一种去除动物总RNA中的核糖体RNA的方法技术

本发明专利技术公开了一种去除动物总RNA中的核糖体RNA的方法。本发明专利技术提供了一种去除动物总RNA样本中的rRNA的方法，依次包括如下步骤：(1)取动物总RNA样本，进行变性，然后采用特异引物组进行反转录；所述特异引物组由若干条rRNA特异性反转录引物组成；(2)采用RNase H酶进行处理；(3)采用DNase I进行处理；(4)回收RNA。本发明专利技术提供的方法具有以下优势：(1)从动物总RNA样本中特异性去除rRNA，保留了其他目标RNA如mRNA、LncRNA等，适宜于LncRNA测序；(2)物种耐受度高，广泛适用于哺乳类、鸟类、爬行类、两栖类、鱼类及昆虫类等总RNA样本中rRNA的去除；(3)操作简单、成本低廉且适宜于批量自动化工作站操作。作站操作。

A method of removing ribosomal RNA from total RNA of animals

【技术实现步骤摘要】
一种去除动物总RNA中的核糖体RNA的方法


[0001]本专利技术涉及一种去除动物总RNA中的核糖体RNA(rRNA)的方法。

技术介绍

[0002]转录组测序或者RNA测序作为一种强有力的工具，在现今的生命科学研究中有着广泛的应用。但是目前的RNA测序面临着极大的挑战。核糖体RNA，即rRNA，细胞中含量最多的一类RNA，占总RNA的80％以上，它的存在会使总RNA中其他目标RNA(如mRNA或LncRNA)的研究变得困难，如不去除还会消耗大量宝贵的测序资源。因此一般进行RNA测序时，均会从总RNA中去除rRNA，再进行测序和分析。
[0003]目前，动物总RNA样本中rRNA的去除方法主要有：(1)Poly(A)调取法，真核生物中mRNA均具有poly(A)尾巴结构，利用poly(T)对真核生物的mRNA进行富集，可以间接去除rRNA；(2)利用带有链霉亲和素基团的磁珠结合rRNA-DNA探针(生物素基团标记)杂交产物，从而在总RNA中去除rRNA；(3)利用RNase H酶特异性降解rRNA-DNA探针杂交双链中的rRNA。
[0004]第(1)种方法运用最为广泛，市场上也已推出多款性能可靠的商业试剂盒，如polyA Spin
TM
mRNA Isolation Kit(NEB)等。但此种方法只能富集mRNA，无法富集调取其他目标RNA如LncRNA等。
[0005]第(2)种方法性能较为稳定，市场上已有Ribo-Zero Human/Mouse/Rat(Illumina)，Ribo-Minus
TM
(Thermo Fisher Scientific)等商业试剂盒。但此方法成本高昂，且操作复杂。
[0006]第(3)种方法性价比高，rRNA的去除效果良好。但由于其探针需要对整个rRNA序列进行全覆盖，因此物种包容性受限，无法在除人/鼠以外其他物种取得较好的rRNA去除效果。

技术实现思路

[0007]本专利技术的目的是提供一种去除动物总RNA中的核糖体RNA的方法。
[0008]本专利技术提供了一种去除动物总RNA样本中的rRNA的方法，依次包括如下步骤：
[0009](1)取动物总RNA样本，进行变性，然后采用特异引物组进行反转录(目的是将所有rRNA都形成DNA-RNA杂交双链)；所述特异引物组由若干条rRNA特异性反转录引物组成；
[0010](2)采用RNase H酶进行处理(目的是特异性消化DNA-RNA杂交双链中的RNA链，也就是特异性消化rRNA)；
[0011](3)采用DNase I进行处理(目的是消化DNA，DNA包括cDNA链和反转录引物)；
[0012](4)回收RNA。
[0013]所述特异引物组由40种引物组成，依次如序列表的序列1至序列表的序列40所示。
[0014]所述变性的方法具体如下：65℃5min。
[0015]步骤(1)中，进行变性后置于冰盒上1min，然后进行所述反转录。
[0016]动物总RNA样本的RNA浓度具体可为1μg/10μL。
[0017]所述反转录的反应体系(20μL)具体如下：
[0018][0019]所述反转录的反应条件具体可为：25℃10min，42℃40min，70℃15min。
[0020]采用RNase H酶进行处理的反应体系(30μL)具体如下：
[0021][0022]采用RNase H酶进行处理的反应条件具体可为：37℃30min。
[0023]采用DNase I进行处理的反应体系(50μL)具体如下：
[0024][0025]采用DNase I进行处理的反应条件具体可为：37℃30min。
[0026]回收RNA具体采用RNAClean XP磁珠进行。
[0027]本专利技术还保护以上任一所述方法在制备RNA文库中的应用。所述RNA为动物的RNA。
[0028]本专利技术还保护以上任一所述方法在RNA测序中的应用。所述RNA为动物的RNA。
[0029]本专利技术还保护一种特异引物组，由40种引物组成，依次如序列表的序列1至序列表的序列40所示。
[0030]本专利技术还保护所述特异引物组在去除动物总RNA样本中的rRNA中的应用。
[0031]本专利技术还保护所述特异引物组在制备RNA文库中的应用。所述RNA为动物的RNA。
[0032]本专利技术还保护所述特异引物组在RNA测序中的应用。所述RNA为动物的RNA。
[0033]本专利技术还保护一种去除动物总RNA样本中的rRNA的试剂盒，包括元件甲、元件乙和元件丙；
[0034]所述元件甲用于rRNA的特异性反转录；
[0035]所述元件乙用于特异性消化DNA-RNA杂交双链中的RNA链；
[0036]所述元件丙用于消化DNA。
[0037]所述元件甲包括元件甲-1和元件甲-2；所述元件甲-1为特异引物组，所述特异引物组由若干条rRNA特异性反转录引物组成；所述元件甲-2包括用于进行反转录的试剂盒或试剂或试剂组合。
[0038]所述特异引物组由40种引物组成，依次如序列表的序列1至序列表的序列40所示。
[0039]所述元件甲-2包括SuperScriptII reverse transcriptase。
[0040]所述元件甲-2包括：5
×
SuperScript II First-Strand Buffer、DTT、SuperScriptII reverse transcriptase、dNTP溶液、RNase inhibitor。各组分的配比具体如表1所示。
[0041]所述元件乙包括用于特异性消化DNA-RNA杂交双链中的RNA链的试剂盒或试剂或试剂组合。
[0042]所述元件乙包括RNAse H。
[0043]所述元件乙包括：10
×
RNAse H Buffer、RNAse H。各组分的配比具体如表2所示。
[0044]所述元件丙包括用于消化DNA的试剂盒或试剂或试剂组合。
[0045]所述元件丙包括DNase I。
[0046]所述元件丙包括：10
×
DNase I Buffer、DNase I。各组分的配比具体如表3所示。
[0047]以上任一所述动物为非人动物或人。
[0048]所述非人动物包括但不限于：昆虫类动物、鱼类动物、两栖类动物或哺乳类动物。
[0049]所述昆虫类动物可为昆虫纲动物。所述昆虫纲动物具体可为双翅目动物。所述双翅目动物具体可为果蝇科动物，具体可为果蝇。
[0050]所述鱼类动物可为软骨鱼纲动物或硬骨鱼纲动物。所述硬骨鱼纲动物具体可为颌针鱼目动物。所述颌针鱼目动物具体可为青鳉属动物，具体可为青鳉。
[0051]所述两栖类动物可为两栖纲动物。所述两栖纲动物具体可为无本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种去除动物总RNA样本中的rRNA的方法，依次包括如下步骤：(1)取动物总RNA样本，进行变性，然后采用特异引物组进行反转录；所述特异引物组由若干条rRNA特异性反转录引物组成；(2)采用RNase H酶进行处理；(3)采用DNase I进行处理；(4)回收RNA。2.如权利要求1所述的方法，其特征在于：所述特异引物组由40种引物组成，依次如序列表的序列1至序列表的序列40所示。3.权利要求1或2所述方法在制备RNA文库中的应用。4.权利要求1或2所述方法在RNA测序中的应用。5.特异引物组，由40种引物组成，依次如序列表的序列1至序列表的序列40所示。6.权利要求5所述特异引物组在去除动物总RNA样本中的rRNA中的应用。7.权利要求5所述特异...

【专利技术属性】
技术研发人员：冯兵，张东，
申请(专利权)人：深圳华大基因股份有限公司，
类型：发明
国别省市：