物种基因识别标签的查找方法、装置及电子设备制造方法及图纸

本发明专利技术公开了一种物种基因识别标签的查找方法、装置及电子设备，其中方法包括：S1：将目标物种在序列名称总核酸库中检索比对，获取目标物种的物种信息；S2：根据核酸序列和物种分类地位及名称进行比对，得到第一比对结果；S3：将第一比对结果进行分类，形成各范围序列相似度对应的片段池，将范围序列相似度对应的片段池与序列名称总核酸库进行Blastn比对，得到第二比对结果；S4：对第二比对结果进行自动质控，获取物种特征标签，并将物种特征标签与名称片段标记库进行Blastn比对，得到目标物种的第一识别标签和第一识别阈值。本发明专利技术将识别标签与识别阈值结合，有效增加了物种鉴定的种内和种间识别的范围和准确度；自动进行分析和计算，节省人力。节省人力。

【技术实现步骤摘要】
物种基因识别标签的查找方法、装置及电子设备


[0001]本专利技术涉及生物
，具体涉及一种物种基因识别标签的查找方法、装置及电子设备。

技术介绍

[0002]基于DNA或RNA技术对物种的鉴定和分类多依赖于保守序列，这种依赖保守序列的物种鉴定方式常见于16S(细菌)、18S(高等真核生物)、ITS(真菌)以及关键基因(病毒)。其中，保守序列是指在进化过程中基本保持不变的DNA分子中的核苷酸片段。
[0003]相关技术中基于保守序列进行物种鉴定最常见的方法为：(1)采用ClustalW、Bioeidt、T
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Coffee、MAFFT和Blastn等比对软件对两个以上的已知基因序列进行比对；(2)根据序列相似性完成目的序列片段人工选取后与该物种全基因组序列或局部区域进行引物设计；(3)利用PCR扩增或测序技术获取序列片段；(4)对所获取的序列进行拼接或组装；(5)与数据库物种已知序列进行比对，从而完成物种的鉴定。
[0004]然而，这种方法对很多物种只能鉴定到科或属的水平，无法鉴定到种内和种间水平；并且，各步本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种物种基因识别标签的查找方法，其特征在于，包括：S1：接收输入的目标物种，并将所述目标物种在序列名称总核酸库中检索比对，获取所述目标物种的物种信息，所述物种信息包括核酸序列、物种分类地位及名称；S2：根据所述核酸序列和物种分类地位及名称进行比对，得到第一比对结果；S3：按照序列相似度所处范围将所述第一比对结果进行分类，形成各范围序列相似度对应的片段池，并将范围序列相似度对应的片段池与所述序列名称总核酸库进行Blastn比对，得到第二比对结果；S4：基于配置的剔除序列控制指标对所述第二比对结果进行自动质控，获取物种特征标签，并将所述物种特征标签与名称片段标记库进行Blastn比对，得到目标物种的第一识别标签和第一识别阈值。2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在所述接收输入的目标物种之前，所述方法还包括：获取物种全基因DNA和RNA序列，所述物种全基因DNA和RNA序列包括NT数据库；将所述RNA序列反转录转换为DNA序列，构建序列名称总核酸库。3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述根据所述核酸序列和物种分类地位及名称进行比对，得到第一比对结果，包括：根据所述物种分类地位及名称，从所述序列名称总核酸库中抽取目标物种所在属的序列和名称，形成目标物种所在属序列池；将所述核酸序列进行K
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mer切分，形成各K值对应的片段池，并从K值对应的片段池提取名称片段标记库；基于配置的第一综合阈值，将K值对应的片段池与所述目标物种所在属序列池进行Blastn比对，得到第一比对结果；其中，所述第一综合阈值包括：比对长度为100％、序列相似度不高于95％、比对得分不低于1e
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5。4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，所述将所述核酸序列进行K
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mer切分包括：如果所述核酸序列为全基因组序列，则将所述全基因组序列进行K
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mer切分，K起始值为30，步长为1，结束值为300；如果所述核酸序列为局部序列且所述局部序列的长度大于等于300，则将所述全基因组序列进行K
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mer切分，K起始值为30，步长为1，结束值为300；如果所述核酸序列为局部序列且所述局部序列的长度小于300，则将所述全基因组序列进行K
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mer切分，K起始值为30，步长为1，结束值为局部序列的长度。5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述将范围序列相似度对应的片段池与所述序列名称总核酸库进行Blastn比对，得到第二比对结果，包括：基于配置的第二综合阈值，将范围序列相似度对应的片段池与所述序列名称总核酸库进行Blastn比对，剔...

【专利技术属性】
技术研发人员：李杨坤，
申请(专利权)人：圆方基因科技北京有限公司，
类型：发明
国别省市：