组合，可进行多重PCR扩增，结合二代测序平台进行扩增产物的测序，对木薯品种的检测具备通量高、区分度高、准确性高等特点，实验证明本专利技术提供的623个MNP标记位点、引物组合物和试剂盒不仅能满足木薯品种真实性鉴定和实质性派生鉴定的需求，同时能进行种质资源遗传多样性分析，实现了DNA指纹数据库中的品种数据的共享及自由比对；因此本专利技术所提供的623个MNP标记位点和引物组合可应用于木薯品种真实性鉴定、实质性派生鉴定、种质资源遗传多样性分析以及其他相关应用中，为我国木薯品种分子育种、品种权管理、市场监管、知识产权保护等方面提供有力的技
术支撑，确保粮食安全，促进产业的健康发展。
附图说明
[0024]为了更清楚地说明本专利技术实施例中的技术方案，下面将对实施例描述中所需要使用的附图作一简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图是本专利技术实施例的一些本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于木薯品种鉴定的MNP标记位点，其特征在于，所述MNP标记位点为在木薯基因组上筛选的在木薯种群内具有多个核苷酸多态性的基因组区域，所述MNP标记位点包括木薯基因组Mesculenta_305_v6上MNP
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1～MNP
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623的标记位点。2.一种用于检测权利要求1所述MNP标记位点的多重PCR引物组合物，其特征在于，所述多重PCR引物组合物包括623对引物，所述623对引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.1246所示。3.一种用于检测权利要求1所述MNP标记位点的检测试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括权利要求2所述的引物组合物。4.根据权利要求3所述的检测试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包括多...

【专利技术属性】
技术研发人员：李论，周俊飞，方治伟，彭海，章伟雄，李甜甜，陈利红，高利芬，肖华锋，
申请(专利权)人：江汉大学，
类型：发明
国别省市：