用于评估鼠类肿瘤模型中的免疫反应的方法和组合物技术

本公开提供了基于表征肿瘤免疫相互作用的基因组合的表达来评估鼠类肿瘤模型中的免疫反应的方法和组合物，例如试剂盒和微阵列。

【技术实现步骤摘要】
用于评估鼠类肿瘤模型中的免疫反应的方法和组合物专利
本专利技术大体上涉及分子生物学、癌症生物学和动物模型。
技术介绍
癌症是一种异质性疾病并且与免疫系统密切相关。充分了解癌症与免疫性之间的相互作用在癌症治疗中的重要性已引起广泛关注，特别是在免疫疗法中。然而，仅20-30％的癌症患者会对免疫疗法起反应，并且诱导免疫相关不良作用和自身免疫反应也增加了复杂性。如果能够预测谁会受益于免疫疗法将能够节约治疗费用并且不伤害患者健康。由多种生物技术得到的实验性鼠类模型是必不可少的临床前模型系统。分子病理学技术，如基因表达生物标记物，被广泛用于这些模型的系统剖析和表征。然而，到目前为止，尚无设计用于鼠类临床前免疫肿瘤学研究以在基因表达水平上表征肿瘤-免疫相互作用的稳固且有成本效益的测定。专利技术概述在一方面，本公开提供了一种用于评估鼠类模型中的免疫反应的方法。在一个实施例中，所述方法包括：从所述鼠类模型获得样品；检测所述样品中基因组合的表达水平，其中所述组合包含至少50个选自本文所公开的组的基因；将所述组合的表达水平与参照表达水平相比较；以及评价所述鼠类模型中的免疫反应。在某些实施例中，所述鼠类模型具有肿瘤。在某些实施例中，所述样品是肿瘤组织。在某些实施例中，所述鼠类模型用疗法治疗。在某些实施例中，所述疗法是免疫疗法。在某些实施例中，所述基因组合的表达是使用下一代测序(NGS)检测的。在某些实施例中，免疫反应包含活化选自下组的免疫细胞：B细胞、树突状细胞、巨噬细胞、单核细胞、自然杀伤细胞、CD4+T细胞和CD8+T细胞。在另一方面，本公开提供了一种用于评估鼠类模型中的免疫反应的试剂盒。在某些实施例中，所述试剂盒包含用于检测来自所述鼠类模型的样品中基因组合的表达的引物，其中所述组合包含至少50个选自本文所公开的组的基因。在另一方面，本公开提供了一种用于评估鼠类模型中的免疫反应的微阵列。在某些实施例中，所述微阵列包含用于检测来自所述鼠类模型的样品中基因组合的表达水平的探针，其中所述组合包含至少50个选自本文所公开的组的基因。在又另一方面，本公开提供一种非暂时性计算机可读介质，其具有指令存储于其上，其中所述指令在由处理器执行时使处理器：检索所述样品中基因组合的表达水平，其中所述组合包含至少50个选自本文所公开的组的基因；将所述组合的表达水平与参照表达水平相比较；以及评价所述鼠类模型中的免疫反应。附图简述以下附图形成本说明书的一部分并且旨在进一步展示本公开的某些方面。通过参照这些附图中的一个或多个，结合本文中呈现的具体实施例的详细描述，可以更好地理解本公开。图1A-1B显示针对验证组中来自非荷瘤小鼠脾的B细胞(图1A)和T细胞(图1B)进行细胞分选的结果。图2显示通过比较验证组中鼠类免疫肿瘤学组的靶基因与非靶基因的表达水平进行质量评估。图3显示针对分成50个类别的鼠类免疫肿瘤学组标志进行的单样品基因集富集分析(single-samplegenesetenrichmentanalysis，ssGSEA)展示生物标记物在验证组中的高度一致性。图4显示使用基于鼠类泛癌症基因表达组合的标志估算的验证组中的细胞分数。专利技术详述在更详细地描述本公开之前，应理解，本公开不限于所描述的特定实施例，并因此，当然可以变化。还应理解，本文所使用的术语仅仅是出于描述特定实施例的目的，并不打算作为限制，因为本公开的范围将仅受所附权利要求书限制。除非另外定义，否则本文所使用的所有技术和科学术语都具有与本公开所属领域的一般技术人员通常所理解相同的含义。尽管在本公开的实践或测试中也可使用与本文所描述的方法和材料类似或等效的任何方法和材料，但是现在描述优选的方法和材料。在本说明书中引用的所有出版物和专利均以引用的方式并入本文，就好像特定地且单独地指示每个单独的出版物或专利均通过引用并入，并且通过引用的并入本文来公开和描述与所引用的出版物相关的方法和/或材料。任何出版物的引用都是其在申请日之前的公开内容，不应解释为承认本公开由于在先公开而无权被认为早于此类出版物。此外，所提供的出版物的日期可不同于可能需要独立确认的实际出版物日期。本领域的技术人员在阅读本公开之后将显而易见，本文中所描述和说明的每一个别实施例具有离散组件和特征，这些组件和特征可以在不脱离本公开的范围或精神的情况下，容易地与任何其它若干实施例的特征分离或组合。任何所述方法都可以按所述事件的顺序或按逻辑上可行的任何其它顺序实施。定义提供以下定义以帮助读者。除非另外定义，否则本文中所使用的所有技术术语、符号和其它科学或医学术语或术语学都意图具有化学和医学领域技术人员通常所理解的含义。在一些情况下，为了清楚和/或易于参考起见，本文定义了具有通常所理解的含义的术语，但在本文中包含这些定义不应当解释为表示与本领域通常所理解的术语的定义之间有实质性差异。除非上下文另外明确规定，否则如本文所使用，单数形式“一个(种)”和“所述”包括多个(种)指示物。术语“量”或“水平”是指存在于样品中的所关注多核苷酸或所关注多肽的数量。此类数量可以用绝对项表示，即，样品中多核苷酸或多肽的总数量，或用相对项表示，即，样品中多核苷酸或多肽的浓度。如本文所使用，术语“癌症”或“肿瘤”是指涉及异常细胞生长的任何疾病，并且包括影响体内任何组织、器官或细胞的疾病的所有阶段和所有形式。该术语包括所有已知的癌症和赘生性病症，无论是表征为恶性、良性、软组织还是表征为实体的癌症和赘生性病症，以及包括转移前癌症和转移后癌症在内的所有阶段和等级的癌症。一般来说，癌症可以根据该癌症所处或起源的组织或器官以及癌组织和细胞的形态进行分类。如本文所使用，癌症类型包括但不限于急性成淋巴细胞性白血病(ALL)、急性骨髓性白血病、肾上腺皮质癌、肛门癌、星形细胞瘤、儿童期小脑或大脑基底细胞癌、胆管癌、膀胱癌、骨骼肿瘤、脑癌、小脑星形细胞瘤、大脑星形细胞瘤/恶性神经胶质瘤、室管膜瘤、成神经管细胞瘤、幕上原始神经外胚层肿瘤、视路和下丘脑神经胶质瘤、乳癌、伯基特氏淋巴瘤(Burkitt'slymphoma)、子宫颈癌、慢性淋巴细胞性白血病、慢性骨髓性白血病、结肠癌、肺气肿、子宫内膜癌、室管膜瘤、食道癌、尤文氏肉瘤(Ewing'ssarcoma)、成视网膜细胞瘤、胃(胃部)癌、神经胶质瘤、头颈癌、心脏癌症、霍奇金氏淋巴瘤(Hodgkinlymphoma)、胰岛细胞癌(内分泌胰腺)、卡波西氏肉瘤(Kaposisarcoma)、肾癌(肾细胞癌)、喉癌、白血病、肝癌、肺癌、成神经细胞瘤、非霍奇金氏淋巴瘤、卵巢癌、胰腺癌、咽癌、前列腺癌、直肠癌、肾细胞癌(肾癌)、成视网膜细胞瘤、尤文氏家族肿瘤、皮肤癌、胃癌、睾丸癌、喉癌、甲状腺癌、阴道癌。如本文所使用，“细胞”可以是原核或真核细胞。原核细胞包括例如细菌。真核细胞包括例如真菌、植物细胞和动物细胞。动物细胞(例如哺乳动物细胞或人体细胞)的类型包括例如来自循本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种用于评估鼠类模型中的免疫反应的方法，所述方法包括：/n从所述鼠类模型获得样品；/n检测所述样品中基因组合的表达水平，其中所述组合包含至少50个选自如表1中所示的组的基因；/n将所述组合的表达水平与参照表达水平相比较；以及/n评估所述鼠类模型中的免疫反应。/n

【技术特征摘要】
20200605 CN PCT/CN2020/0945951.一种用于评估鼠类模型中的免疫反应的方法，所述方法包括：
从所述鼠类模型获得样品；
检测所述样品中基因组合的表达水平，其中所述组合包含至少50个选自如表1中所示的组的基因；
将所述组合的表达水平与参照表达水平相比较；以及
评估所述鼠类模型中的免疫反应。


2.根据权利要求1所述的方法，其中所述鼠类模型具有肿瘤。


3.根据权利要求1所述的方法，其中所述样品是肿瘤组织。


4.根据权利要求1所述的方法，其中所述鼠类模型用疗法治疗。


5.根据权利要求4所述的方法，其中所述疗法是免疫疗法。


6.根据权利要求1所述的方法，其中所述基因组合的表达是使用NGS检测的。


7.根据权利要求1所述的...

【专利技术属性】
技术研发人员：薛佳，陈晓博，郭晟，李其翔，
申请(专利权)人：冠科生物技术苏州有限公司，
类型：发明
国别省市：江苏;32