一种二元猪基因鉴定方法技术

本发明专利技术涉及基因检测技术领域，尤其指一种二元猪基因鉴定方法，以待测猪的MC1R基因的第一等位基因和第二等位基因作为为模板，用第一正向引物、第二正向引物和通用反向引物进行PCR扩增，采用荧光检测仪器对扩增产物进行荧光检测，根据扩增产物的荧光类型对待测猪的MC1R基因进行SNP分型。本发明专利技术设计两个正向引物和一个通用反向引物，利用长白和大白猪的MC1R基因不存在G1554A突变和杜洛克MC1R基因存在G1554A突变的特点对二元猪(长白X大白杂交)进行基因鉴定，提高了检测结果的准确度；本发明专利技术采用荧光探针技术，分别在两个正向引物的一端连接特异荧光序列FAM和特异荧光序列HEX，通过检测对PCR扩增产物进行荧光检测，即可对二元猪进行基因鉴定，检测操作更加简单。检测操作更加简单。

【技术实现步骤摘要】
一种二元猪基因鉴定方法


[0001]本专利技术涉及基因检测
，尤其指一种二元猪基因鉴定方法。

技术介绍

[0002]二元猪为两个品种之间的杂交，市场上常用的杂交方式是大白和长白猪杂交，随着市场上三元猪代替二元猪的情况日益严重，为了避免养殖户不必要的损失，二元猪的检测辨别具有重要意义。通过基因序列比对后发现：所有的长白、大白MC1R基因不存在G1554A突变，所有的杜洛克MC1R基因存在G1554A突变，由此可知，二元猪(长白X大白杂交)个体不存在G1554A突变，因此根据此变异位点设计二元猪的检测产品，能够帮助企业挽回损失，意义重大，现有的检测产品具有检测结果准确度不高，检测过程繁琐的缺点。

技术实现思路

[0003]针对上述现有技术存在的技术问题，本专利技术提供一种检测结果准确度高、检测操作简单的二元猪基因鉴定方法。
[0004]为了达成上述技术目的，本专利技术采用如下技术方案：
[0005]一种二元猪基因鉴定方法，以待测猪的MC1R基因的第一等位基因和第二等位基因作为为模板，用第一正向引物、第二正向引物和通用反向引物进行PCR扩增，采用荧光检测仪器对扩增产物进行荧光检测，根据扩增产物的荧光类型对待测猪的MC1R基因进行SNP分型。
[0006]进一步的，所述第一正向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，所述第一正向引物序列包括特异荧光序列FAM，所述特异荧光序列FAM结合FAM荧光标记物，所述特异荧光序列FAM的核苷酸序列如SEQ ID NO:4所示。
>[0007]进一步的，所述第二正向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示，所述第二正向引物序列包括特异荧光序列HEX，所述特异荧光序列HEX结合HEX荧光标记物，所述特异荧光序列HEX的核苷酸序列如SEQ ID NO:5所示。
[0008]进一步的，所述通用反向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:3所示。
[0009]进一步的，所述第一正向引物与第一等位基因特异匹配，所述第一等位基因为二元猪的MC1R基因。
[0010]进一步的，所述第二正向引物与第二等位基因特异匹配，所述第二等位基因为非二元猪MC1R基因。
[0011]进一步的，所述荧光检测仪器为酶标仪。
[0012]进一步的，所述扩增产物的荧光类型包括FAM荧光和HEX荧光；若以所述第一正向引物和通用反向引物进行PCR扩增时，所述扩增产物的荧光类型为FAM荧光；若以所述第二正向引物和通用反向引物进行PCR扩增时，所述扩增产物的荧光类型为HEX荧光。
[0013]进一步的，当所述扩增产物只检测到FAM荧光时，所述待测猪的MC1R基因为二元猪MC1R基因纯合子，所述待测猪为纯二元猪；当所述扩增产物只检测到HEX荧光时，所述待测
猪的MC1R基因为非二元猪MC1R基因纯合子，所述待测猪为非二元猪；当所述扩增产物同时检测到FAM荧光和HEX荧光时，所述待测猪的MC1R基因为二元猪MC1R基因杂合子，所述待测猪为非纯二元猪。
[0014]与现有技术相比，本专利技术的有益效果：
[0015](1)本专利技术针对猪的MC1R基因的等位基因SNP位点设计两个正向引物和一个通用反向引物，利用长白和大白猪的MC1R基因不存在G1554A突变的特点对二元猪进行基因鉴定，提高了检测结果的准确度；
[0016](2)本专利技术采用荧光探针技术，分别在两个正向引物的一端连接特异荧光序列FAM和特异荧光序列HEX，通过检测对PCR扩增产物进行荧光检测，即可对二元猪进行基因鉴定，检测操作更加简单。
附图说明
[0017]图1是本专利技术实施例1的基因鉴定结果图；
[0018]图2是本专利技术实施例2的基因鉴定结果图。
具体实施方式
[0019]以下结合附图对本专利技术的实施例进行详细说明，但是本专利技术可以由权利要求限定和覆盖的多种不同方式实施。
[0020]实施例1
[0021]1.1样本选取
[0022]选取163只母猪，其中20只二元母猪为长白猪和大白猪杂交得到的纯二元母猪，77只三元母猪为杜洛克猪和东北民猪杂交得到的非二元母猪，66只二元母猪为杜洛克猪和长白猪杂交得到的非纯二元母猪。
[0023]1.2引物设计
[0024]通过序列比对后发现长白、大白MC1R基因不存在G1554A突变，结合其基因组序列设计第一正向引物、第二正向引物和通用反向引物。
[0025]第一正向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，第一正向引物序列包括特异荧光序列FAM，特异荧光序列FAM结合FAM荧光标记物，特异荧光序列FAM的核苷酸序列如SEQ ID NO:4所示；
[0026]第二正向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示，第二正向引物序列包括特异荧光序列HEX，特异荧光序列HEX结合HEX荧光标记物，特异荧光序列HEX的核苷酸序列如SEQ ID NO:5所示；
[0027]通用反向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:3所示。
[0028]1.3基因检测
[0029]提取选取的163只母猪的DNA，进行PCR扩增，FAM标记的第一正向引物与二元猪MC1R基因特异匹配，HEX标记的第二正向引物与非二元猪MC1R基因特异匹配，通用反向引物结合后，与等位基因特异结合的正向引物得以延伸。FAM标记的第一正向引物与二元猪MC1R基因特异匹配后扩增，仅检测到FAM荧光即为二元猪MC1R基因纯合子，鉴定为纯长、大二元杂交猪，记为oo；HEX标记的第二正向引物与非二元猪MC1R基因特异匹配后扩增，仅检测到
HEX荧光即为非二元猪MC1R基因纯合子，记为OO，鉴定为非长、大二元杂交猪；如果同时检测到FAM和HEX信号，则为二元猪MC1R基因杂合子，记为Oo，鉴定为非纯长、大二元杂交猪。
[0030]1.4检测结果
[0031]对163只母猪的检测结果如图1所示，其中20只纯二元母猪仅检测到FAM荧光，检测结果判断为纯二元猪；77只三元母猪(杜
×
东北民猪)为仅检测到HEX荧光，检测结果判断为非二元猪；66只非纯二元母猪(杜
×
长)同时检测到FAM和HEX荧光，检测结果判断为非纯二元猪；检测结果准确度为100％。
[0032]实施例2
[0033]2.1样本选取
[0034]选取163只母猪，其中114只二元母猪为长白猪和大白猪杂交得到的纯二元母猪，5只三元母猪为杜洛克猪和东北民猪杂交得到的非二元母猪，44只二元母猪为杜洛克猪和长白猪杂交得到的非纯二元母猪。
[0035]2.2引物设计
[0036]通过序列比对后发现长白、大白MC1R基因不存在G1554A突变，结合其基因组序列设计第一正向引物、第二正向引物和通用反向引物。
[0037]第一正向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，第一正向引物序列包括特异荧光序列FAM，特异荧光序列FAM的核苷酸序本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种二元猪基因鉴定方法，其特征在于，以待测猪的MC1R基因的第一等位基因和第二等位基因作为模板，用第一正向引物、第二正向引物和通用反向引物进行PCR扩增，采用荧光检测仪器对扩增产物进行荧光检测，根据扩增产物的荧光类型对待测猪的MC1R基因进行SNP分型。2.根据权利要求1所述的二元猪基因鉴定方法，其特征在于，所述第一正向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，所述第一正向引物序列包括特异荧光序列FAM，所述特异荧光序列FAM结合FAM荧光标记物，所述特异荧光序列FAM的核苷酸序列如SEQ ID NO:4所示。3.根据权利要求1所述的二元猪基因鉴定方法，其特征在于，所述第二正向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示，所述第二正向引物序列包括特异荧光序列HEX，所述特异荧光序列HEX结合HEX荧光标记物，所述特异荧光序列HEX的核苷酸序列如SEQ ID NO:5所示。4.根据权利要求1所述的二元猪基因鉴定方法，其特征在于，所述通用反向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:3所示。5.根据权利要求1所述的二元猪基因鉴定方法，其特征在于，所述第一正向引物与...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘继强，
申请(专利权)人：北京康普森农业科技有限公司，
类型：发明
国别省市：