鉴定胰腺癌状态的方法和试剂盒技术

技术编号:29479580 阅读:35 留言:0更新日期:2021-07-30 18:49
本文提供了一种在受试者中鉴定胰腺癌状态的方法,包括:1)检测来自所述受试者的生物样品中生物标志物基因的甲基化水平,其中所述生物标志物基因选自如下基因的一种或多种:ADAMTS1、BNC1、CDKN2A、CDKN2B、MLH1、NPTX2、PENK、RASSF1A、SFRP1和TFPI2;以及2)将步骤1)检测的甲基化水平与群体中相应生物标志物基因的正常甲基化水平进行比较,以确定所述受试者中的胰腺癌状态。本文还提供了用于鉴定受试者中胰腺癌状态的试剂盒。本申请所提供的方法和试剂盒为胰腺癌的预测、诊断、和评估提供了一条快速、可靠、准确的新途径。

【技术实现步骤摘要】
鉴定胰腺癌状态的方法和试剂盒
本专利技术涉及在受试者中鉴定胰腺癌状态的方法和试剂盒。
技术介绍
胰腺癌是一种恶性程度很高,诊断和治疗都很困难的消化道恶性肿瘤,约90%为起源于腺管上皮的导管腺癌。胰腺癌发病率男性高于女性,男女之比为1.5~2:1,其发病率和死亡率近年来明显上升。早期胰腺癌的治疗效果较为理想,长在胰腺表面、小于2厘米且没有发生转移的胰腺癌,手术切除后五年生存率可达到80%。而中期胰腺癌的术后五年生存率骤降到不足20%,晚期胰腺癌则只能采取保守治疗来改善病人生存质量,病人平均存活时间只有几个月。临床上,胰腺癌的早期发现率国内仅为5%-7%,在所有癌症中是最低的。而患者往往病程晚、病情重,加之胰腺切除手术本身难度大,接受根治手术的患者,其疗效也不十分理想。这些因素,使胰腺癌成为常见癌症中治疗效果最差的一种,患者5年生存率不足5%。胰腺癌主要是由内镜取出的组织学标本来确诊的,但诊断技术并没有在很大程度上降低胰腺癌患者的死亡率。实际临床当中,作为最常规的影像检查,B超往往未能及时检出胰腺肿块而延误病情使很多患者失去手术机会。CT尽本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种在受试者中鉴定胰腺癌状态的方法,包括以下步骤:/n1)检测来自所述受试者的生物样品中生物标志物基因的甲基化水平,其中所述生物标志物基因选自如下基因的一种或多种:ADAMTS1、BNC1、CDKN2A、CDKN2B、MLH1、NPTX2、PENK、RASSF1A、SFRP1和TFPI2;以及/n2)将步骤1)检测的甲基化水平与群体中相应生物标志物基因的正常甲基化水平进行比较,以确定所述受试者中的胰腺癌状态。/n

【技术特征摘要】
1.一种在受试者中鉴定胰腺癌状态的方法,包括以下步骤:
1)检测来自所述受试者的生物样品中生物标志物基因的甲基化水平,其中所述生物标志物基因选自如下基因的一种或多种:ADAMTS1、BNC1、CDKN2A、CDKN2B、MLH1、NPTX2、PENK、RASSF1A、SFRP1和TFPI2;以及
2)将步骤1)检测的甲基化水平与群体中相应生物标志物基因的正常甲基化水平进行比较,以确定所述受试者中的胰腺癌状态。


2.如权利要求1所述的方法,其中还包括在所述受试者接受医疗处理后再次进行步骤1)和2),并且将两次获得的甲基化水平检测结果进行比较,以确定所述受试者中胰腺癌状态的变化。


3.如权利要求1或2所述的方法,其中所述胰腺癌状态包括胰腺癌易感性以及胰腺癌的存在、进展、亚型和/或分期。


4.如权利要求1或2所述的方法,其中步骤1)中包括从所述生物样品提取DNA并以亚硫酸氢盐处理,使得所述DNA中的未甲基化胞嘧啶残基脱氨基,而甲基化的胞嘧啶残基保持不变。


5.如权利要求4所述的方法,其中所述亚硫酸氢盐为亚硫酸氢钠。


6.如权利要求1或2所述的方法,其中步骤1)中所述生物标志物基因选自ADAMTS1、BNC1、CDKN2A、CDKN2B、MLH1、NPTX2、PENK、RASSF1A、SFRP1和TFPI2中的2种或2种以上。


7.如权利要求6所述的方法,其中步骤1)中所述生物标志物基因选自ADAMTS1、BNC1、CDKN2A、CDKN2B、MLH1、NPTX2、PENK、RASSF1A、SFRP1和TFPI2中的5种或5种以上。


8.如权利要求7所述的方法,其中步骤1)中所述生物标志物基因为ADAMTS1、BNC1、CDKN2A、PENK以及SFRP1。


9.如权利要求1或2所述的方法,其中所述胰腺癌状态为胰腺癌I期,所述生物标志物基因为SFRP1和/或RASSF1A;或所述胰腺癌状态为胰腺癌II期,所述生物标志物基因为ADAMTS1、BNC1、CDKN2B、NPTX2和/或SFRP1。


10.如权利要求1或2所述的方法,其中所述胰腺癌状态为导管腺癌,所述生物标志物基因为ADAMTS1、CDKN2A、CDKN2B、MLH1、NPTX2、RASSF1A、SFRP1和/或TFPI2。


11.如权利要求1或2所述的方法,其中所述胰腺癌状态为特殊类型的导管起源的癌,所述生物标志物基因为BNC1、CDKN2B、MLH1、PENK、RASSF1A、SFRP1和/或TFPI2。


12.如权利要求1或2所述的方法,其中所述胰腺癌状态为腺泡细胞癌,所述生物标志物基因为BNC1、CDKN2A、MLH1、NPTX2、PENK、RASSF1A、SFRP1和/或TFPI2。


13.如权利要求1或2所述的方法,其中所述胰腺癌状态为小细胞癌,所述生物标志物基因为ADAMTS1、BNC1、MLH1、NPTX2、PENK、SFRP1和/或TFPI2。


14.如权利要求1或2所述的方法,其中步骤1)包括检测所述生物标志物基因内靶区域的甲基化水平,所述靶区域分别为所述生物标志物基因内至少15个碱基长度的核苷酸序列或其互补序列。


15.如权利要求1或2所述的方法,其中步骤1)中
对ADAMTS1基因的甲基化水平的检测包括使用具有SEQIDNO:11和12所示序列的引物对或具有SEQIDNO:15和16所示序列的引物对,以所述生物样品中经亚硫酸氢盐处理后的ADAMTS1基因或其片段为模板进行PCR扩增反应;
对BNC1基因的甲基化水平的检测包括使用具有SEQIDNO:19和20所示序列的引物对或具有SEQIDNO:23和24所示序列的引物对,以所述生物样品中经亚硫酸氢盐处理后的BNC1基因或其片段为模板进行PCR扩增反应;
对CDKN2A基因的甲基化水平的检测包括使用具有SEQIDNO:27和28所示序列的引物对或具有SEQIDNO:31和32所示序列的引物对,以所述生物样品中经亚硫酸氢盐处理后的CDKN2A基因或其片段为模板进行PCR扩增反应;
对CDKN2B基因的甲基化水平的检测包括使用具有SEQIDNO:35和36所示序列的引物对或具有SEQIDNO:39和40所示序列的引物对,以所述生物样品中经亚硫酸氢盐处理后的CDKN2B基因或其片段为模板进行PCR扩增反应;
对MLH1基因的甲基化水平的检测包括使用具有SEQIDNO:43和44所示序列的引物对或具有SEQIDNO:47和48所示序列的引物对,以所述生物样品中经亚硫酸氢盐处理后的MLH1基因或其片段为模板进行PCR扩增反应;
对NPTX2基因的甲基化水平的检测包括使用具有SEQIDNO:51和52所示序列的引物对、具有SEQIDNO:55和56所示序列的引物对、或具有SEQIDNO:59和60所示序列的引物对,以所述生物样品中经亚硫酸氢盐处理后的NPTX2基因或其片段为模板进行PCR扩增反应;
对PENK基因的甲基化水平的检测包括使用具有SEQIDNO:63和64所示序列的引物对、具有SEQIDNO:67和68所示序列的引物对、或具有SEQIDNO:71和72所示序列的引物对,以所述生物样品中经亚硫酸氢盐处理后的PENK基因或其片段为模板进行PCR扩增反应;
对RASSF1A基因的甲基化水平的检测包括使用具有SEQIDNO:75和76所示序列的引物对、具有SEQIDNO:79和80所示序列的引物对、或具有SEQIDNO:83和84所示序列的引物对,以所述生物样品中经亚硫酸氢盐处理后的RASSF1A基因或其片段为模板进行PCR扩增反应;
对SFRP1基因的甲基化水平的检测包括使用具有SEQIDNO:87和88所示序列的引物对或具有SEQIDNO:91和92所示序列的引物对,以所述生物样品中经亚硫酸氢盐处理后的SFRP1基因或其片段为模板进行PCR扩增反应;以及
对TFPI2基因的甲基化水平的检测包括使用具有SEQIDNO:95和96所示序列的引物对或如SEQIDNO:99和100所示序列的引物对,以所述生物样品中经亚硫酸氢盐处理后的TFPI2基因或其片段为模板进行PCR扩增反应。


16.如权利要求15所述的方法,其中步骤2)中
对ADAMTS1基因的甲基化水平的检测包括使用具有SEQIDNO:11和12所示序列的引物对和具有SEQIDNO:13所示序列的封闭引物,或者使用具有SEQIDNO:15和16所示序列的引物对和具有SEQIDNO:17所示序列的封闭引物,以所述生物样品中经亚硫酸氢盐处理后的ADAMTS1基因或其片段为模板进行PCR扩增反应;
对BNC1基因的甲基化水平的检测包括使用具有SEQIDNO:19和20所示序列的引物对和具有SEQIDNO:21所示序列的封闭引物,或者使用具有SEQIDNO:23和24所示序列的引物对和具有SEQIDNO:25所示序列的封闭引物,以所述生物样品中经亚硫酸氢盐处理后的BNC1基因或其片段为模板进行PCR扩增反应;
对CDKN2A基因的甲基化水平的检测包括使用具有SEQIDNO:27和28所示序列的引物对和具有SEQIDNO:29所示序列的封闭引物,或者使用具有SEQIDNO:31和32所示序列的引物对和具有SEQIDNO:33所示序列的封闭引物,以所述生物样品中经亚硫酸氢盐处理后的CDKN2A基因或其片段为模板进行PCR扩增反应;
对CDKN2B基因的甲基化水平的检测包括使用具有SEQIDNO:35和36所示序列的引物对和具有SEQIDNO:37所示序列的封闭引物,或者使用具有SEQIDNO:39和40所示序列的引物对和具有SEQIDNO:41所示序列的封闭引物,以所述生物样品中经亚硫酸氢盐处理后的CDKN2B基因或其片段为模板进行PCR扩增反应;
对MLH1基因的甲基化水平的检测包括使用具有SEQIDNO:43和44所示序列的引物对和具有SEQIDNO:45所示序列的封闭引物,或者使用具有SEQIDNO:47和48所示序列的引物对和具有SEQIDNO:49所示序列的封闭引物,以所述生物样品中经亚硫酸氢盐处理后的MLH1基因或其片段为模板进行PCR扩增反应;
对NPTX2基因的甲基化水平的检测包括使用具有SEQIDNO:51和52所示序列的引物对和具有SEQIDNO:53所示序列的封闭引物,使用具有SEQIDNO:55和56所示序列的引物对和具有SEQIDNO:57所示序列的封闭引物,或者使用具有SEQIDNO:59和60所示序列的引物对和具有SEQIDNO:61所示序列的封闭引物,以所述生物样品中经亚硫酸氢盐处理后的NPTX2基因或其片段为模板进行PCR扩增反应;
对PENK基因的甲基化水平的检测包括使用具有SEQIDNO:63和64所示序列的引物对和具有SEQIDNO:65所示序列的封闭引物,使用具有SEQIDNO:67和68所示序列的引物对和具有SEQIDNO:69所示序列的封闭引物,或者使用具有SEQIDNO:71和72所示序列的引物对和具有SEQIDNO:73所示序列的封闭引物,以所述生物样品中经亚硫酸氢盐处理后的PENK基因或其片段为模板进行PCR扩增反应;
对RASSF1A基因的甲基化水平的检测包括使用具有SEQIDNO:75和76所示序列的引物对和具有SEQIDNO:77所示序列的封闭引物,具有SEQIDNO:79和80所示序列的引物对和具有SEQIDNO:81所示序列的封闭引物,或者使用具有SEQIDNO:83和84所示序列的引物对和具有SEQIDNO:85所示序列的封闭引物,以所述生物样品中经亚硫酸氢盐处理后的RASSF1A基因或其片段为模板进行PCR扩增反应;
对SFRP1基因的甲基化水平的检测包括使用具有SEQIDNO:87和88所示序列的引物对和具有SEQIDNO:89所示序列的封闭引物,或者使用具有SEQIDNO:91和92所示序列的引物对和具有SEQIDNO:93所示序列的封闭引物,以所述生物样品中经亚硫酸氢盐处理后的SFRP1基因或其片段为模板进行PCR扩增反应;以及
对TFPI2基因的甲基化水平的检测包括使用具有SEQIDNO:95和96所示序列的引物对和具有SEQIDNO:97所示序列的封闭引物,或者使用具有SEQIDNO:99和100所示序列的引物对和具有SEQIDNO:101所示序列的封闭引物,以所述生物样品中经亚硫酸氢盐处理后的TFPI2基因或其片段为模板进行PCR扩增反应,
其中所述封闭引物具有抗DNA聚合酶延伸扩增的3’末端修饰。


17.如权利要求16所述的方法,其中步骤1)中
对ADAMTS1基因的甲基化水平的检测包括使用具有SEQIDNO:11和12所示序列的引物对、具有SEQIDNO:13所示序列的封闭引物和具有SEQIDNO:14所示序列的探针,或者使用具有SEQIDNO:15和16所示序列的引物对、具有SEQIDNO:17所示序列的封闭引物和具有SEQIDNO:18所示序列的探针,以所述生物样品中经亚硫酸氢盐处理后的ADAMTS1基因或其片段为模板进行PCR扩增反应;
对BNC1基因的甲基化水平的检测包括使用具有SEQIDNO:19和20所示序列的引物对、具有SEQIDNO:21所示序列的封闭引物和具有SEQIDNO:22所示序列的探针,或者使用具有SEQIDNO:23和24所示序列的引物对、具有SEQIDNO:25所示序列的封闭引物和具有SEQIDNO:26所示序列的探针,以所述生物样品中经亚硫酸氢盐处理后的BNC1基因或其片段为模板进行PCR扩增反应;
对CDKN2A基因的甲基化水平的检测包括使用具有SEQIDNO:27和28所示序列的引物对、具有SEQIDNO:29所示序列的封闭引物和具有SEQIDNO:30所示序列的探针,或者使用具有SEQIDNO:31和32所示序列的引物对、具有SEQIDNO:33所示序列的封闭引物和具有SEQIDNO:34所示序列的探针,以所述生物样品中经亚硫酸氢盐处理后的CDKN2A基因或其片段为模板进行PCR扩增反应;
对CDKN2B基因的甲基化水平的检测包括使用具有SEQIDNO:35和36所示序列的引物对、具有SEQIDNO:37所示序列的封闭引物和具有SEQIDNO:38所示序列的探针,或者使用具有SEQIDNO:39和40所示序列的引物对、具有SEQIDNO:41所示序列的封闭引物和具有SEQIDNO:42所示序列的探针,以所述生物样品中经亚硫酸氢盐处理后的CDKN2B基因或其片段为模板进行PCR扩增反应;
对MLH1基因的甲基化水平的检测包括使用具有SEQIDNO:43和44所示序列的引物对、具有SEQIDNO:45所示序列的封闭引物和具有SEQIDNO:46所示序列的探针,或者使用具有SEQIDNO:47和48所示序列的引物对、具有SEQIDNO:49所示序列的封闭引物和具有SEQIDNO:50所示序列的探针,以所述生物样品中经亚硫酸氢盐处理后的MLH1基因或其片段为模板进行PCR扩增反应;
对NPTX2基因的甲基化水平的检测包括使用具有SEQIDNO:51和52所示序列的引物对、具有SEQIDNO:53所示序列的封闭引物和具有SEQIDNO:54所示序列的探针,使用具有SEQIDNO:55和56所示序列的引物对、具有SEQIDNO:57所示序列的封闭引物和具有SEQIDNO:58所示序列的探针,或者使用具有SEQIDNO:59和60所示序列的引物对、具有SEQIDNO:61所示序列的封闭引物和具有SEQIDNO:62所示序列的探针,以所述生物样品中经亚硫酸氢盐处理后的NPTX2基因或其片段为模板进行PCR扩增反应;
对PENK基因的甲基化水平的检测包括使用具有SEQIDNO:63和64所示序列的引物对、具有SEQIDNO:65所示序列的封闭引物和具有SEQIDNO:66所示序列的探针,使用具有SEQIDNO:6...

【专利技术属性】
技术研发人员:陈彦利李淑钰李明明蒲珏
申请(专利权)人:北京艾克伦医疗科技有限公司
类型:发明
国别省市:北京;11

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