用于调节适应性免疫的组合物和方法技术

公开了用于同时提供基因疗法并且防止受试者的免疫系统对通过所述基因疗法修饰的细胞的适应性免疫应答的组合物和方法。在一些实施方案中，本公开文本的组合物修饰与疾病或障碍相关的RNA分子的表达水平，以及抑制适应性免疫应答的组分的表达或活性，以从受试者的免疫系统中掩蔽所述修饰的细胞。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于调节适应性免疫的组合物和方法
本公开文本涉及分子生物学，并且更具体而言涉及用于修饰涉及适应性免疫应答的RNA分子的表达和活性的组合物和方法。相关申请的交叉引用本申请要求2018年6月8日提交的美国专利申请号62/682,276的优先权，将其内容通过引用以其整体并入本文。将2019年6月7日提交的国际申请号PCT/US2019/036021、2019年6月7日提交的美国专利申请号16/434,689和2018年6月8日提交的美国专利申请号62/682,271的内容通过引用以其整体并入本文。序列表的并入将2019年6月6日创建的大小为2.93MB的名为“LOCN_003_001WO_SeqList_ST25”的文本文件的内容通过引用以其整体特此并入。
技术介绍
对于同时提供基因疗法并且抑制当例如通过病毒载体递送所述基因疗法时可能出现的适应性免疫应答，在本领域中存在长期但未得到满足的需要。本公开文本提供了用于以序列特异性方式特异性靶向RNA分子的组合物和方法，其在体内提供基因疗法，同时从受试者的免疫系统中掩蔽修饰的细胞，从而防止对所述修饰的细胞的适应性免疫应答。
技术实现思路
本公开文本提供了一种组合物，其包含含有特异性结合靶RNA序列的指导RNA(gRNA)序列的核酸序列，其中所述靶RNA序列编码适应性免疫应答的蛋白质组分，并且其中所述gRNA序列包含含有编码所述蛋白质组分的核酸序列的一部分的间隔子序列，并且其中所述蛋白质组分选自β-2-微球蛋白(β2M)、人白细胞抗原A(HLA-A)、人白细胞抗原B(HLA-B)、人白细胞抗原C(HLA-C)、分化群28(CD28)、分化群80(CD80)、分化群86(CD86)、可诱导T细胞共刺激分子(ICOS)、ICOS配体(ICOSLG)、OX40L、白细胞介素12(IL12)和CC趋化因子受体7(CCR7)。本公开文本还提供了一种组合物，其包含(a)包含特异性结合RNA分子内的靶序列的指导RNA(gRNA)的第一序列，其中所述靶序列包含编码适应性免疫应答的组分的序列；以及(b)编码融合蛋白的序列，所述序列包含编码第一RNA结合多肽的序列和编码第二RNA结合多肽的序列，其中所述第一RNA结合多肽和所述第二RNA结合多肽都不包含显著DNA-核酸酶活性，其中所述第一RNA结合多肽与所述第二RNA结合多肽不相同，并且其中所述第二RNA结合多肽包含RNA-核酸酶活性。本公开文本提供了一种组合物，其包含：(a)包含特异性结合第一RNA分子内的第一靶序列的指导RNA(gRNA)的第一序列，其中所述第一靶序列包含编码适应性免疫应答的组分的序列；和(b)包含特异性结合第二RNA分子内的第二靶序列的第二指导RNA(gRNA)的第二序列；以及(c)编码融合蛋白的序列，所述序列包含编码第一RNA结合多肽的序列和编码第二RNA结合多肽的序列，其中所述第一RNA结合多肽和所述第二RNA结合多肽都不包含显著DNA-核酸酶活性，其中所述第一RNA结合多肽与所述第二RNA结合多肽不相同，并且其中所述第二RNA结合多肽包含RNA-核酸酶活性。在本公开文本的组合物的一些实施方案中，包括以下那些实施方案：其中所述组合物包含含有特异性结合第一RNA分子内的第一靶序列的第一指导RNA(gRNA)的第一序列，其中所述第一靶序列包含编码适应性免疫应答的组分的序列；以及含有特异性结合第二RNA分子内的第二靶序列的第二指导RNA(gRNA)的第二序列，所述第一靶序列或所述第二靶序列包含至少一个重复的序列。在本公开文本的组合物的一些实施方案中，包括以下那些实施方案：其中所述组合物包含含有特异性结合第一RNA分子内的第一靶序列的第一指导RNA(gRNA)的第一序列，其中所述第一靶序列包含编码适应性免疫应答的组分的序列；以及含有特异性结合第二RNA分子内的第二靶序列的第二指导RNA(gRNA)的第二序列，所述第一序列包含能够在真核细胞中表达所述gRNA的第一启动子和/或所述第二序列包含能够在真核细胞中表达所述gRNA的第二启动子。在一些实施方案中，所述第一启动子和所述第二启动子是相同的。在一些实施方案中，所述第一启动子和所述第二启动子是不同的。在本公开文本的组合物的一些实施方案中，包括以下那些实施方案：其中所述组合物包含含有特异性结合第一RNA分子内的第一靶序列的第一指导RNA(gRNA)的第一序列，其中所述第一靶序列包含编码适应性免疫应答的组分的序列；以及含有特异性结合第二RNA分子内的第二靶序列的第二指导RNA(gRNA)的第二序列，所述第一序列和所述第二序列包含能够在真核细胞中表达所述第一gRNA和所述第二gRNA的启动子。在本公开文本的组合物的一些实施方案中，包括以下那些实施方案：其中gRNA序列包含能够在真核细胞中表达所述gRNA的启动子，所述真核细胞是动物细胞。在一些实施方案中，所述动物细胞是哺乳动物细胞。在一些实施方案中，所述动物细胞是人细胞。在本公开文本的组合物的一些实施方案中，包括以下那些实施方案：其中gRNA序列包含能够在真核细胞中表达所述gRNA的启动子，所述启动子是组成型活性启动子。在本公开文本的组合物的一些实施方案中，包括以下那些实施方案：其中gRNA序列包含能够在真核细胞中表达所述gRNA的启动子，所述gRNA序列包含从能够驱动RNA聚合酶的表达的启动子分离或衍生的序列。在一些实施方案中，所述启动子序列是从U6启动子分离或衍生的。在本公开文本的组合物的一些实施方案中，包括以下那些实施方案：其中gRNA序列包含能够在真核细胞中表达所述gRNA的启动子，所述启动子包含从能够驱动转移RNA(tRNA)的表达的启动子分离或衍生的序列。在一些实施方案中，所述启动子序列是从以下启动子分离或衍生的：丙氨酸tRNA启动子、精氨酸tRNA启动子、天冬酰胺tRNA启动子、天冬氨酸tRNA启动子、半胱氨酸tRNA启动子、谷氨酰胺tRNA启动子、谷氨酸tRNA启动子、甘氨酸tRNA启动子、组氨酸tRNA启动子、异亮氨酸tRNA启动子、亮氨酸tRNA启动子、赖氨酸tRNA启动子、甲硫氨酸tRNA启动子、苯丙氨酸tRNA启动子、脯氨酸tRNA启动子、丝氨酸tRNA启动子、苏氨酸tRNA启动子、色氨酸tRNA启动子、酪氨酸tRNA启动子或缬氨酸tRNA启动子。在一些实施方案中，所述启动子序列是从缬氨酸tRNA启动子分离或衍生的。在本公开文本的组合物的一些实施方案中，包括以下那些实施方案：其中所述组合物包含含有特异性结合第一RNA分子内的第一靶序列的第一指导RNA(gRNA)的第一序列，其中所述第一靶序列包含编码适应性免疫应答的组分的序列；以及含有特异性结合第二RNA分子内的第二靶序列的第二指导RNA(gRNA)的第二序列，包含所述第一gRNA的序列还包含与所述第一靶RNA序列特异性结合的第一间隔子序列。在一些实施方案中，所述第一间隔子序列与所述靶RNA序列具有至少50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、87％、90％、本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种组合物，其包含含有特异性结合靶RNA序列的指导RNA(gRNA)序列的核酸序列，其中所述靶RNA序列编码适应性免疫应答的蛋白质组分，并且其中所述gRNA序列包含含有编码所述蛋白质组分的核酸序列的一部分的间隔子序列，并且其中所述蛋白质组分选自β-2-微球蛋白(β2M)、人白细胞抗原A(HLA-A)、人白细胞抗原B(HLA-B)、人白细胞抗原C(HLA-C)、分化群28(CD28)、分化群80(CD80)、分化群86(CD86)、可诱导T细胞共刺激分子(ICOS)、ICOS配体(ICOSLG)、OX40L、白细胞介素12(IL12)和CC趋化因子受体7(CCR7)。/n

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20180608 US 62/682,2761.一种组合物，其包含含有特异性结合靶RNA序列的指导RNA(gRNA)序列的核酸序列，其中所述靶RNA序列编码适应性免疫应答的蛋白质组分，并且其中所述gRNA序列包含含有编码所述蛋白质组分的核酸序列的一部分的间隔子序列，并且其中所述蛋白质组分选自β-2-微球蛋白(β2M)、人白细胞抗原A(HLA-A)、人白细胞抗原B(HLA-B)、人白细胞抗原C(HLA-C)、分化群28(CD28)、分化群80(CD80)、分化群86(CD86)、可诱导T细胞共刺激分子(ICOS)、ICOS配体(ICOSLG)、OX40L、白细胞介素12(IL12)和CC趋化因子受体7(CCR7)。


2.根据权利要求1所述的组合物，其中所述适应性免疫应答选自I型主要组织相容性复合物(MHCI)、II型主要组织相容性复合物(MHCII)、T细胞受体(TCR)、共刺激分子及其组合。


3.根据权利要求1所述的组合物，其中所述间隔子序列的长度是约20或21个核苷酸。


4.根据权利要求1所述的组合物，其中所述间隔子序列和所述靶RNA序列是彼此的反向互补体。


5.根据权利要求1所述的组合物，其中所述gRNA序列包含与CRISPR/Cas多肽或其部分特异性结合的支架序列。


6.根据权利要求5所述的组合物，其中所述CRISPR/Cas多肽或其部分选自Cas9、Cpf1、Cas13a、Cas13b、Cas13c和CasRX/Cas13d，其中所述CRISPR/Cas多肽具有天然的、降低的或无效的活性。


7.根据权利要求1所述的组合物，其中所述核酸序列包含驱动所述gRNA序列的表达的启动子。


8.根据权利要求7所述的组合物，其中所述启动子选自聚合酶III启动子和tRNA启动子。


9.根据权利要求8所述的组合物，其中所述聚合酶III启动子是U6启动子。


10.根据权利要求1所述的组合物，其中所述间隔子序列是特异性结合第一靶RNA序列的第一间隔子序列，并且其中所述组合物还包含特异性结合第二靶RNA序列的第二间隔子序列，其中所述第一间隔子序列与第二间隔子序列结合不同的靶RNA序列。


11.根据权利要求10所述的组合物，其中所述gRNA序列是第一gRNA序列，并且其中所述第二间隔子序列包含在第二gRNA序列内。


12.根据权利要求10所述的组合物，其中所述第二靶RNA序列编码适应性免疫应答的蛋白质组分。


13.根据权利要求10所述的组合物，其中所述第二间隔子序列包含编码选自以下的蛋白质组分的核酸序列的一部分：β-2-微球蛋白(β2M)、人白细胞抗原A(HLA-A)、人白细胞抗原B(HLA-B)、人白细胞抗原C(HLA-C)、分化群28(CD28)、分化群80(CD80)、分化群86(CD86)、可诱导T细胞共刺激分子(ICOS)、ICOS配体(ICOSLG)、OX40L、白细胞介素12(IL12)和CC趋化因子受体7(CCR7)。


14.根据权利要求10所述的组合物，其中所述第二间隔子序列包含选自以下的核酸序列的至少1、2、3、4、5、6或7个重复：CUG(SEQIDNO:18)、CCUG(SEQIDNO:19)、CAG(SEQIDNO:80)、GGGGCC(SEQIDNO:81)及其组合。


15.一种组合物，其包含含有以下的核酸序列：(a)特异性结合第一靶RNA序列的第一指导RNA(gRNA)序列；以及(b)特异性结合第二靶RNA序列的第二gRNA，其中所述第一靶RNA序列编码适应性免疫应答的蛋白质组分，并且其中所述第一gRNA序列包含含有编码所述蛋白质组分的核酸序列的一部分的间隔子序列，并且其中所述蛋白质组分选自β-2-微球蛋白(β2M)、人白细胞抗原A(HLA-A)、人白细胞抗原B(HLA-B)、人白细胞抗原C(HLA-C)、分化群28(CD28)、分化群80(CD80)、分化群86(CD86)、可诱导T细胞共刺激分子(ICOS)、ICOS配体(ICOSLG)、OX40L、白细胞介素12(IL12)和CC趋化因子受体7(CCR7)。


16.一种组合物，其包含含有以下的核酸序列：(a)根据权利要求1所述的指导RNA(gRNA)序列；以及(b)编码融合蛋白的核酸序列，其中所述融合蛋白包含第一RNA结合多肽和第二RNA结合多肽，其中所述第一RNA结合多肽和所述第二RNA结合...

【专利技术属性】
技术研发人员：D·A·内尔斯，R·巴特拉，E·杨，
申请(专利权)人：洛卡纳生物股份有限公司，
类型：发明
国别省市：美国;US