用于ADTKD基因突变检测的引物、试剂盒及分析方法技术

本发明专利技术涉及用于ADTKD基因突变检测的引物、试剂盒及分析方法。本发明专利技术技术方案包括：PCR引物设计、替换的磁珠、酶和适用的体系设计等。本发明专利技术通过一系列试剂的优化筛选，实现了不同样本、不同机型等的基因突变检测。本发明专利技术中的方法靶向五个基因的基因区段，测序长度在1.6kbp到3kbp之间，无需将基因达成300bp左右的短片段，直接获得靶向全长序列，同时通过循环一致序列分析，对于突变和indel的检测准确度更高。尤其对于MUC1基因，该方法克服了WES无法准确拼接比对该基因重复区域的缺点，能够获得准确的循环一致序列，直观鉴定重复区域个数和突变位点，解决了WES无法检测该基因突变的难题。难题。难题。

【技术实现步骤摘要】
用于ADTKD基因突变检测的引物、试剂盒及分析方法


[0001]本专利技术属于生物医药
，尤其是涉及用于ADTKD基因突变检测的引物、试剂盒及分析方法。

技术介绍

[0002]常染色体显性遗传性肾小管间质性肾病(autosomal dominanttubulointerstitial kidney disease,ADTKD)是一类具有遗传倾向和家族聚集性的间质性肾病。这类肾病患者最终进入终末期肾病(简称ESRD)，给个人、家庭和社会带来了沉重的负担。
[0003]2015年改善全球肾病预后组织(简称KDIGO)对常染色体显性小管间质性肾病的重新命名、临床表现、肾脏病理、诊断及治疗等达成共识。目前已发现5个ADTKD致病基因(UMOD,MUC1,HNF1B,REN,SEC61A1)并对应其基因分型。由于ADTKD患者的B超显示并无典型特征，因此给临床诊断带来很大困扰。基因突变检测成为明确诊断ADTKD及其亚型的唯一方法。
[0004]目前以疑诊患者的家族史、组织病理学特点和基因突变检测作为ADTKD疑诊和确诊的依据。疑诊依本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.用于ADTKD基因突变检测的引物，其特征在于，包括14对引物，14对引物序列如下：M1:ATGTTCTCAGCCCGGTCCTCM2:CTGTGTGAGGGCAGAGGTTTTTM3:AACTTGCATCATCTCCTTTGGCM4:GACTAGACTGTTTTCAGCACCCCM5:ATGAACGGTGGAGGCTTGACM6:CATGGCACAGGTAACACTTGGAM7:CTCATTCCGTCTTCAGCGTTTAM8:GCTTCTTAGTTTTCCCCCACCM9:TACATGGTTTGGCTTCTCTGCM10:CCACCACCTCTGCTCTACCAM11:AGAGGCCAGTCAGGGACAAAM12:GCACCTAGGGGATGCTAAGGTM13:CTCAACACCTCCCAAGCACAGM14:AAGGTGCATACACAGGCAAAGAM15:TAGTCTCAACCCCCAAATCCTCM16:CTCCCATAAGCCACTCTCTCCTM17:CAGCTGCTGTTTCTCTTTCCAGM18:AGGCCCAACCTTTGCTTACCM19:TCCTGAAGATGGGAAGTCCTCTM20:GTCTCTCGCTCTAAGCAGCAAACM21:AAGGTTAGGTGAAGTTTGGCTGM22:AAGTTCCCCTGATTGTTTTGGM23:CTGTGCCCACTTTATTTGTGTTAGM24:TCTTATTTGTTGTGTTTACCCCAGAM25:TGTGTACTGGAGATGTGGAAAAAGTM26:AGGTAAGAGGACAATGGAGCAAM27:GGAGAAAAGGAGACTTCGGCTACCCAGM28:GCCGTTGTGCACCAGAGTAGAAGCTGA其中，M1
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M6，M23
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M24用于检测UMOD基因突变，M7
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M10用于检测SEC61A1基因突变，M11
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M12用于检测REN基因突变，M13
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M22，M25
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26用于检测HNF1B基因突变，M27
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M28用于检测MUC1基因突变。2.用于ADTKD基因突变检测的试剂盒，其特征在于，包括权利要求1所述用于ADTKD基因突变检测的引物。3.根据权利要求2所述用于ADTKD基因突变检测的试剂盒，其特征在于，还包括样品上机测序标签接头，所述样品上机测序标签接头选择以下中的一种或几种：
4.根据权利要求2所述用于ADTKD基因突变检测的试剂盒，其特征在于，还包括纯化用磁珠、DNA修复酶、DNA末端补平酶、DNA连接酶和DNA外切酶。5.根据权利要求2所述用于ADTKD基因突变检测的试剂盒，其特征在于，还包括使用说明书，在所述使用说明书上记载：UMOD,HNF1B,REN,SEC61A1四个基因突变检测时，PCR反应体系为：基因组DNA模板：100ng5
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Reaction Buffer：5μl，dNTP(2.5mM each)：2μl，DNA Polymerase：0.5μl，
引物F(10μM引物，HPLC级别)0.5μl，引物R(10μM引物，HPLC级别)0.5μl，补ddH2O至总体积25μl；其中，引物F、引物R分别指对应于检测UMOD,HNF1B,REN,SEC61A1四个基因突变使用的引物，检测UMOD基因突变时，引物F、引物R选自M1
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M6，M23
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M24；检测HNF1B基因突变时，引物F、引物R选自M13
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M22，M25
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26；检测REN基因突变时，引物F、引物R选自M11
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M12；检测SEC61A1基因突变时，引物F、引物R选自M7
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M10；UMOD,HNF1B,REN,SEC61A1四个基因突变检测时，PCR反应热循环条件为：98℃，5min；98℃，10s，68℃，...

【专利技术属性】
技术研发人员：赵明珠，李红梅，蒋更如，林芙君，
申请(专利权)人：上海交通大学医学院附属新华医院，
类型：发明
国别省市：