富士系列苹果特异性分子标记位点及其筛选方法和应用技术

本发明专利技术公开了8种富士系列苹果特异性分子标记位点及其筛选方法和应用，包括下列步骤：（1）取叶片提取基因组DNA；（2）按照简化基因组测序技术Super

【技术实现步骤摘要】
富士系列苹果特异性分子标记位点及其筛选方法和应用


[0001]本专利技术涉及8种富士系列苹果特异性分子标记及其筛选方法和应用，属于生物


技术介绍

[0002]苹果为蔷薇科(Rosaceae)苹果亚科(Maloideae)苹果属(Malus MILL.)植物。富士苹果由日本农林水产省果树试验场盛冈分场育成的，国光为母本，元帅为父本，1962年正式命名。
[0003]富士苹果目前是我国的主栽苹果品种，数据显示，我国红富士苹果的产量占苹果总产量的65％。自引进富士苹果至今，50多年不断有新品系培育成功并推广种植，但由于富士系列苹果的品种是基于株变或者芽变的方式进行选育获得，基因差异非常小，品种差异甚至被个体差异所掩盖，因此区分特别困难，在我国种苗市场上，常出现品种混杂，农户购买种植的品种与实际需求不同等问题。随着我国农业集约型种植改革进程的发展，大面积种植逐渐取代了农户的分散种植，农户小面积种植对于品种的维权等问题的诉求相对较少，而大面积种植的新型农业公司具有较高的维权意识，这就给种苗繁育企业提出更高的要求，但富士系列品种形态差异、品质差异等方面特别细微，很容易混淆，2001富士、阿森泰克、富布瑞斯、红将军、首富3号、烟富10号、烟富3号和烟富6号8个品种占据我国富士品种种植量的80％以上，因此开发2001富士、阿森泰克、富布瑞斯、红将军、首富3号、烟富10号、烟富3号和烟富6号8种富士系列品种的鉴定方法对于种苗繁育、销售、果园种植的企业和果农具有重要的应用价值。

技术实现思路

[0004]针对现有技术中8种富士系列苹果及其不易鉴定的缺陷，本专利技术提供一种8种富士系列苹果的特异性分子标记位点及其筛选方法和应用，共筛选到74个品种特异性的SNP标记，基于这些标记开发出一种简便、快速、可靠鉴定8种富士系列苹果的PCR鉴定方法，为从源头上准确控制苹果品种奠定技术基础。
[0005]为解决上述技术问题，本专利技术采用下述技术方案予以实现：
[0006]首先，本专利技术提供一种利用简化基因组测序技术Super
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GBS筛选8种富士苹果的特异性分子标记的方法，包括如下步骤：
[0007](1)利用品种已知且准确的3株2001富士、7株阿森泰克、2株富布瑞斯、4株红将军、2株首富3号、4株烟富10号、3株烟富3号和7株烟富6号苹果为样品，取叶片提取基因组DNA；
[0008](2)按照简化基因组测序技术Super
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GBS方法构建文库，文库质检合格后上机测序；
[0009](3)对测序数据进行过滤后，使用GATK获得SNP位点；
[0010](4)对SNP进行过滤，过滤条件为：SNP测序深度不低于4；剔除MAF小于0.01的位点；剔除SNP分型缺失率高于20％的位点；剔除所有样品中分型一致的位点；
[0011](5)根据每个品种的分型结果，筛选每个品种内所有个体分型完全一致、分型一致位点没有个体缺失，且与其他品种不同的位点；最终筛选到74个SNP位点，具体见表1：
[0012][0013][0014][0015][0016][0017](6)根据74个苹果特异的SNP分子标记，可以组合出几组高效的鉴定8种富士系列苹果的SNP位点组合群，其中一组鉴定8种富士系列苹果的SNP位点组合，其群特征在于，位点信息如表2。
[0018]表2能够准确鉴定8种富士系列苹果的一组SNP位点信息
[0019][0020]进一步的，上述表2中SNP位点鉴定引物信息如表3所示：
[0021]表3表2中SNP位点鉴定引物信息
[0022][0023]本专利技术的有益效果：
[0024]富士系列苹果品种基因差异小，有些品种只是另外一个品种的芽变产物，因此在外观形态上不能明显区分，本专利技术在SNP筛选过程中需要剔除大量个体差异位点并科学准确验证，才能获得准确鉴定8种富士系列苹果的SNP位点，因此本专利技术利用简化基因组测序技术Super
‑
GBS方法过滤出的SNP位点包含大量个体差异位点，可以对占市场份额80％以上的8种富士系列苹果进行简便、快速、准确的鉴定。
[0025]本专利技术对外部形态和基因水平都很难鉴定的8种富士系列苹果的组培苗、嫁接苗、成品苗能够准确的区分，确保育种企业对品种的把控，减少繁育过程中误差造成的经济损失。实践证明本专利技术筛选到的SNP位点能够准确进行8种富士系列苹果的鉴定。
附图说明
[0026]下面结合附图对本专利技术的具体实施方式作进一步详细的说明。
[0027]图1附图为利用筛选到的2001富士、阿森泰克、富布瑞斯、红将军、首富3号、烟富10号、烟富3号和烟富6号8种富士系列苹果的74个特异SNP标记(SNP标记见表1)构建进化树，能够准确的区分8种富士系列苹果。
[0028]说明，本专利技术的图1中，样品编号对应的品种如下表所示：
[0029]序号品种样品数量样品编号12001富士3A
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80，A
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62，A
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982阿森泰克7A
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99，A
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30，A
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155，A
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141，A
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136，A
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118，A
‑
1223富布瑞斯2A
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47，A
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1004红将军4A
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75，A
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93，A
‑
135，A
‑
1545首富3号2A
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69，A
‑
876烟富10号4A
‑
114，A
‑
68，A
‑
77，A
‑
95
7烟富3号3A
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151，A
‑
132，A
‑
268烟富6号7A
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35，A
‑
39，A
‑
52，A
‑
56，A
‑
111，A
‑
123，A
‑
142
具体实施方式
[0030]实施例1
[0031]本实施例提供一种利用简化基因组测序技术Super
‑
GBS筛选2001富士、阿森泰克、富布瑞斯、红将军、首富3号、烟富10号、烟富3号和烟富6号共8种富士系列苹果特异性SNP分子标记的方法，包括如下步骤：
[0032](1)利用品种已知的3株2001富士、7株阿森泰克、2株富布瑞斯、4株红将军、2株首富3号、4株烟富10号、3株烟富3号和7株烟富6号苹果样品，取叶片提取基因组DNA；
[0033](2)按照简化基因组测序技术Super
‑
GBS方法构建文库，文库质检合格后上机测序；
[0034](3)对测序数据进本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.利用简化基因组测序技术Super
‑
GBS筛选富士系列苹果特异分子标记的方法，其特征在于，包括下列步骤：(1)利用品种准确的8种富士系列苹果2001富士、阿森泰克、富布瑞斯、红将军、首富3号、烟富10号、烟富3号和烟富6号为样品，提取叶片基因组DNA；(2)按照简化基因组测序技术Super
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GBS方法构建文库，文库质检合格后上机测序；(3)根据每个品种的分型结果，首先剔除所有样品中分型一致的位点，然后筛选每个品种内所有个体分型完全一致、且没有个体缺失的位点，获得SNP位点，利用8种富士系列品种的标准样品对获得的SNP位点进行过滤筛选，并利用8种富士系列苹果的盲样进行SNP位点的验证，最终获得能够准确鉴定8种富士系列苹果的SNP位点。2.根据权利要求1所述的利用简化基因组测序技术Super
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GBS筛选8种富士系列苹果特异分子标记的方法，其特征在于，SNP过滤条件为SNP测序深度不低于4；剔除MAF小于0.01的位点；剔除SNP分型缺失率高于20％的位点。3.能够准确鉴定8种富士系列苹果包括2001富士、阿森泰克、富布瑞斯、红将军、首富3号、烟富10号、烟富3号和烟富6号的SNP位点，...

【专利技术属性】
技术研发人员：王彦娟，周扬颜，张欣，尼秀媚，吕金浮，刘永光，杨园园，
申请(专利权)人：潍坊科技学院，
类型：发明
国别省市：